macs2_pileup - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

macs2_pileup - Pagsusuri na nakabatay sa modelo para sa ChIP-Sequencing

DESCRIPTION

paggamit: macs2 pileup [-h] -i IFILE [IFILE ...] -o OUTPUTFILE [--outdir OUTDIR]

[-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}]
[-B] [--extsize EXTSIZE] [--verbose VERBOSE]

opsyonal mga argumento:
-h, - Tumulong
ipakita ang mensahe ng tulong na ito at lumabas

-i IFILE [IFILE ...], --ifile IFILE [IFILE ...]
ChIP-seq alignment file. Kung maramihang mga file ay ibinigay bilang '-t AB C', pagkatapos ay sila
lahat ay basahin at pagsamahin. Tandaan na ang data ng pares-end ay hindi dapat gumana dito
utos. KAILANGAN.

-o OUTPUTFILE, --ofile OUTPUTFILE
Output bedGraph file name. Kung hindi tinukoy, susulat sa karaniwang output.
KAILANGAN.

--labas OUTDIR
Kung tinukoy ang lahat ng mga output file ay isusulat sa direktoryo na iyon. Default: ang
kasalukuyang gumaganang direktoryo

-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}, --format
{AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}
Format ng tag file, "AUTO", "BED" o "ELAND" o "ELANDMULTI" o "ELANDEXPORT" o
"SAM" o "BAM" o "BOWTIE". Ang default na AUTO na opsyon ay hahayaan ang 'macs2 pileup' na magpasya
anong format ang file. Pakisuri ang kahulugan sa README file kung pipiliin mo
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE. DEFAULT: "AUTO"

-B, --parehong direksyon
Bilang default, ang anumang pagbabasa ay papahabain patungo sa pababang direksyon sa pamamagitan ng extension
laki. Kaya ito ay [0,size-1] (1-based index system) para sa plus strand read at
[-size+1,0] para sa minus strand read kung saan ang posisyon 0 ay 5' dulo ng naka-align na read.
Maaaring gayahin ng default na gawi ang MACS2 na paraan ng pagtatambak ng mga sample ng ChIP kung saan
ang laki ng extension ay nakatakda bilang laki ng fragment/d. Kung nakatakda ang opsyong ito bilang naka-on, nakahanay
ang mga pagbabasa ay palawigin sa parehong upstream at downstream na direksyon sa pamamagitan ng extension
laki. Nangangahulugan ito ng [-size,size] kung saan ang 0 ay ang 5' na dulo ng isang nakahanay na nabasa. Maaari itong
bahagyang gayahin ang MACS2 na paraan ng pagtatambak ng mga control read. Gayunpaman MACS2 lokal na bias
ay kinakalkula sa pamamagitan ng pag-maximize sa inaasahang pileup sa isang ChIP fragment size/d
tinatantya mula sa 10kb, 1kb, d at buong genome na background. DEFAULT: Mali

--extsize EXTSIZE
Ang laki ng extension sa bps. Ang bawat alignment na nabasa ay magiging isang EXTSIZE ng fragment,
tapos itatambak. Suriin ang paglalarawan para sa -B para sa detalye. Ito ay dalawang beses sa `shiftsize`
sa lumang wika ng MACSv1. DEFAULT: 200

--verbose VERBOSE
Itakda ang verbose level. 0: ipakita lamang ang kritikal na mensahe, 1: ipakita ang karagdagang babala
mensahe, 2: ipakita ang impormasyon ng proseso, 3: ipakita ang mga mensahe sa pag-debug. Kung gusto mong malaman
nasaan ang mga duplicate reads, gamitin ang 3. DEFAULT:2

Gumamit ng macs2_pileup online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net