NCLconverter - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

NCLconverter - ulat ng nilalaman ng NEXUS file

DESCRIPTION

Ang NCLconverter ay nagbabasa ng isang file at nagsusulat ng isang ulat ng nilalaman sa isang prefix ng file
(tinukoy kasama ang -o flag) sa napiling format ng output (tinukoy sa -e bandila).

Ang pinaka- pangkaraniwan paggamit is lamang:
NCLconverter

Opsyon

-h sa command line ay ipinapakita ang mensahe ng tulong na ito

-q sugpuin ang mga mensahe sa katayuan ng NCL habang nagbabasa ng mga file

-lnagbabasa ng isang file at tinatrato ang bawat linya ng file bilang isang landas sa NEXUS file

-a output AltNexus (walang translation table sa mga puno)

-x HUWAG i-validate ang mga panloob na label sa mga puno bilang mga taxa label

-X HUWAG ituring ang mga numero sa mga puno bilang mga numero ng taxon, ituring ang mga ito bilang arbitrary

mga label (hindi dapat gamitin sa NEXUS file).

-skinokontrol ang antas ng pagiging mahigpit ng NEXUS.

ang default na antas ay katumbas ng -s2 pagtawag sa programa na may -s3 o mas mataas
iko-convert ng numero ang ilang mga babala sa mga nakamamatay na error. Tumatakbo kasama -s1 magdudulot
ang parser upang tanggapin ang mga mapanganib na construct, at tumatakbo kasama -s0 Magdudulot ang
Ginagawa ng parser ang bawat pagtatangka upang tapusin ang pag-parse ng file (babala tungkol sa napakaseryoso
mga pagkakamali).

Tandaan na kapag -s0 ang antas ng kahigpitan ay ginagamit, at ang parser ay nabigong tapusin, ito
ay madalas na resulta ng isang mas naunang error kaysa sa error na iniulat sa
huling mensahe.

-itumutukoy sa haba ng mga interleaved na pahina na gagawin

-ftinutukoy ang format ng input file na inaasahan:

-fnexus
NEXUS (ito rin ang default)

-faafasta
Data ng amino acid sa fasta

-fdnafasta
Data ng DNA sa fasta

-frnafasta
RNA data sa fasta

Ang kumpletong listahan ng mga pangalan ng format na maaaring sundin ang -f ang bandila ay:

nexus dnafasta aafasta rnafasta dnaphylip rnaphylip aaphylip discretephylip
dnaphylipinterleaved rnaphylipinterleaved aaphylipinterleaved
discretephylipinterleaved dnarelaxedphylip rnarelaxedphylip aarelaxedphylip
discreterelaxedphylip dnarelaxedphylipinterleaved rnarelaxedphylipinterleaved
aarelaxedphylipinterleaved discreterelaxedphylipinterleaved dnaaln rnaaln aaaln
phyliptree relaxedphyliptree nexml dnafin aafin rnafin

-eTinutukoy ang format ng output file na inaasahan:

-enexus
"na-normalize" ang output ng NEXUS

-efasta
Data ng character sa fasta (maaaring magresulta sa maraming output file)

-ephylip
Puno at data ng character sa philip (maaaring magresulta sa maramihang mga output file)

-erelaxedphylip
Puno at data ng character sa nakakarelaks na phylip (maaaring magresulta sa maraming output file)

-enexml
nexml output (ito rin ang default)

-otumutukoy sa output prefix.
Nagdaragdag ng angkop na suffix at extension

-dtumutukoy sa solong destinasyon ng output. O maaari mong gamitin -d- upang ipahiwatig na

dapat idirekta ang output sa karaniwang output. Maaaring magresulta ang babala sa paggamit ng opsyong ito
sa isang di-wastong output dahil sa pagsasama-sama ng hiwalay na "mga bloke" ng impormasyon sa
isang file!

-u nagko-convert ng mga salungguhit sa mga puwang sa mga format maliban sa NEXUS.

-yisalin sa "ligtas" na mga pangalan ng taxon at iimbak ang mga bagong pangalan bilang isang NEXUS.

file na tinatawag na may bloke ng TaxaAssociation. Ang unang taxa block sa
Ang bloke ng asosasyon ay hahawak ng mga orihinal na pangalan, at ang pangalawa ay hahawak ng "ligtas"
pangalan

-Ykumikilos tulad ng -y, maliban sa -Y isang file ng pagsasalin ay gagawin kahit na
kung ang mga orihinal na pangalan ay "ligtas" na

-zgamitin ang NEXUS-formatted na file na tinatawag na may bloke ng TaxaAssociation

upang ibalik ang mga orihinal na pangalan.
Ipinapalagay na ang unang taxa block sa TaxaAssociation

Hawak ng block ang orihinal na pangalan at ang pangalawa ay ang kasalukuyang pangalan. Ang function na ito ay
kapaki-pakinabang para sa "pag-undo" ng mga epekto ng -y pagpipilian.

-j Pigilan ang paglikha ng isang NameTranslationFile

Gamitin ang NCLconverter online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net