Ito ang command norsnet na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
norsnet - kinikilala ang mga hindi nakaayos na mga loop mula sa pagkakasunud-sunod
SINOPSIS
norsnet
DESCRIPTION
Ang NORSnet ay isang paraan na nakabatay sa neural network na nakatuon sa pagkilala sa
hindi nakaayos na mga loop.
Sinanay ang NORSnet na makilala ang napakahabang magkadikit na mga segment na may hindi regular
pangalawang istraktura (mga rehiyon ng NORS) at mahusay na nakatiklop na mga protina. Ang NORSnet ay sinanay sa
hinulaang impormasyon sa halip na sa pang-eksperimentong data. Samakatuwid, ito ay na-optimize sa a
malaking data, na hindi pinapanigan ng mga pang-eksperimentong paraan ngayon ng pagkuha ng kaguluhan. kaya,
Naabot ng NORSnet ang mga rehiyon sa sequence space na hindi sakop ng specialized
mga predictor ng kaguluhan. Ang isang kawalan ng diskarteng ito ay hindi ito pinakamainam para sa
pagkakakilanlan ng "karaniwang" hindi maayos na rehiyon.
Conversion of PSI-BLAST pagkakahanay sa HSSP format
Ang pinaka-up-to-date na pamamaraan ay matatagpuan sa
.
1. I-convert ang BLAST output sa isang Single Alignment Format (SAF):
/usr/share/librg-utils-perl/blast2saf.pl fasta= maxAli=3000 eSaf=1 \
saf=
2. I-convert ang SAF format sa HSSP:
/usr/share/librg-utils-perl/copf.pl formatIn=saf formatOut=hssp \
fileOut= exeConvertSeq=convert_seq
3. I-filter ang mga resulta sa 80% redundancy:
/usr/share/librg-utils-perl/hssp_filter.pl red=80 fileOut=
Pagbubuhos format
Pagbubuhos paraan 1
Tabular na output, mga column:
numero ng pos amino acid (1..)
res residue 1-letter code
node1 na output ng neural network node 1
node2 na output ng neural network node 2
pred node1 / ( node1 + node2 )
n40 pred < 0.40 ? '-' : 'N'
n40fil hindi bababa sa 31 AA mahabang kahabaan ng 'N' sa n40
n59 pred < 0.59 ? '-' : 'N'
n59fil hindi bababa sa 31 AA mahabang kahabaan ng 'N' sa n59
Ang 'N' ay para sa hindi regular na pangalawang istraktura.
Mga sanggunian
Schlessinger, A., Liu, J., at Rost, B. (2007). Naiiba sa mga native na hindi nakabalangkas na mga loop
iba pang mga loop. PLoS Comput Biol, 3(7), e140.
Opsyon
FASTA_FILE
File na naglalaman ng protein amino-acid sequence sa fasta format.
RDBPROF_FILE
Pangalawang istraktura at paghula sa kakayahang magamit ng solvent ng PROF sa rdb na format.
HSSP_FILE
PSI-BLAST alignment profile file na na-convert sa HSSP na format.
OUTPUT_FILE
Ang pangalan ng panghuling NORSnet output file.
PROFBVAL_FILE
Ang mga nababaluktot/matibay na nalalabi ay hula ni profbval(1) sa rdb format (mode 5).
OUTPUT_MODE
Ang NORSnet ay maaaring lumikha ng mga output file sa iba't ibang mga format para sa iba't ibang layunin. Wasto
ang mga mode ay `1', `2' o `3'. Default na mode: 1.
- Default na mode. Gamitin ito kapag ayaw mong magbigay ng halaga dito ngunit gusto mo
tukuyin mag-alis ng mga insekto.
1 para metadisorder(1)
MGA DEBUG
Itakda sa 1 para sa pag-debug ng mga mensahe
oUTPUT
numero -
natitirang numero
nalalabi -
uri ng nalalabi
hilaw -
raw na halaga ng pagkakaiba sa pagitan ng dalawang output node
HALIMBAWA
norsnet /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23.f /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23-fil.rdbProf /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23-fil.hssp cad23.norsnet cad23 /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23.profbval
Kapaligiran
NORSNET_ROOT
Ino-override ang /usr/share/norsnet, ang landas patungo sa mga helper script at data file.
Gumamit ng norsnet online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
