Ito ang command na ntdpal na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
ntdpal - Nagbibigay ng functionality ng alignment ng Primer3
SINOPSIS
ntdpal [-g gval] [-l lval] [-m mval] [-f1, f2, f3] [-p] [-s] [-e] {seq1} {seq2} {paraan}
DESCRIPTION
Ang Ntdpal (NucleoTide Dynamic Programming ALignment) ay isang stand-alone na programa na nagbibigay ng
Ang pag-andar ng alignment ng Primer3 (lokal, aka Smith-Waterman, global, aka
Needleman-Wunsch, kasama ang "kalahating pandaigdig").
Opsyon
-g gval
gval ay isang (positibong) float (.01 precision) na tumutukoy sa parusa para sa paggawa ng gap
ayon sa pagkakabanggit (ang mga parusa ay ibinabawas sa output score)
-l Val
lval ay isang (positibong) float (.01 precision) na tumutukoy sa parusa para sa pagpapahaba ng puwang
ayon sa pagkakabanggit (ang mga parusa ay ibinabawas sa output score)
-a
Nagdudulot ng pagbabago sa scoring matrix ng dpal_set_ambiguity_codes.
-e
Nagiging sanhi ng pagpi-print ng end position ng alignment sa parehong sequence. Huwag
malito sa 'e' paraan.
-f1, -f2, -f3
Pilitin ang mga partikular na pagpapatupad. -f2 pwersa ay gumagamit ng isang pagpapatupad na maaaring magbigay
mas nagbibigay-kaalaman na mga mensahe ng error, posibleng sa gastos ng ilang bilis.
-h
Gumamit ng ibang scoring matrix: G at C tugma = 3, A at T = 2, at mismatches =
-0.5. (Ang default na scoring matrix ay nagtatalaga ng 1 sa isang tugma, at -1 sa isang mismatch.)
-p
Nagiging sanhi ng pagkakahanay upang maipakita sa stderr.
-s
sanhi lamang ang iskor sa nai-print.
-m mval
ay ang maximum na pinapayagang gap (default ay 3).
seq1 at seq2
ay ang mga sequence na dapat ihanay.
paraan
ay isa sa g, G, l, O L pagtukoy ng isang global, global end-anchored, lokal, o lokal
end-anchored alignment ayon sa pagkakabanggit. Para sa backward compatibility e ay katumbas ng G.
Sanggunian
Mangyaring banggitin ang Rozen, S., Skaletsky, H. "Primer3 sa WWW para sa mga pangkalahatang gumagamit at para sa
biologist programmer." Sa S. Krawetz at S. Misener, eds. Bioinformatics Methods and
Mga Protocol sa seryeng Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, NJ, 2000,
mga pahina 365-386.
Gumamit ng ntdpal online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
