oeprop - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

oeprop - One-Electron Property Program

DESCRIPTION

Ang programa ooprop kinukuwenta ang mga inaasahang halaga ng mga operator ng ari-arian ng one-electron gamit ang a
one-particle density matrix na nakalkula mula sa isang eigenvector sa PSIF_CHKPT o binasa mula sa isang
panlabas na file. Ito ay kasalukuyang may kakayahang magsagawa ng Mulliken population analysis,
pag-compute ng mga electric multipole moments sa pamamagitan ng octopole, electrostatic properties sa atomic
mga sentro (electrostatic potential, electric field, electric field gradient, electron at
spin density, dipolar anisotropic na kontribusyon sa hyperfine coupling constants),
electron at spin density, electron at spin density gradient, Laplacian ng electron at
mga densidad ng spin, electrostatic potential sa isang arbitrary na two-dimensional (planar)
parihabang grid, at mga halaga ng molecular orbitals sa isang arbitraryong three-dimensional
parihabang grid. Kasama sa iba't ibang mga kakayahan ang pagkalkula ng relativistic
first-order one-electron corrections sa enerhiya (mass-velocity at Darwin terms),
pagbuo ng mga natural na molecular orbitals mula sa isang-particle density na nabasa mula sa isang panlabas
file (NO ay maaaring isulat sa PSIF_CHKPT) at pag-compute ng spatial na lawak - inaasahan
mga halaga ng X^2, Y^2, Z^2, at R^2 operator - ng kabuuang density ng elektron at ng indibidwal
MO (kung READ_OPDM = mali) o natural (kung READ_OPDM = totoo) orbital (MPMAX dapat itakda sa
isang halaga na higit sa 1 para sa pag-compute ng mga entity na ito). Dapat gamitin ang mga spatial na lawak
maingat, dahil umaasa sila sa reference point.

Mga sanggunian

Pagsusuri ng populasyon ng Mulliken

1. Electronic Population Analysis sa LCAO-MO Molecular Wave Functions. RS
Mulliken, J. Chem. Phys. 23, 1833 (1955), ibid. 23, 1841 (1955), ibid. 36, 3428
Na (1962).

Mga ugnayan sa pag-uulit para sa mga integral ng one-electron sa mga function ng Cartesian Gaussian.

1. Mahusay na recursive computation ng mga molecular integral sa Cartesian Gaussian
mga function. S. Obara at A. Saika, J. Phys. Chem. 84, 3963 (1986).

Mga pangunahing pisikal na pare-pareho at mga kadahilanan ng conversion.

1. Handbook ng CRC ng kimika at pisika. In-edit ni DR Lide. ika-73 na edisyon
(1992-1993).

MGA FILE KAILANGAN

input.dat - Input na file
PSIF_CHKPT - Checkpoint file

MGA FILE Nai-update

output.dat
dipmom.dat - Dipole moments
esp.dat - Electrostatic potential sa isang 2D grid
edens.dat - Electron density sa isang 2D grid
edgrad.dat - Electron density gradient sa isang 2D grid
edlapl.dat - Laplacian ng electron density sa isang 2D grid
sdens.dat - Spin density sa isang 2D grid
sdgrad.dat - Spin density gradient sa isang 2D grid
sdlapl.dat - Laplacian ng spin density sa isang 2D grid
mo.dat - Molecular orbital/Density value sa isang 3D grid
mo.pov - MegaPov input file para sa pag-render ng larawan ng mo.dat
mo.cube - Molecular orbital(s) sa isang 3D grid sa Gaussian94 Cube na format
dens.cube - (mga) electron/spin density sa isang 3D grid sa Gaussian94 Cube na format

INPUT FORMAT

Karamihan sa mga keyword ay hindi kinakailangan para sa mga karaniwang gawain. Ang mga sumusunod na keyword ay
wasto:

WFN = boolean
Uri ng wavefunction. Ang keyword na ito ay isang "macro" na nagpapahintulot sa user na itakda ang karamihan sa
ang mga kinakailangang keyword. Ang mga sumusunod na halaga ay kinikilala:

WFN = SCF - katumbas ng READ_OPDM = huwad;

WFN = DETCI - katumbas ng READ_OPDM = totoo, OPDM_FILE = 40, OPDM_BASIS = AO,
OPDM_FORMAT = TRIANG;

WFN = CCSD - katumbas ng EAD_OPDM = totoo, OPDM_FILE = 79, OPDM_BASIS = AO,
OPDM_FORMAT = TRIANG;

WFN = QVCCD - katumbas ng READ_OPDM = totoo, OPDM_FILE = 76, OPDM_BASIS = KAYA,
OPDM_FORMAT = TRIANG;

READ_OPDM = boolean
Ang flag na ito ay tumutukoy kung ang isang-particle density matrix na babasahin mula sa disk.
Mali ang default.

OPDM_FILE = kabuuan
Tinutukoy ang isang-particle density matrix file number. Ang default ay 40 (master file). Upang
magbigay ng backward compatibility sa mga naunang PSI property packages (angkop,
ciprop, ccprop) ang espesyal na format ng density ng file ay ipinapalagay kapag OPDM_FILE = 40
(computing properties mula sa CI density - ciprop compatibility mode) at OPDM_FILE =
79 (computing properties mula sa CC density - ccprop mode ng pagiging tugma). Sa ngayon,
sa generic na kaso ang onepdm ay dapat na nakasulat sa pinakasimula ng file. Nasa
Ang hinaharap na PSI ay magkakaroon ng karaniwang onepdm file.

OPDM_BASIS = pisi
Maaaring wala na ang opsyong ito sa hinaharap. Mula noong ika-1 ng Pebrero, 1998, isang pamantayan para sa
hindi pa naitakda ang format ng onepdm file. Ang keyword na ito ay dapat itakda sa alinman sa "SO"
(basahin sa onepdm matrix sa SO na batayan) o "AO" (sa AO na batayan). Default ay "SO".

OPDM_FORMAT = pisi
Maaaring wala na ang opsyong ito sa hinaharap. Ang keyword na ito ay dapat itakda sa alinman
"TRIANG" (basahin sa onepdm matrix sa lower triangular form) ng "SQUARE" (sa square
anyo). Default ay "TRIANG"

ASYMM_OPDM = boolean
Tinutukoy ng watawat na ito kung kailangang ma-symmetrize ang one-particle density matrix.
Dapat itakda sa true kung ang generic na hindi simetriko onepdm na babasahin (halimbawa, mula sa a
coupled-cluster program). Ang keyword na ito ay para lamang sa pagbuo ng code. Umiiral na PSI
Ang mga CC code na ginagamit ngayon ay gumagawa ng simetriko onepdm, kaya hindi na kailangang gamitin
ang keyword na ito. Mali ang default.

Ugat = kabuuan
Tinutukoy nito kung saang ugat gagawin ang nasasabik na pagsusuri ng estado. Ang nararapat
isang particle density matrix ang mababasa mula sa disk. Kasalukuyang ipinapatupad para sa
Mga wavefunction ng DETCI at DETCAS.

MPMAX = kabuuan
Ang integer na ito sa pagitan ng 1 at 3 ay tumutukoy sa pinakamataas na electric multipole moment
nakalkula.

MPMAX = 1 - tanging electric dipole moment ang kukuwentahin (default);

MPMAX = 2 - kukuwentahin ang mga electric dipole at quadrupole moments; MPMAX = 3 -
Ang electric dipole, quadrupole, at octopole moments ay kukuwentahin.

MP_REF kabuuan
Tinutukoy ng parameter na ito ang reference point para sa mga electric multipole moments
pagkalkula.

MP_REF = 0 (default) o 1 - ang sentro ng masa;

MP_REF = 2 - ang pinagmulan ng space coordinate system;

MP_REF = 3 - ang sentro ng electronic charge;

MP_REF = 4 - ang sentro ng nuclear charge;

MP_REF = 5 - ang sentro ng netong bayad.

Mag-ingat : Ayon sa classical electrodynamics, ang electric 2^(n+1)-pole moment
ay independiyente sa reference point lamang kung ang electric 2^(n)-pole moment ay
naglalaho. Nangangahulugan ito na ang dipole moment ay depende sa reference point kung
ang kabuuang singil ng system ay non-zero. Sa pamamagitan ng pagkakatulad, electric quadrupole moment
ay depende sa reference point kung ang sistema ay nagtataglay ng non-zero electric dipole
sandali, atbp.

MP_REF_XYZ = real_vector
Tinutukoy ng vector na ito ang mga coordinate ng reference point. Kung ang keyword na ito ay
naroroon sa input MP_REF hindi papansinin ang keyword.

NUC_ESP = boolean
Tinutukoy ng flag na ito kung kukuwentahin ang mga electrostatic na katangian sa nuclei.
Kasama sa kasalukuyang listahan ang electrostatic potential, electric field, electric field
gradient, electron at spin density, at anisotropic na kontribusyon sa hyperfine
coupling constants (ang huling dalawa ay nangangailangan ng setting SPIN_PROP sa totoo). Default ay
totoo.

Parilya = kabuuan
Tinutukoy ang uri ng ari-arian na susuriin sa isang grid.

Parilya = 0 (default) - walang kuwenta;

Parilya = 1 - potensyal na electrostatic sa isang two-dimensional na grid;

Parilya = 2 - density ng elektron (densidad ng spin kung SPIN_PROP ay nakatakda sa true) sa isang dalawang-
dimensional na grid;

Parilya = 3 - electron density gradient (spin density gradient kung SPIN_PROP ay nakatakda sa
true) sa isang two-dimensional na grid;

Parilya = 4 - Laplacian ng electron density (Laplacian ng spin density kung
SPIN_PROP ay nakatakda sa true) sa isang two-dimensional na grid. Ayon sa convention
ginamit sa field, ang aktwal na na-plot ay ang mga Laplacian na kinuha
negatibong tanda.

Parilya = 5 - mga halaga ng molecular orbitals sa isang three-dimensional na grid.

Parilya = 6 - mga halaga ng electron density (spin density gradient kung SPIN_PROP is
nakatakda sa true) sa isang three-dimensional na grid.

GRID_FORMAT = pisi
Tinutukoy kung aling format ang gagawing grid output. Kasalukuyan, PLOTMTV
(default para sa 2-d grids), MEGAPOVPLUS (magagamit para sa 3-d grids), at
GAUSSCUBE(default para sa 3-d grids) ay suportado.

MO_TO_PLOT = vector
Tinutukoy ang mga indeks ng mga molecular orbital na kukuwentahin sa 3-d grid. Mga indeks
maaaring tukuyin bilang:

unsigned integer - index sa pag-order ng Pitzer (iniutos ayon sa irreps, hindi
eigenvalues). Mga saklaw mula 1 hanggang sa bilang ng mga MO.

sign integer - index na may paggalang sa antas ng Fermi. Ang ibig sabihin ng +1 ay LUMO, ang ibig sabihin ng +2 ay pangalawa
pinakamababang virtual orbital, -1 ay nangangahulugang HOMO, atbp.

Ang lahat ng mga indeks ay dapat na hindi nalagdaan o nalagdaan, hindi ka maaaring maghalo at magtugma, o ikaw
ay makakakuha ng hindi inaasahang resulta. Default ay ang pagkalkula ng HOMO at LUMO.

GRID_ORIGIN = real_vector
Tinutukoy ang pinagmulan ng grid. Isang parihabang grid box na bumabalot sa kabuuan
Ang molekula ay awtomatikong makalkula kung GRID_ORIGIN ay nawawala, gayunpaman, doon
ay walang default para sa 2-d grids.

GRID_UNIT_X = real_vector
Tinutukoy ng vector na ito ang direksyon ng unang (x) na bahagi ng grid. hindi
kailangang may haba ng yunit. Walang default para sa 2-d grids.

GRID_UNIT_Y = real_vector
Ang parehong para sa pangalawang (y) gilid. Hindi ito kailangang may haba ng yunit o pantay
orthogonal sa GRID_UNIT_X. Walang default para sa 2-d grids.

GRID_XY0 = real_2d_vector
Tinutukoy ang mga coordinate ng kaliwang sulok sa ibaba ng parihaba ng grid sa 2D
coordinate system na tinukoy ng GRID_ORIGIN, GRID_UNIT_X, at GRID_UNIT_Y. meron
walang default.

GRID_XY1 = real_2d_vector
Tinutukoy ang mga coordinate ng kanang sulok sa itaas ng parihaba ng grid sa 2D
coordinate system na tinukoy ng GRID_ORIGIN, GRID_UNIT_X, at GRID_UNIT_Y. meron
walang default.

GRID_XYZ0 = real_3d_vector
Tinutukoy ang mga coordinate ng malayong ibabang kaliwang sulok ng grid box sa 3D
coordinate system na tinukoy ng GRID_ORIGIN, GRID_UNIT_X, GRID_UNIT_Y, at ang cross-
produkto ng huling dalawa. Walang default.

GRID_XYZ1 = real_3d_vector
Tinutukoy ang mga coordinate ng malapit sa kanang sulok sa itaas ng grid box sa 3D
coordinate system na tinukoy ng GRID_ORIGIN, GRID_UNIT_X, GRID_UNIT_Y, at ang cross-
produkto ng huling dalawa. Walang default.

NIX = kabuuan
Ang bilang ng grid point sa x direksyon. Ang parameter na ito ay dapat na mas malaki kaysa sa
1. Ang default ay 20.

NIY = kabuuan
Katulad ng NIX para sa y direksyon. Ang default ay 20.

NIZ = kabuuan
Katulad ng NIX para sa z direksyon. Ang default ay 20.

GRID_ZMIN = double
Mas mababang limitasyon sa mga ipinapakitang z-values ​​para sa mga contour plot ng electron density at nito
Laplacian. Ang default ay 0.0

GRID_ZMAX = double
Pinakamataas na limitasyon sa mga ipinapakitang z-values ​​para sa mga contour plot ng electron density at nito
Laplacian. Ang default ay 3.0

EDGRAD_LOGSCALE = kabuuan
Kinokontrol ang logarithmic scaling ng ginawang electron density gradient plot. lumiliko
ang scaling off kung nakatakda sa zero, kung hindi, ang mas mataas na halaga - mas malakas ang
i-scale ang gradient field. Ang inirerekomendang halaga (default) ay 5.

SPIN_PROP = boolean
I-flag para sa pag-compute ng mga katangian ng spin (Mulliken population analysis ng alpha at beta
densidad, densidad ng spin at anisotropic na kontribusyon sa hyperfine coupling
mga constant sa mga atomic center). Mali ang default.

PRINT = kabuuan
Ito ang pinakamahalagang keyword - tinutukoy nito ang dami ng impormasyong nakalimbag.
Ang mga sumusunod na halaga ay kasalukuyang ginagamit:

PRINT = 0 - quiet mode - i-print lamang ang mahahalagang resulta - "compact" na mga resulta ng
Mulliken population analysis, electric multipole moments, at electrostatic
ari-arian;

PRINT = 1 (default) - lahat ng nasa itaas kasama ang listahan ng mga gawaing gagawin at ilista
ng mga parameter ng pagkalkula;

PRINT = 2 - lahat ng nasa itaas plus Mulliken AO population matrix at electronic at
nuclear na bahagi ng electric dipole moment;

PRINT = 3 - lahat ng nasa itaas plus density matrix sa AO na batayan at dipole moment
integral sa AO (at SO) na batayan;

PRINT = 4 - lahat ng nasa itaas kasama ang batayang hanay ng impormasyon, natural na mga orbital sa mga tuntunin
ng symmetry orbitals, overlap matrix;

PRINT >= 5 - lahat ng nasa itaas kasama ang coupling coefficient vectors, isang trabaho
vector, at isang binagong Z-vector sa MO na batayan.

PRINT_NOS = boolean
Kung WRTNOS = TRUE at ang pagpipiliang ito ay TAMA din, ang mga natural na orbital ay ipi-print
sa output bago sila isulat sa checkpoint file.

WRTNOS = boolean
Kung TAMA, ang mga natural na orbital ay isusulat sa checkpoint file.

Parilya oUTPUT AT PLOTTING

Sa kasalukuyan, ooprop gumagawa ng output ng dalawang-dimensional na grid na handa para sa paglalagay ng a
programa PLOTMTV bersyon 1.3.2. Ang programa ay isinulat ni Kenny Toh
([protektado ng email]), software developer para sa Technology CAD Department, Intel Corp,
Santa Clara. Ito ay isang freeware package, at maaaring i-download sa Internet.

Ang mga three-dimensional na grid ay output sa format na angkop para sa pag-plot gamit ang isang programa MegaPov
bersyon 0.5. Ang freeware program na ito ay isang patched na bersyon ng POV-Ray. Ito ay binuo ng a
bilang ng mga tao, at maaaring i-download sa Internet (pumunta sa
http://nathan.kopp.com/patched.htm upang malaman ang higit pang impormasyon). Upang mag-render ng MO o density
larawan, i-edit (kung kinakailangan) command file mo.pov nilikha ng ooprop , at isagawa megapovplus
+Imo.pov Para sa higit pang mga pagpipilian tumakbo megapovplus -h

Marso 30, 2001 ooprop(1)

Gumamit ng oeprop online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net