pbdagcon - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

pbdagcon - sequence consensus gamit ang directed acyclic graphs

DESCRIPTION

pbdagcon ay isang tool na nagpapatupad ng DAGCon (Directed Acyclic Graph Consensus) na isang
sequence consensus algorithm batay sa paggamit ng mga nakadirektang acyclic graph upang mag-encode ng maramihan
pagkakahanay ng pagkakasunod-sunod.

Ginagamit nito ang impormasyon sa pagkakahanay mula sa blasr(1) upang ihanay ang sequence reads sa isang "backbone"
pagkakasunod-sunod. Batay sa pinagbabatayan na alignment directed acyclic graph (DAG), magagawa nito
upang gamitin ang bagong impormasyon mula sa mga nabasa upang mahanap ang mga pagkakaiba sa pagitan ng mga nabasa at
ang mga sequence ng "backbone". Ang isang dynamic na proseso ng programming ay inilapat sa DAG sa
hanapin ang pinakamainam na pagkakasunud-sunod ng mga base bilang pinagkasunduan. Ang bagong pinagkasunduan ay maaaring gamitin bilang a
bagong backbone sequence upang paulit-ulit na mapabuti ang kalidad ng pinagkasunduan.

Habang ang code ay binuo para sa pagproseso ng PacBio(TM) raw sequence data, magagawa ng algorithm
gamitin para sa pangkalahatang layunin ng pinagkasunduan. Sa kasalukuyan, kailangan lang ng FASTA input. Para mas maikli
basahin ang mga sequence, maaaring kailanganin ng isa na ayusin ang blasr(1) mga parameter ng pagkakahanay upang makuha ang
alignment string ng maayos.

Ang code at ang pinagbabatayan na graphical data structure ay ginamit para sa ilang algorithm
development prototyping kabilang ang phasing reads, pre-assembly at isang work around to
bumuo ng consensus mula sa mga intermediate na output ng Celera Assembler.

Opsyon

Ang isang buod ng mga opsyon ay makukuha mula sa menu ng tulong ng programa.

- Tumulong Ipakita ang buod ng mga opsyon.

Gamitin ang pbdagcon online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net