phyutility - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

phyutility - mga tool para sa pagmamanipula ng mga sequence at phylogenies

SINOPSIS

phyutility

DESCRIPTION

Ang Phyutility ay isang command line program na nagsasagawa ng mga simpleng pagsusuri o pagbabago sa
parehong mga puno at data matrice.

Opsyon

Upang makakuha ng tulong sa isang partikular na opsyon sa paggamit ng command -h

UTOS
para mga puno:

pinagkaisahan
Kalkulahin ang mga puno ng pinagkasunduan. Gamitin tulad ng -con -t -sa -labas
.

palitan
I-convert ang mga file ng puno. Gumamit ng tulad ng -vert -in -labas .

leafstab
Pagkalkula ng index ng katatagan ng dahon. Gumamit ng tulad ng -ls -in .

linmove
Pagkalkula ng paggalaw ng lahi. Gumamit ng tulad ng -lm -names -puno
-sa -labas .

putulin
Putulin ang mga linyada. Gumamit ng tulad ng -pr -names -sa -labas .

reroot
Mag-ugat muli ng mga puno. Gamitin tulad ng -rr -names -sa -labas .

manipis
Manipis na puno. Gamitin tulad ng -tt # -in -labas .

treesupp
Suporta para sa isang hanay ng mga puno. Gamitin tulad ng -ts -tree -sa -labas .

para seqs:

linisin
Trim seqs batay sa threshold. Gamitin tulad ng -clean # -in -labas -aa
.

concat
Pagsamahin ang mga pagkakahanay. Gamitin tulad ng -concat -in -labas -aa
pilitin aa>.

ncbiget
Kunin ang mga seqs mula sa NCBI. Para sa mga opsyon, patakbuhin ang phyutility -h ncbiget.

ncbisearch
Maghanap sa NCBI. Para sa mga pagpipilian, patakbuhin ang phyutility -h ncbisearch.

parang
I-parse ang mga resulta ng genbank. Para sa mga opsyon, patakbuhin ang phyutility -h parse.

Halimbawa

phyutility -con -t 0.5 -in testall.tre -out test.con
Pinagkasunduan ang hanay ng mga puno sa testall.tre gumuho na mga sanga na may mas mababa sa 0.5
dalas.

phyutility -vert -in test.tre -out testvert.nex
I-convert ang tree file mula sa newick sa test.tre sa nexus sa testvert.nex.

phyutility -concat -in test.aln test2.aln -out testall.nex
Pagsamahin ang 2 alignment file sa nexus sa testall.nex.

Gumamit ng phyutility online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net