plastimatch - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

plastimatch - irehistro, i-convert, i-warp, o manipulahin ang mga imahe

SINOPSIS

plastimatch utos [mga pagpipilian]

DESCRIPTION

Ang plastimatch executable ay ginagamit para sa iba't ibang mga operasyon sa alinman sa 2D o 3D na mga imahe,
kabilang ang pagpaparehistro ng imahe, warping, resampling, at conversion ng format ng file. Ang porma
ng mga pagpipilian ay nakasalalay sa ibinigay na utos. Makikita ang listahan ng mga posibleng command
sa pamamagitan lamang ng pag-type ng "plastimatch" nang walang anumang karagdagang argumento ng command line:

$plastimatch
plastimatch bersyon 1.6.0-beta (5023)
Paggamit: plastimatch command [mga opsyon]
command:
magdagdag ng adjust average boundary crop
ihambing ang mag-compose convert dice diff
dmap dvh fill filter gamma
header jacobian mabs mask probe
magrehistro ng resample scale segment stats
synth synth-vf threshold thumbnail union
warp xf-convert

Para sa detalyadong paggamit ng isang partikular na command, i-type ang:
utos ng plastimatch

PLASTIMATCH ADD

Ang idagdag Ang command ay ginagamit upang magdagdag ng isa o higit pang mga imahe nang magkasama at lumikha ng isang output na imahe.
Ang mga kontribusyon ng mga input na imahe ay maaaring timbangin gamit ang isang vector ng timbang.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch magdagdag ng [mga opsyon] input_file [input_file ...]
Pagpipilian:
--average gumawa ng isang output file na kung saan ay ang average ng
input file (kung walang mga timbang na tinukoy), o
i-multiply ang mga timbang sa 1/n
--output imahe ng output
--timbang tukuyin ang isang vector ng mga timbang; ang mga larawan ay
pinarami ng timbang bago idagdag ang kanilang
halaga

Mga halimbawa
Upang magdagdag ng mga file na 01.mha, 02.mha at 03.mha, at i-save ang resulta sa file
output.mha, maaari mong patakbuhin ang sumusunod na command:

plastimatch add --output output.mha 01.mha 02.mha 03.mha

Kung gusto mong maging 2 * 01.mha + 0.5 * 02.mha + 0.1 * 03.mha ang output.mha, dapat mong
gawin ito:

plastimatch idagdag \
--output output.mha \
--timbang "2 0.5 0.1" \
01.mha 02.mha 03.mha

PLASTIMATCH ADJUST

Ang isaayos Ang command ay ginagamit upang ayusin ang mga halaga ng intensity sa loob ng isang imahe. Ang pagsasaayos
Ang mga magagamit na operasyon ay truncation at linear scaling.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: pagsasaayos ng plastimatch [mga opsyon]
Kailangan:
--input input na direktoryo o filename
--output imahe ng output
Opsyonal:
--pw-linear isang string na bumubuo ng isang piecewise linear
mapa mula sa mga halaga ng input hanggang sa mga halaga ng output,
ng form na "in1,out1,in2,out2,..."

Maaaring gamitin ang adjust command para gumawa ng piecewise linear adjustment ng imahe
intensidad. Ang --pw-linear na opsyon ay ginagamit upang lumikha ng pagmamapa mula sa mga intensity ng input
sa mga intensidad ng output. Ang mga intensity ng input sa curve ay dapat tumaas mula kaliwa hanggang
mismo sa string, ngunit ang mga intensity ng output ay arbitrary.

Ang mga intensity ng input sa ibaba ng unang pares o pagkatapos ng huling pares ay binago ng
extrapolating ang curve out sa infinity na may slope na +1. Maaaring may ibang slope
tinukoy sa positibo o negatibong infinity sa pamamagitan ng pagtukoy sa mga espesyal na halaga ng input ng
-inf at +inf. Sa kasong ito, ang pangalawang numero sa pares ay ang slope ng curve, hindi
ang intensity ng output.

Mga halimbawa
Ang sumusunod na command ay magdaragdag ng 100 sa lahat ng voxel sa larawan:

pagsasaayos ng plastimatch \
--input infile.nrrd \
--output outfile.nrrd \
--pw-linear "0,100"

Ang sumusunod na utos ay gumagawa ng parehong bagay, ngunit may tahasang detalye ng slope in
ang extrapolation area:

pagsasaayos ng plastimatch \
--input infile.nrrd \
--output outfile.nrrd \
--pw-linear "-inf,1,0,100,inf,1"

Pinutol ng sumusunod na command ang mga input sa hanay ng [-1000+1000]:

pagsasaayos ng plastimatch \
--input infile.nrrd \
--output outfile.nrrd \
--pw-linear "-inf,0,-1000,-1000,+1000,+1000,inf,0"

PLASTIMATCH AVERAGE

Ang karaniwan Ang command ay ginagamit upang kalkulahin ang (weighted) average ng maramihang mga input na imahe.
Pareho ito ng plastimatch idagdag command, na may tinukoy na --average na opsyon.
Mangyaring sumangguni sa plastimatch idagdag para sa listahan ng mga argumento ng command line.

halimbawa
Ang sumusunod na utos ay kalkulahin ang average ng tatlong input na imahe:

average na plastimatch \
--output outfile.nrrd \
01.mha 02.mha 0.3.mha

PLASTIMATCH AUTOLABEL

Ang autolabel Ang command ay isang pang-eksperimentong programa na gumagamit ng machine learning upang matukoy ang
thoracic vertibrae sa isang CT scan.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch autolabel [mga opsyon]
Pagpipilian:
-h, --help Ipakita ang mensahe ng tulong na ito
--input Mag-input ng filename ng larawan (kinakailangan)
--network Ipasok ang sinanay na network filename (kinakailangan)
--output Output csv filename (kinakailangan)

PLASTIMATCH HANGGANAN

Ang hangganan Ang command ay kumukuha ng binary label na imahe bilang input, at bumubuo ng isang imahe ng
hangganan ng imahe bilang output. Ang hangganan ay tinukoy bilang ang mga voxel sa loob ng label
na may mga kalapit na voxel sa labas ng label.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: hangganan ng plastimatch [mga opsyon] input_file
Kailangan:
--output filename para sa output na imahe

PLASTIMATCH I-CROP

Ang ani Ang command ay nag-crop ng isang hugis-parihaba na bahagi ng input file, at sine-save ang bahaging iyon
sa isang output file. Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch crop [mga opsyon]
Kailangan:
--input=image_in
--output=image_out
--voxels="x-min x-max y-min y-max z-min z-max" (mga integer)

Ang mga voxel ay na-index simula sa zero. Sa madaling salita, kung ang laki ng imahe ay M
imes N imes P, ang mga halaga ng x ay dapat nasa pagitan ng 0 at M-1.

halimbawa
Pinipili ng sumusunod na command ang rehiyon na may sukat na 10 imes 10 imes 10, na may unang voxel
ng output image na nasa lokasyon (5,8,12) ng input image:

pag-crop ng plastimatch \
--input in.mha \
--output out.mha \
--voxels "5 14 8 17 12 21"

PLASTIMATCH Ihambing

Ang ihambing inihahambing ng command ang dalawang file sa pamamagitan ng pagbabawas ng isang file mula sa isa pa, at
pag-uulat ng mga istatistika ng pagkakaiba ng imahe. Dapat pareho ang dalawang input file
geometry (pinagmulan, mga sukat, at voxel spacing). Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang
sumusunod:

Paggamit: plastimatch ihambing ang image_in_1 image_in_2

halimbawa
Ibinabawas ng sumusunod na command ang synth_2 mula sa synth_1, at iniuulat ang mga istatistika:

$ plastimatch ihambing ang synth_1.mha synth_2.mha
MIN -558.201904 AVE 7.769664 MAX 558.680847
MAE 85.100204 MSE 18945.892578
DIF 54872 NUM 54872

Ang mga naiulat na istatistika ay binibigyang kahulugan bilang mga sumusunod:

MIN Minimum na halaga ng pagkakaiba ng imahe
AVE Average na halaga ng pagkakaiba ng imahe
MAX Maximum na halaga ng pagkakaiba ng imahe
MAE Mean average na halaga ng pagkakaiba ng imahe
MSE Mean squared na pagkakaiba sa pagitan ng mga larawan
DIF Bilang ng mga pixel na may iba't ibang intensity
NUM Kabuuang bilang ng mga voxel sa larawan ng pagkakaiba

PLASTIMATCH IBAAS

Ang sumulat Ang command ay ginagamit upang bumuo ng dalawang pagbabago. Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang
sumusunod:

Paggamit: plastimatch compose file_1 file_2 outfile

Tandaan: inilapat muna ang file_1, at pagkatapos ay ang file_2.
outfile = file_2 o file_1
x -> x + file_2(x + file_1(x))

Ang mga pagbabago ay maaaring maging anumang uri, kabilang ang pagsasalin, matibay, affine, itk B-spline,
katutubong B-spline, o mga vector field. Ang output file ay palaging isang vector field.

Mayroong karagdagang paghihigpit na hindi bababa sa isa sa mga input file ay dapat na alinman sa a
katutubong B-spline o vector field. Ang paghihigpit na ito ay kinakailangan dahil ganyan ang
resolution at voxel spacing ng output vector field ay pinili.

halimbawa
Ipagpalagay na gusto naming bumuo ng isang matibay na pagbabago (rigid.tfm) na may isang vector field (vf.mha),
tulad na ang pagbabagong-anyo ng output ay katumbas ng paglalapat muna ng matibay na pagbabagong-anyo, at
pangalawa ang vector field.

plastimatch compose rigid.tfm vf.mha composed_vf.mha

PLASTIMATCH CONVERT

Ang palitan Ang command ay ginagamit upang i-convert ang mga file mula sa isang format patungo sa isa pang format. Bilang parte
ng proseso ng conversion, maaari rin itong ilapat (linear o deformable) geometric transforms
sa input na mga imahe. Sa katunayan, palitan ay isa lamang alyas para sa kumiwal utos.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch convert [mga opsyon]
Pagpipilian:
--algorithm algorithm na gagamitin para sa warping, alinman
"itk" o "native", ang default ay native
--ctatts ct attributes file (ginamit ng dij warper)
--default-value value na itatakda para sa mga pixel na hindi alam
halaga, ang default ay 0
--dicom-with-uids itakda sa false upang alisin ang mga uid mula sa ginawa
dicom filename, ang default ay totoo
--dif dif file (ginamit ng dij warper)
--dilim laki ng output na imahe sa mga voxel na "x [yz]"
--direksyon-cosine
oryentasyon ng x, y, at z axes; Tukuyin
alinman sa preset na halaga,
{identity,rotated-{1,2,3},shered}, o 9
digit na matrix string "abcdefghi"
--dose-scale sukatin ang dosis sa pamamagitan ng halagang ito
--nakapirming nakapirming larawan (itugma ang laki ng output dito
larawan)
--input input na direktoryo o filename; maaaring maging isang
imahe, structure set file (cxt o
dicom-rt), file ng dosis (dicom-rt,
monte-carlo o xio), direktoryo ng dicom, o
direktoryo ng xio
--input-cxt mag-input ng cxt file
--input-dose-ast magpasok ng dami ng dosis ng astroid
--input-dose-img magpasok ng dami ng dosis
--input-dose-mc maglagay ng monte carlo volume
--input-dose-xio magpasok ng dami ng dosis ng xio
--input-prefix mag-input ng isang direktoryo ng set ng istraktura
mga larawan (isang larawan bawat file)
--input-ss-img mag-input ng structure set image file
--input-ss-list mag-input ng structure set list file
naglalaman ng mga pangalan at kulay
--interpolation interpolation na gagamitin kapag nag-resampling,
alinman sa "nn" para sa pinakamalapit na kapitbahay o
"linear" para sa tri-linear, ang default ay
pahaba
--metadata metadata ng pasyente (maaari mong gamitin ito
opsyon nang maraming beses), nakasulat na opsyon
bilang "XXXX,YYYY=string"
--modality modality metadata: gaya ng {CT, MR, PT},
default ay CT
--pinanggalingan lokasyon ng unang voxel ng imahe sa mm "xy
z"
--output-colormap lumikha ng isang colormap file na maaaring magamit
na may 3d slicer
--output-cxt mag-output ng cxt-format structure set file
--output-dicom lumikha ng isang direktoryo na naglalaman ng dicom at
dicom-rt na mga file
--output-dij lumikha ng isang dij matrix file
--output-dose-img lumikha ng dami ng imahe ng dosis
--output-img imahe ng output; maaaring mha, mhd, nii,
nrrd, o iba pang format na sinusuportahan ng ITK
--output-labelmap lumikha ng isang structure set na imahe sa bawat isa
voxel na may label bilang isang solong istraktura
--output-pointset lumikha ng isang pointset file na maaaring magamit
na may 3d slicer
--output-prefix lumikha ng isang direktoryo na may hiwalay na imahe
para sa bawat istraktura
--output-prefix-fcsv
lumikha ng isang direktoryo na may hiwalay na fcsv
pointset file para sa bawat istraktura
--output-ss-img lumikha ng isang istraktura set na imahe na
nagbibigay-daan sa magkakapatong na mga istraktura
--output-ss-list lumikha ng isang structure set list file
naglalaman ng mga pangalan at kulay
--uri-output uri ng output na imahe, isa sa {uchar,
maikli, lumutang, ...}
--output-vf lumikha ng isang vector field mula sa input xf
--output-xio lumikha ng isang direktoryo na naglalaman ng xio-format
file
--patient-id metadata ng id ng pasyente: string
--pangalan ng pasyente metadata ng pangalan ng pasyente: string
--pasyente-pos metadata ng posisyon ng pasyente: isa sa
{hfs,hfp,ffs,ffp}
--prefix-format format ng file ng mga rasterized na istruktura,
alinman sa "mha" o "nrrd"
--prune-empty tanggalin ang mga walang laman na istruktura mula sa output
--reference-ct dicom na direktoryo na ginamit upang magtakda ng mga UID at
metadata
--serye-paglalarawan
metadata ng paglalarawan ng serye: string
--simplify-perc tanggalin porsyento ng mga vertex
mula sa mga polyline ng output
--spacing voxel spacing sa mm "x [yz]"
--bersyon ipakita ang bersyon ng programa
--xf input transform na ginagamit upang i-warp ang (mga) larawan
--xor-contours overlapping contours ay dapat na xor'd
sa halip na or'd

Mga halimbawa
Ipinapakita ng unang halimbawa kung paano i-convert ang volume ng DICOM sa NRRD. Ang mga larawan ng DICOM
na binubuo ng volume ay dapat na naka-imbak sa isang solong direktoryo, na para sa halimbawang ito ay
tinatawag na "dicom-in-dir". Dahil ang --output-type na opsyon ay hindi tinukoy, ang output
itutugma ang uri sa uri ng input na volume ng DICOM. Ang format ng output file
(NRRD) ay tinutukoy mula sa extension ng filename.

plastimatch convert \
--input dicom-in-dir \
--output-img outfile.nrrd

Ang halimbawang ito ay higit pang nagko-convert sa uri ng mga intensity ng imahe upang lumutang.

plastimatch convert \
--input dicom-in-dir \
--output-img outfile.nrrd \
--output-type na float

Ang susunod na halimbawa ay nagpapakita kung paano i-resampling ang output na imahe sa ibang geometry. Ang
--origin na opsyon ay nagtatakda ng posisyon ng (gitna ng) unang voxel ng imahe, ang
--dim na opsyon ay nagtatakda ng bilang ng mga voxel, at ang --spacing na opsyon ay nagtatakda ng distansya sa pagitan
mga voxel. Ang mga yunit para sa pinagmulan at espasyo ay ipinapalagay na millimeters.

plastimatch convert \
--input dicom-in-dir \
--output-img outfile.nrrd \
--pinagmulan "-200 -200 -165" \
--dim "250 250 110" \
--spacing "2 2 2.5"

Sa pangkalahatan, nakakapagod na manu-manong tukuyin ang geometry ng output file. Kung
gusto mong itugma ang geometry ng output file sa isang umiiral na file, magagawa mo ito
gamit ang --fixed na opsyon.

plastimatch convert \
--input dicom-in-dir \
--output-img outfile.nrrd \
--fixed reference.nrrd

Ang susunod na halimbawa ay nagpapakita kung paano i-convert ang isang DICOM RT structure set file sa isang imahe gamit
ang --output-ss-img na opsyon. Dahil ang mga istruktura sa DICOM RT ay mga polyline, sila ay
rasterized upang lumikha ng imahe. Ang mga voxel ng output na imahe ay 32-bit integer, kung saan
ang i^th bit ng bawat integer ay may halaga ng isa kung ang voxel ay namamalagi sa katumbas
istraktura, at halagang zero kung ang voxel ay nasa labas ng istraktura. Ang mga pangalan ng istraktura
ay naka-imbak sa hiwalay na file gamit ang --output-ss-list na opsyon.

plastimatch convert \
--input structures.dcm \
--output-ss-img outfile.nrrd \
--output-ss-list outfile.txt

Sa nakaraang halimbawa, hindi tinukoy ang geometry ng output file. Kapag ang
geometry ng isang DICOM RT structure set ay hindi tinukoy, ito ay ipinapalagay na tumugma sa geometry
ng DICOM CT na imahe na nauugnay sa mga contour. Kung ang nauugnay na imahe ng DICOM CT ay
sa parehong direktoryo ng structure set file, awtomatiko itong mahahanap.
Kung hindi, kailangan nating sabihin sa plastimatch kung saan ito matatagpuan gamit ang --dicom-dir na opsyon.

plastimatch convert \
--input structures.dcm \
--output-ss-img outfile.nrrd \
--output-ss-list outfile.txt \
--dicom-dir ../ct-directory

PLASTIMATCH DAIS

Ang plastimatch dais inihahambing ang binary label na mga larawan gamit ang Dice coefficient, Hausdorff
distansya, o contour ibig sabihin ng distansya. Ang mga input na imahe ay itinuturing bilang boolean, kung saan
ang mga hindi zero na halaga ay nangangahulugan na ang voxel ay nasa loob ng istraktura at ang mga zero na halaga ay nangangahulugan na ang
Ang voxel ay nasa labas ng istraktura.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch dice [mga opsyon] reference-image test-image
Pagpipilian:
--lahat ng Compute Dice, Hausdorff, at contour mean
distansya (katumbas ng --dice --hausdorff
--contour-mean)
--contour-mean Compute contour mean distance
--dice Compute Dice coefficient (default)
--hausdorff Compute Hausdorff distansya at average na Hausdorff
layo

halimbawa
Kinakalkula ng sumusunod na command ang lahat ng tatlong istatistika para sa mask1.mha at mask2.mha:

plastimatch dice --lahat ng maskara1.mha mask2.mha

PLASTIMATCH DIFF

Ang plastimatch Diff Ibinabawas ng command ang isang imahe mula sa isa pa, at ini-save ang output bilang a
bagong larawan. Ang dalawang input file ay dapat na may parehong geometry (pinagmulan, mga sukat, at voxel
spacing).

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch diff image_in_1 image_in_2 image_out

halimbawa
Kino-compute ng sumusunod na command ang file1.nrrd minus file2.nrrd, at sine-save ang resulta sa
outfile.nrrd:

plastimatch diff file1.nrrd file2.nrrd outfile.nrrd

PLASTIMATCH DMAP

Ang plastimatch dmap Ang command ay kumukuha ng binary label na imahe bilang input, at lumilikha ng distansya
imahe ng mapa bilang output. Ang output na imahe ay may parehong geometry ng imahe (pinagmulan,
mga sukat, voxel spacing) bilang input na imahe.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch dmap [mga opsyon]
Kailangan:
--input input na direktoryo o filename
--output imahe ng output
Opsyonal:
--algorithm isang string na tumutukoy sa ginamit na algorithm
para sa pagkalkula ng mapa ng distansya, alinman
"maurer", "danielsson", o "itk-danielsson"
(default ay "danielsson")
--inside-positive voxels sa loob ng istraktura ay dapat na
positibo (bilang default ay negatibo sila)
--maximum-distansya
mga voxel na may mga distansyang higit dito
numero ay magkakaroon ng distansya na pinutol sa
itong numero
--squared-distance ibalik ang squared distance sa halip na
layo

halimbawa
Ang sumusunod na command ay nag-compute ng isang distance map file dmap.nrrd mula sa isang binary labelmap na imahe
label.nrrd.:

plastimatch dmap --input label.nrrd --output dmap.nrrd

PLASTIMATCH DRR

Ang utos na ito ay ginagawa.

PLASTIMATCH DVH

Ang dvh Ang command ay lumilikha ng isang dose value histogram (DVH) mula sa isang ibinigay na imahe at istraktura ng dosis
itakda ang imahe. Ang paggamit ng command line ay ibinibigay tulad ng sumusunod:

Paggamit: plastimatch dvh [mga opsyon]
--input-ss-img file
--input-ss-list file
--input-dose file
--output-csv file
--input-units {gy,cgy}
--kumulatibo
--num-bins
--bin-lapad

Ang mga kinakailangang input ay --input-dose, --input-ss-img, --input-ss-list, at --output-csv.
Ang mga yunit ng input dose ay dapat na Gy o cGy. Mabubuo ang mga halaga ng DVH bin
para sa lahat ng mga istrukturang matatagpuan sa mga file ng set ng istraktura. Ang output ay bubuo bilang isang
ASCII csv-format na spreadsheet file, nababasa ng OpenOffice.org o Microsoft Excel.

Ang default ay isang differential (standard) histogram, sa halip na ang pinagsama-samang DVH na
ay pinakakaraniwan sa radiotherapy. Upang lumikha ng pinagsama-samang DVH, gamitin ang --cumulative na opsyon.

Ang default ay lumikha ng 256 bin, bawat isa ay may lapad na 1 Gy. Maaari mong ayusin ang mga halagang ito
gamit ang --num-bins at --bin-width na opsyon.

halimbawa
Para makabuo ng DVH para sa isang solong 2 Gy fraction, maaari tayong pumili ng 250 bin bawat isa sa lapad 1
cGy. Kung ang input dose ay tinukoy na sa cGy, gagamitin mo ang sumusunod na command:

plastimatch dvh \
--input-ss-img structures.mha \
--input-ss-list structures.txt \
--input-dose dose.mha \
--output-csv dvh.csv \
--input-units cgy \
--num-bins 250 \
--bin-lapad 1

PLASTIMATCH Punan

Ang punuin Ang command ay ginagamit upang punan ang isang rehiyon ng imahe na may pare-parehong intensity. Ang rehiyon
ang filled ay tinukoy ng isang mask file, na may mga voxel na may non-zero intensity sa mask image
napupuno.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch fill [mga opsyon]
Pagpipilian:
--input input na direktoryo o filename; maaaring isang imahe
o direktoryo ng dicom
--maskara input filename para sa mask image
--mask-halaga value na itatakda para sa mga pixel sa loob ng mask (para sa
"fill"), o sa labas ng mask (para sa "mask"
--output output filename (para sa image file) o direktoryo
(para sa dicom)
--output-format arg ay dapat na "dicom" para sa dicom output
--uri-output uri ng output na imahe, isa sa {uchar, short,
lumutang, ...}

Mga halimbawa
Ipagpalagay na mayroon kaming isang file na prostate.nrrd na zero sa labas ng prostate, at hindi zero
loob ng prostate. Maaari naming punan ang prostate na may intensity na 1000, habang umaalis
non-prostate area na may orihinal na intensity, gamit ang sumusunod na command.

plastimatch fill \
--input infile.nrrd \
--output outfile.nrrd \
--mask-value 1000 \
--mask prostate.nrrd

PLASTIMATCH FILTER

Ang filter Ang command ay naglalapat ng isang filter sa isang input na imahe, at lumilikha ng isang na-filter na imahe bilang nito
output. Ang filter ay maaaring alinman sa built-in, o custom.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch filter [mga opsyon] input_image
Pagpipilian:
--gabor-k-fib piliin ang direksyon ng gabor sa index i sa loob
fibonacci spiral ng haba n; tinukoy bilang
"sa" kung saan ang i at n ay mga integer, at ang i ay
sa pagitan ng 0 at n-1
--gauss-width ang lapad (sa mm) ng isang pare-parehong Gaussian
pampakinis na filter
--kernel filename ng imahe ng kernel
--output filename ng imahe ng output
--output-kernel output kernel filename
--pattern uri ng filter: {gabor, gauss, kernel},
ang default ay gauss

Ang mga built-in na filter na sinusuportahan ay "gabor" at "gauss". Para sa isang Gaussian, ang lapad ng
Maaaring kontrolin ang Gaussian gamit ang --gauss-width na opsyon. Ang Gabor filter ay kasalukuyang
limitado sa awtomatikong pagpili ng mga direksyon ng filter, na naka-spaced na parang pantay-pantay sa
ang unit sphere. Ang mga custom na filter ay tinukoy sa pamamagitan ng pagbibigay ng kernel file, na
pinagsama-sama sa larawan.

halimbawa
Ang sumusunod na command ay bubuo ng na-filter na imahe mula sa unang gabor filter sa loob ng a
bangko ng 10 mga filter.:

plastimatch filter --pattern gabor Pagsubok/rect-1.mha \
--gabor-k-fib "0 5" --output g-05.mha

PLASTIMATCH Gamma

Ang gama inihahambing ng command ang dalawang larawan gamit ang tinatawag na gamma criterion. Ang gamma
criterion ay tumutukoy na ang mga imahe ay magkapareho sa isang lokasyon ng givel sa loob ng isang reference na imahe
kung mayroong isang voxel na may katulad na intensity sa malapit sa paghahambing na larawan. Parehong lokal
gamma at global gamma ay maaaring gumanap gamit ang command na ito.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch gamma [mga opsyon] image_1 image_2
Pagpipilian:
--analysis-threshold
Pagsusuri ng threshold para sa dosis sa float (para sa
halimbawa, ipasok ang 0.1 para ilapat ang 10% ng
reference na dosis). Ang huling dosis ng threshold
(Gy) ay kinakalkula sa pamamagitan ng pagpaparami nito
halaga at isang ibinigay na reference na dosis (o
maximum na dosis kung hindi ibinigay). (Ang default ay
0.1)
--compute-full-region Sa opsyong ito, magiging ganap na mapa ng gamma
nabuo sa buong rehiyon ng larawan
(kahit para sa mababang dosis na rehiyon). Ito ay
inirerekomenda na huwag gamitin ang opsyong ito sa
bilisan ang pagcompute. Ito ay walang
epekto sa gamma pass-rate.
--pagtitiis sa dosis Ang scaling coefficient para sa dosis
pagkakaiba. (hal. maglagay ng 0.02 kung gusto mo
ilapat ang 2% na pamantayan sa pagkakaiba ng dosis)
(default ay 0.03)
--dta-tolerance Ang pag-scale ng distance-to-agreement (DTA).
koepisyent sa mm (default ay 3)
--gamma-max Ang maximum na halaga ng gamma upang makalkula;
mas mabilis tumakbo ang mas maliliit na value (default ay
2.0)
--inherent-resample
Halaga ng espasyo sa [mm]. Ang basehan
ang imahe mismo ay mai-resample nito
value (Tandaan: resampling compare-image to
Ang ref-image ay likas na). Kung arg
0, hindi pinagana ang opsyong ito. (Ang default ay
-1.0)
--interp-search Gamit ang opsyong ito, matalinong interpolation
gagamitin ang paghahanap sa mga puntong malapit sa
reference point. Aalisin nito ang
pangangailangan ng fine resampling. Gayunpaman, ito
mas matagal magcompute.
--local-gamma Sa opsyong ito, ang pagkakaiba ng dosis ay
kinakalkula batay sa lokal na dosis
pagkakaiba. Kung hindi, isang ibinigay na sanggunian
gagamitin ang dosis, na tinatawag na
global-gamma.
--output Output na larawan
--output-failmap File path para sa binary gamma evaluation
resulta.
--output-text Path ng text file para sa pagsusuri ng gamma
resulta.
--reference-dose Ang dosis ng reseta (Gy) dati
kalkulahin ang pagpapaubaya sa dosis; kung hindi tinukoy,
pagkatapos ay ang maximum na dosis sa reference volume ay
ginamit
--resample-nn Sa opsyong ito, gagawin ng Nearest Neighbor
gamitin sa halip na linear interpolation
sa resampling ng compare-image sa
reference na larawan. Hindi inirerekomenda para sa
mas mahusay na mga resulta.

halimbawa
Ang isang gamma na imahe ay ginawa mula sa dalawang input na imahe gamit ang mga default na parameter. Ito ay
maging isang pandaigdigang gamma, gamit ang maximum na intensity ng reference na imahe bilang gamma
halaga ng normalisasyon.:

plastimatch gamma --output gamma.mha \
reference-image.mha compare-image.mha

PLASTIMATCH HEADER

Ang header Ang command ay ginagamit upang ipakita ang mga simpleng katangian tungkol sa volume, tulad ng
uri ng data ng imahe at geometry ng imahe.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch header [mga opsyon] input_file [input_file ...]
Pagpipilian:
-h, --help ipakita ang mensahe ng tulong na ito
--bersyon ipakita ang bersyon ng programa

halimbawa
Maaari naming ipakita ang geometry ng anumang sinusuportahang uri ng file, gaya ng mha, nrrd, o dicom. Kami
maaaring patakbuhin ang utos tulad ng sumusunod:

$ plastimatch header input.mha
Uri = lumutang
Mga eroplano = 1
Pinagmulan = -180 -180 -167.75
Sukat = 512 512 120
Spacing = 0.7031 0.7031 2.5
Direksyon = 1 0 0 0 1 0 0 0 1

Mula sa impormasyon ng header, nakita namin na ang larawan ay may 120 na hiwa, at ang bawat hiwa ay 512 x
512 pixels. Ang slice spacing ay 2.5 mm, at ang in-plane pixel spacing ay 0.7031 mm.

PLASTIMATCH JACOBIAN

Ang jacobian kino-compute ng command ang Jacobian determinant ng isang vector field. Alinman sa a
Maaaring kalkulahin ang Jacobian determinant na imahe, o ang buod nitong mga istatistika.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch jacobian [mga opsyon]
Pagpipilian:
--input direktoryo ng input o filename ng imahe
--output-img imahe ng output; maaaring mha, mhd, nii, nrrd,
o iba pang format na sinusuportahan ng ITK
--output-stats output stats file; .txt na format

halimbawa
Upang lumikha ng isang Jacobian determinant na imahe mula sa isang vector field file vf.mha, patakbuhin ang sumusunod:

plastimatch jacobian \
--input vf.mha --output-img vf_jac.mha

PLASTIMATCH MABS

Ang mabs nagsasagawa ang command ng multi-atlas based segmentation (MABS) na operasyon. Ang utos
ay maaaring gumana sa isa sa ilang mode ng pagsasanay, o sa segmentation mode.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch mabs [mga opsyon] command_file
Pagpipilian:
--atlas-selection tumakbo lang atlas selection
--convert pre-process atlas
--output output (non-dicom) na direktoryo kapag ginagawa
isang segmentasyon
--output-dicom output dicom na direktoryo kapag gumagawa ng a
pagkakahati
--pre-align pre-process atlas
--segment gumamit ng mabs upang i-segment ang tinukoy na larawan
o direktoryo
--train magsagawa ng buong pagsasanay upang mahanap ang pinakamahusay
mga parameter ng pagpaparehistro at segmentasyon
--train-atlas-selection tumakbo lang ng train atlas selection
--train-registration magsagawa ng limitadong pagsasanay upang mahanap ang
pinakamahusay na mga parameter ng pagpaparehistro lamang

Bago patakbuhin ang mabs command, dapat kang lumikha ng configuration file, at dapat
ayusin ang iyong data ng pagsasanay sa tamang format ng direktoryo. Para sa kumpletong paglalarawan
ng syntax ng command file at mga halimbawa ng paggamit, mangyaring sumangguni sa mabs_guidebook at ang
segmentation_command_file_reference.

PLASTIMATCH mASK

Ang mask Ang command ay ginagamit upang punan ang isang rehiyon ng imahe na may pare-parehong intensity. Ang rehiyon
ang filled ay tinukoy ng isang mask file, na may mga voxel na may zero intensity sa mask image being
napuno. Kaya, ito ay ang kabaligtaran ng punuin utos.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch mask [mga opsyon]
Pagpipilian:
--input input na direktoryo o filename; maaaring maging isang
direktoryo ng imahe o dicom
--maskara input filename para sa mask image
--mask-halaga value na itatakda para sa mga pixel sa loob ng mask (para sa
"fill"), o sa labas ng mask (para sa "mask"
--output output filename (para sa image file) o
direktoryo (para sa dicom)
--output-format arg ay dapat na "dicom" para sa dicom output
--uri-output uri ng output na imahe, isa sa {uchar, short,
lumutang, ...}

Mga halimbawa
Ipagpalagay na mayroon kaming isang file na tinatawag na patient.nrrd, na zero sa labas ng pasyente, at
non-zero sa loob ng pasyente. Kung gusto nating punan ang lugar sa labas ng pasyente ng
halaga -1000, ginagamit namin ang sumusunod na utos.

plastimatch mask \
--input infile.nrrd \
--output outfile.nrrd \
--negate-mask \
--mask-value -1000 \
--mask pasyente.nrrd

PLASTIMATCH ML-CONVERT

Isusulat.

PLASTIMATCH PROBE

Ang plastimatch suriing mabuti Ang command ay ginagamit upang suriin ang intensity ng imahe o field ng vector
displacement sa isa o higit pang mga posisyon sa loob ng isang volume. Ang mga posisyon ng probe ay maaaring
tinukoy sa mga coordinate ng mundo (sa mm), gamit ang --lokasyon na opsyon, o bilang mga indeks ng imahe
gamit ang --index na opsyon. Ang mga lokasyon o indeks ay linearly interpolated kung nagsisinungaling ang mga ito
sa pagitan ng mga voxel.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch probe [options] file
Pagpipilian:
-i, --index Listahan ng mga voxel index, gaya ng
"ijk;ijk;..."
-l, --lokasyon Listahan ng mga spatial na lokasyon, gaya ng
"ijk;ijk;..."

Ang command ay maglalabas ng isang linya para sa bawat probe na hiniling. Kasama sa bawat linya ng output ang
sumusunod na mga patlang.:

PROBE# Ang probe number, simula sa zero
INDEX Ang (fractional) na posisyon ng probe bilang voxel index
LOC Ang posisyon ng probe sa mga coordinate ng mundo
VALUE Ang intensity (para sa mga volume) o displacement
(para sa mga vector field)

halimbawa
Ginagamit namin ang opsyong index upang makita ang intensity ng imahe sa coordinate (2,3,4), at sa lokasyon
opsyon upang makita ang intensity ng larawan sa dalawang magkaibang lokasyon:

plastimatch probe \
--index "2 3 4" \
--lokasyon "0 0 0; 0.5 0.5 0.5" \
infile.nrrd

Kasama sa output ang tatlong resulta ng probe. Ang bawat probe ay nagpapakita ng probe index, voxel
index, lokasyon ng voxel, at intensity.

0: 2.00, 3.00, 4.00; -22.37, -21.05, -19.74; -998.725891
1: 19.00, 19.00, 19.00; 0.00, 0.00, 0.00; -0.000197
2: 19.38, 19.38, 19.38; 0.50, 0.50, 0.50; -9.793450

PLASTIMATCH REGISTER

Ang plastimatch magparehistro Ang command ay ginagamit upang maisagawa ang linear o deformable na pagpaparehistro ng
dalawang larawan. Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch register command_file

Ang command file ay isang ordinaryong text file, na naglalaman ng isang pandaigdigang seksyon at isa
o higit pang mga yugto ng mga seksyon. Ang pandaigdigang seksyon ay nagsisimula sa isang linya na naglalaman lamang ng string
"[GLOBAL]", at ang bawat yugto ay nagsisimula sa isang linya na naglalaman ng string na "[STAGE]".

Ginagamit ang pandaigdigang seksyon upang magtakda ng mga input file, output file, at mga global na parameter, habang
ang bawat yugto ng seksyon ay tumutukoy sa isang sunud-sunod na yugto ng pagproseso. Para sa isang kumpletong
paglalarawan ng syntax ng command file, mangyaring sumangguni sa
registration_command_file_reference.

Mga halimbawa
Kung gusto mong irehistro ang image_2.mha upang tumugma sa image_1.mha gamit ang pagpaparehistro ng B-spline,
lumikha ng isang command file tulad nito:

# command_file.txt
[GLOBAL]
fixed=image_1.mha
moving=image_2.mha
img_out=warped_2.mha
xform_out=bspline_coefficients.txt

[YUGTO]
xform=bspline
impl=plastimatch
threading=openmp
max_its=30
regularization_lambda=0.005
grid_spac=100 100 100
res=4 4 2

Pagkatapos, patakbuhin ang pagpaparehistro tulad nito:

plastimatch register command_file.txt

Ang halimbawa sa itaas ay gumaganap lamang ng isang yugto ng pagpaparehistro. Kung gusto mong gawin
multi-stage registration, gumamit ng maramihang [STAGE] na seksyon. Ganito:

# command_file.txt
[GLOBAL]
fixed=image_1.mha
moving=image_2.mha
img_out=warped_2.mha
xform_out=bspline_coefficients.txt

[YUGTO]
xform=bspline
impl=plastimatch
threading=openmp
max_its=30
regularization_lambda=0.005
grid_spac=100 100 100
res=4 4 2

[YUGTO]
max_its=30
grid_spac=80 80 80
res=2 2 1

[YUGTO]
max_its=30
grid_spac=60 60 60
res=1 1 1

Para sa higit pang mga halimbawa, mangyaring sumangguni sa image_registration_guidebook.

PLASTIMATCH RESAMPLE

Ang muling pagbabago Maaaring gamitin ang command upang baguhin ang geometry ng isang imahe.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch resample [mga opsyon]
Kinakailangan: --input=file
--output=file
Opsyonal: --subsample="xyz"
--fixed=file
--origin="xyz"
--spacing="xyz"
--size="xyz"
--output_type={uchar,short,ushort,float,vf}
--interpolation={nn, linear}
--default_val=val

halimbawa
Maaari naming gamitin ang --subsample na opsyon upang i-bin ang isang integer na bilang ng mga voxel sa iisang voxel.
Kaya halimbawa, kung gusto naming i-bin ang isang cube na may sukat na 3x3x1 voxels sa isang voxel, gagawin namin
gawin ang sumusunod.

plastimatch resample \
--input infile.nrrd \
--output outfile.nrrd \
--subsample "3 3 1"

PLASTIMATCH SCALE

Ang sukatan sinusukat ng command ang isang imahe o vector field sa pamamagitan ng pagpaparami ng bawat voxel sa isang pare-pareho
halaga.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch scale [mga opsyon] input_file
Pagpipilian:
--output filename para sa output na imahe o vector field
--timbang sukatin ang input image o vector field sa pamamagitan nito
halaga (float)

halimbawa
Lumilikha ang command na ito ng isang output file na may intensity ng imahe (o haba ng voxel) nang dalawang beses na mas malaki
bilang mga halaga ng input:

plastimatch scale --output output.mha --weight 2.0 input.mha

PLASTIMATCH SEGMEN

Ang bahagi Ang command ay gumagawa ng simpleng threshold-based na segentation. Ang paggamit ng command line ay
ibinigay tulad ng sumusunod:

Paggamit: plastimatch segment [mga opsyon]
Pagpipilian:
-h, --help Ipakita ang mensahe ng tulong na ito
--input Mag-input ng filename ng larawan (kinakailangan)
--lower-threshold Mas mababang threshold (isama ang mga voxel
higit sa halagang ito)
--output-dicom Output na direktoryo ng dicom (para sa RTSTRUCT)
--output-img Pangalan ng file ng imahe ng output
--itaas na threshold Upper threshold (isama ang mga voxel
mas mababa sa halagang ito)

halimbawa
Ipagpalagay na mayroon kaming isang CT na imahe ng isang tangke ng tubig, at nais naming lumikha ng isang imahe na mayroon ng mga iyon
kung saan may tubig, at mga sero kung saan may hangin. Pagkatapos ay magagawa natin ito:

segment ng plastimatch \
--input water.mha \
--output-img water-label.mha \
--lower-threshold -500

Kung gusto namin sa halip na lumikha ng isang hanay ng istraktura ng DICOM-RT, dapat naming tukuyin ang isang imahe ng DICOM
bilang input. Papayagan nito ang plastimatch na lumikha ng DICOM-RT na may tamang pasyente
pangalan, id ng pasyente, at mga UID. Ang output file ay tatawaging "ss.dcm".

segment ng plastimatch \
--input water_dicom \
--output-dicom water_dicom \
--lower-threshold -500

PLASTIMATCH STATS

Ang plastimatch stats command ay nagpapakita ng ilang pangunahing istatistika tungkol sa larawan papunta sa
screen.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch stats file [file ...]

Ang mga input file ay maaaring 2D projection na mga larawan, 3D volume, o 3D vector field.

halimbawa
Ang sumusunod na command ay nagpapakita ng mga istatistika para sa 3D volume synth_1.mha.

$ plastimatch stats synth_1.mha
MIN -999.915161 AVE -878.686035 MAX 0.000000 NUM 54872

Ang mga naiulat na istatistika ay binibigyang kahulugan bilang mga sumusunod:

MIN Minimum na intensity sa larawan
AVE Average na intensity sa imahe
MAX Pinakamataas na intensity sa larawan
NUM Bilang ng mga voxel sa larawan

halimbawa
Ang sumusunod na command ay nagpapakita ng mga istatistika para sa 3D vector field vf.mha:

$ plastimatch stats vf.mha
Min: 0.000 -0.119 -0.119
Mean: 13.200 0.593 0.593
Max: 21.250 1.488 1.488
Mean abs: 13.200 0.594 0.594
Enerhiya: MINDIL -6.79 MAXDIL 0.166 MAXSTRAIN 41.576 TOTSTRAIN 70849
Min dilation sa: (29 19 19)
Jacobian: MINJAC -6.32835 MAXJAC 1.15443 MINABSJAC 0.360538
Min abs jacobian sa: (28 36 36)
Pangalawang derivatives: MINSECDER 0 MAXSECDER 388.82 TOTSECDER 669219
INTSECDER 1.524e+06
Max pangalawang derivative: (29 36 36)

Ang mga row na tumutugma sa "Min, Mean, Max, at Mean abs" ay may tatlong numero, na
tumutugma sa x, y, at z coordinates. Samakatuwid, kinakalkula nila ang mga istatistikang ito para sa
magkahiwalay ang bawat direksyon ng vector.

Ang natitirang mga istatistika ay inilarawan bilang mga sumusunod:

MINDIL Minimum na dilation
MAXDIL Pinakamataas na dilation
MAXSTRAIN Pinakamataas na strain
TOTSTRAIN Kabuuang strain
MINJAC Minimum Jacobian
MAXJAC Maximum na Jacobian
MINABSJAC Minimum absolute Jacobian
MINSECDER Minimum na pangalawang derivative
MAXSECDER Pinakamataas na pangalawang derivative
TOTSECDER Kabuuang pangalawang derivative
INTSECDER Integral pangalawang derivative

PLASTIMATCH SINTH

Ang synth Ang command ay lumilikha ng isang sintetikong imahe. Ang mga sumusunod na uri ng mga larawan ay maaaring
nilikha, sa pamamagitan ng pagtukoy ng naaangkop na --pattern na opsyon. Ang bawat isa sa mga pattern na ito ay kasama
isang synthetic structure set at synthetic dose na maaaring gamitin para sa pagsubok.

· donut -- isang hugis donut na istraktura

· gauss -- isang Gaussian blur

· grid -- isang 3D grid

· baga -- isang sintetikong baga na may tumor

· rect -- isang pare-parehong parihaba sa loob ng pare-parehong background

· sphere -- isang unipormeng globo sa loob ng pare-parehong background

· xramp -- isang imahe na linearly nag-iiba-iba ng intensity sa x direksyon

· yramp -- isang imahe na linearly na nag-iiba-iba ng intensity sa y na direksyon

· zramp -- isang imahe na linearly nag-iiba-iba ng intensity sa z direksyon

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch synth [mga opsyon]
Pagpipilian:
--background intensity ng background na rehiyon
--silindro-gitna lokasyon ng cylinder center sa mm "x [y
z]"
--silindro-radius laki ng silindro sa mm "x [yz]"
--dicom-with-uids itakda sa false upang alisin ang mga uid mula sa ginawa
dicom filename, ang default ay totoo
--dilim laki ng output na imahe sa mga voxel na "x [yz]"
--direksyon-cosine
oryentasyon ng x, y, at z axes; Tukuyin
alinman sa preset na halaga,
{identity,rotated-{1,2,3},shered}, o 9
digit na matrix string "abcdefghi"
--donut-center lokasyon ng donut center sa mm "x [yz]"
--donut-radius laki ng donut sa mm "x [yz]"
--donut-rings bilang ng mga singsing ng donut (2 singsing para sa
tradisyonal na donut)
--dose-center lokasyon ng sentro ng dosis sa mm "xyz"
--laki ng dosis mga sukat ng siwang ng dosis sa mm "x [y
z]", o mga lokasyon ng mga parihaba na sulok
sa mm "x1 x2 y1 y2 z1 z2"
--nakapirming nakapirming larawan (itugma ang laki ng output dito
larawan)
--foreground intensity ng foreground na rehiyon
--gabor-k-fib piliin ang direksyon ng gabor sa index i sa loob
fibonacci spiral ng haba n; tinukoy
bilang "sa" kung saan ang i at n ay mga integer, at
ako ay nasa pagitan ng 0 at n-1
--gauss-center lokasyon ng Gaussian center sa mm "x [y
z]"
--gauss-std lapad ng Gaussian sa mm "x [yz]"
--grid-pattern grid pattern spacing sa voxels "x [yz]"
--input input na imahe (magdagdag ng sintetikong pattern sa
umiiral na larawan)
--lung-tumor-pos posisyon ng tumor sa mm "z" o "xyz"
--metadata metadata ng pasyente (maaari mong gamitin ito
opsyon nang maraming beses)
--ingay-ibig sabihin ibig sabihin intensity ng gaussian ingay
--ingay-std standard deviation ng gaussian noise
--pinanggalingan lokasyon ng unang voxel ng imahe sa mm "xy
z"
--output pangalan ng file output
--output-dicom output na direktoryo ng dicom
--output-dose-img filename para sa imahe ng dosis ng output
--output-ss-img filename para sa output structure set image
--output-ss-list filename para sa output file na naglalaman ng
mga pangalan ng istruktura
--uri-output uri ng data para sa output na imahe: {uchar,
maikli, ushort, ulong, float}, ang default ay
lumutang
--patient-id metadata ng id ng pasyente: string
--pangalan ng pasyente metadata ng pangalan ng pasyente: string
--pasyente-pos metadata ng posisyon ng pasyente: isa sa
{hfs,hfp,ffs,ffp}
--pattern synthetic pattern na gagawin: {cylinder,
donut, dosis, gabor, gauss, grid, baga,
ingay, rect, sphere, xramp, yramp,
zramp}, ang default ay gauss
--penumbra lapad ng dosis penumbra sa mm
--rect-size lapad ng parihaba sa mm "x [yz]", o
mga lokasyon ng mga parihaba na sulok sa mm "x1
x2 y1 y2 z1 z2"
--spacing voxel spacing sa mm "x [yz]"
--sphere-center lokasyon ng sphere center sa mm "xyz"
--sphere-radius radius ng sphere sa mm "x [yz]"
--laki ng volume laki ng output na imahe sa mm "x [yz]"

Mga halimbawa
Gumawa ng cubic water phantom na 30 x 30 x 40 cm na may zero na posisyon sa gitna ng tubig
ibabaw:

plastimatch synth \
--pattern rect \
--output water_tank.mha \
--rect-size "-150 150 0 400 -150 150" \
--pinagmulan "-245.5 245.5 -49.5 449.5 -149.5 149.5" \
--spacing "1 1 1" \
--dim "500 500 300"

Gumawa ng lung phantoms na may dalawang magkaibang posisyon ng tumor, at output sa dicom:

plastimatch synth \
--pattern baga \
--output-dicom lung_inhale \
--lung-tumor-pos "0 0 10"
plastimatch synth \
--pattern baga \
--output-dicom lung_exhale \
--lung-tumor-pos "0 0 -10"

PLASTIMATCH SYNTH-VF

Ang synth-vf Ang command ay lumilikha ng isang synthetic vector field. Ang mga sumusunod na uri ng vector
maaaring malikha ang mga patlang, sa pamamagitan ng pagtukoy ng naaangkop na opsyon.

· gauss -- isang gaussian warp

· radial -- isang radial expansion o contraction

· pagsasalin -- isang pare-parehong pagsasalin

· zero -- isang vector field na zero sa lahat ng dako

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch synth-vf [mga opsyon]
Pagpipilian:
--dilim laki ng output na imahe sa mga voxel na "x [yz]"
--direksyon-cosine
oryentasyon ng x, y, at z axes; Tukuyin
alinman sa preset na halaga, {identity,
rotated-{1,2,3}, sheared}, o 9 digit
matrix string "abcdefghi"
--nakapirming Isang input na imahe na ginamit upang itakda ang laki ng
output
--gauss-center lokasyon ng sentro ng gaussian warp "x [y
z]"
--gauss-mag displacment magnitude para sa gaussian warp in
mm "x [yz]"
--gauss-std lapad ng gaussian std sa mm "x [yz]"
--pinanggalingan lokasyon ng unang voxel ng imahe sa mm "xy
z"
--output pangalan ng file output
--radial-center lokasyon ng sentro ng radial warp "x [y
z]"
--radial-mag displacement magnitude para sa radial warp in
mm "x [yz]"
--spacing voxel spacing sa mm "x [yz]"
--laki ng volume laki ng output na imahe sa mm "x [yz]"
--xf-gauss gaussian warp
--xf-radial radial expansion (o contraction)
--xf-trans pare-parehong pagsasalin sa mm "xyz"
--xf-zero Null transform

PLASTIMATCH THRESHOLD

Ang threshold Ang command ay lumilikha ng binary labelmap na imahe mula sa isang input intensity image.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch threshold [mga opsyon]
Pagpipilian:
--sa itaas halaga sa itaas kung saan ang output ay may mataas na halaga
--sa ibaba halaga sa ibaba kung saan ang output ay may mataas na halaga
--input input na direktoryo o filename
--output imahe ng output
--saklaw isang string na bumubuo ng isang listahan ng mga hanay ng threshold
ng anyong "r1-lo,r1-hi,r2-lo,r2-hi,...",
tulad thatvoxels na may intensities sa loob ng anumang
ng mga hanay ([r1-lo,r1-hi], [r2-lo,r2-hi],
...) ay may mataas na halaga ng output

halimbawa
Ang sumusunod na command ay lumilikha ng binary label na imahe na may halaga 1 kapag ang mga intensity ng input ay
sa pagitan ng 100 at 200, at value 0 kung hindi man.:

hangganan ng plastimatch \
--input input_image.nrrd \
--output output_labe.nrrd \
--saklaw na "100,200"

PLASTIMATCH THUMBNAIL

Ang kuko ng hinlalaki Ang command ay bumubuo ng isang two-dimensional na thumbnail na imahe ng isang axial slice ng
dami ng input. Ang output na imahe ay hindi kinakailangang tumugma nang eksakto sa isang integer slice
numero. Ang lokasyon ng output na imahe sa loob ng slice ay palaging nakasentro.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch thumbnail [mga opsyon] input-file
Pagpipilian:
--input file
--output file
--thumbnail-dim na laki
--laki ng thumbnail-spacing
--slice-loc na lokasyon

halimbawa
Gumagawa kami ng two-dimensional na imahe na may resolution na 10 x 10 pixels, sa axial na lokasyon 0, at
ng laki 20 x 20 mm:

thumbnail ng plastimatch \
--input in.mha --output out.mha \
--thumbnail-dim 10 \
--thumbnail-spacing 2 \
--slice-loc 0

PLASTIMATCH Unyon

Ang unyon Ang command ay lumilikha ng isang binary volume na siyang lohikal na pagsasama ng dalawang input na imahe.
Ang mga voxel sa output na imahe ay may halaga ng isa kung ang voxel ay hindi zero sa alinman sa input na imahe,
o halagang zero kung ang voxel ay zero sa parehong input na mga imahe.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch union [mga opsyon] input_1 input_2
Pagpipilian:
-h, --help ipakita ang mensahe ng tulong na ito
--output filename para sa output na imahe
--bersyon ipakita ang bersyon ng programa

halimbawa
Ang sumusunod na command ay lumilikha ng isang volume na ang pagsasama-sama ng dalawang input na imahe:

plastimatch union \
--output itv.mha \
phase_1.mha phase_2.mha

PLASTIMATCH WARP

Ang kumiwal Ang command ay isang alias para sa palitan. Mangyaring mag-refer sa plastimatch palitan para sa
listahan ng mga parameter ng command line.

Mga halimbawa
Upang i-warp ang isang imahe gamit ang B-spline coefficients na nabuo ng plastimatch register
command (naka-save sa file na bspline.txt), gawin ang sumusunod:

plastimatch warp \
--input infile.nrrd \
--output outfile.nrrd \
--xf bspline.txt

Sa nakaraang halimbawa, ang geometry ng output file ay tinutukoy ng geometry
impormasyon sa bspline coefficient file. Maaari kang mag-resample sa ibang geometry
gamit ang --fixed, o --origin, --dim, at --spacing.

plastimatch warp \
--input infile.nrrd \
--output outfile.nrrd \
--xf bspline.txt \
--fixed reference.nrrd

Kapag nag-warping ng structure set image, kung saan ang integer bits ay tumutugma sa structure
membership, kailangan mong gumamit ng pinakamalapit na interpolation ng kapitbahay kaysa sa linear
interpolation.

plastimatch warp \
--input structures-in.nrrd \
--output structures-out.nrrd \
--xf bspline.txt \
--interpolation nn

Kung minsan, ang mga voxel na matatagpuan sa labas ng geometry ng input na imahe ay mai-warped sa
ang geometry ng output na imahe. Bilang default, ang mga lugar na ito ay "napunan" ng isang
intensity ng zero. Maaari kang pumili ng ibang halaga para sa mga lugar na ito gamit ang
--default-value na opsyon.

plastimatch warp \
--input infile.nrrd \
--output outfile.nrrd \
--xf bspline.txt \
--default-value -1000

Bilang karagdagan sa mga larawan at istruktura, ang mga landmark na na-export mula sa 3D Slicer ay maaari ding
bingkong.

plastimatch warp \
--input fixed_landmarks.fcsv \
--output-pointset warped_landmarks.fcsv \
--xf bspline.txt

Minsan, maaaring kanais-nais na maglapat ng pagbabagong tahasang tinukoy ng isang vector field
sa halip na gumamit ng B-spline coefficients. Upang payagan ito, ang --xf na opsyon ay tumatanggap din
dami ng field ng vector. Halimbawa, ang nakaraang halimbawa ay magiging.

plastimatch warp \
--input fixed_landmarks.fcsv \
--output-pointset warped_landmarks.fcsv \
--xf vf.mha

PLASTIMATCH XF-CONVERT

Ang xf-convert nagko-convert ang command sa pagitan ng mga uri ng pagbabago. Ang pagbabago ay maaaring alinman sa a
B-spline transform, o isang vector field. Mayroong dalawang magkaibang uri ng B-spline
transform format: ang plastimatch native na format, at ang ITK format. Karagdagan sa
pag-convert ng uri ng pagbabago, ang xf-convert Maaari ring baguhin ng command ang grid-spacing ng
Nagbabago ang B-spline.

Ang paggamit ng command line ay ibinibigay bilang mga sumusunod:

Paggamit: plastimatch xf-convert [mga opsyon]
Pagpipilian:
--dilim Laki ng output na imahe sa mga voxel na "x [yz]"
--grid-spacing B-spline grid spacing sa mm "x [yz]"
--input Ipasok ang xform filename (kinakailangan)
--nobulk Alisin ang maramihang pagbabago para sa itk_bspline
--pinanggalingan Lokasyon ng unang larawan na voxel sa mm "xyz"
--output Output xform filename (kinakailangan)
--uri-output Uri ng xform na gagawin (kinakailangan), piliin
mula sa {bspline, itk_bspline, vf}
--spacing Voxel spacing sa mm "x [yz]"

halimbawa
Gusto naming i-convert ang isang B-spline transform sa isang vector field. Kung ang B-spline transform ay
sa native-format, ang vector field geometry ay tinutukoy ng mga value na makikita sa
baguhin ang header.:

plastimatch xf-convert \
--input bspline.txt \
--output vf.mha \
--output-type vf

Gayundin, kung gusto nating i-convert ang isang vector field sa isang set ng B-spline coefficients na may a
control-point spacing na 30 mm sa bawat direksyon.

plastimatch xf-convert \
--input vf.mha \
--output bspline.txt \
--output-type bspline \
--grid-spacing 30

Gumamit ng plastimatch online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net