primeDLRS - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

primeDLRS, primeGSRf - Guest-in-host tree reconciliation tool

SINOPSIS

primeDLRS [Opsyon] seqfile hostfile [gsfile]

DESCRIPTION

Guest-in-host tree reconciliation tool, pagpapagana ng pagsusuri ng hal. guest tree topologies,
mga katangian ng pagkakasundo at mga rate ng pagkawala ng duplikasyon. Batay sa isang Bayesian MCMC framework
gamit ang pinagbabatayan na modelo ng GSR. Ang lumang pangalan ng programa, primeGSRf, ay magagamit pa rin bilang a
symlink sa primeDLRS.

1) ang topology ng guest tree at ang mga oras ng divergence nito ay na-modelo na may duplication-
proseso ng pagkawala alinsunod sa Gene Evolution Model (GEM).

2) ang sequence evolution ay namodelo gamit ang isang modelo ng pagpapalit na tinukoy ng gumagamit.

3) sequence evolution rate variation sa ibabaw ng guest tree edges (relaxed molecular clock)
ay namodelo ng mga halaga ng iid mula sa pamamahagi na pinili ng user.

4) ang sequence evolution rate variation sa mga site (posisyon) ay namodelo ayon sa
isang discretized na pamamahagi ng Gamma.

Gumagamit ang pagpapatupad ng discretization ng host tree upang maisagawa ang mga pagkalkula nito.
Pakisuri ang mga available na opsyon, dahil kakailanganin mong baguhin ang mga default na setting. Pagpipilian -r
maaaring maging kapaki-pakinabang upang maiwasan ang mga isyu sa numero dahil sa pag-scale.

seqfile ay isang file na may mga nakahanay na sequence para sa mga dahon ng guest tree.

hostfile ay isang PrIME Newick file na may kasamang puno ng host. mga oras ng pagkakaiba-iba. Dapat mayroon ang mga dahon
oras 0 at ugat ay may oras > 0.

gsfile ay isang tab-delimited na file na nag-uugnay sa mga dahon ng puno ng bisita sa mga dahon ng puno kung hindi ang impormasyon
kasama sa hostfile.

Opsyon

-h, -u, -?
Ipakita ang tulong (ang tekstong ito).

-o FILE
Pangalan ng file output. Default sa stderr.

-s UNSIGNED_INT
Binhi para sa pseudo-random number generator. Default sa random na binhi.

-i UNSIGNED_INT
Bilang ng mga pag-ulit. Default sa .

-t UNSIGNED_INT
Pagnipis, ibig sabihin, sample bawat -ika-ulit. Default sa .

-w UNSIGNED_INT
Output diagnostics sa stderr bawat -ika sample. Default sa .

-q Huwag maglabas ng mga diagnostic. Hindi tahimik bilang default.

-m MCMC|PDHC|PD
Uri ng execution (MCMC, posterior density hill-climbing mula sa mga unang value, o just
paunang posterior density). Default sa .

-Sm UniformAA|JC69|F81|JTT|UniformCodon|ArveCodon
Modelo ng pagpapalit. bilang default.

-Su DNA|AminoAcid|Codon
...float(n*(n-1)/2)>
Modelo ng pagpapalit na tinukoy ng gumagamit. Ang laki ng Pi at R ay dapat magkasya sa uri ng data (DNA: n=4,
AminoAcid: n=20, Codon: n=62). Ang R ay ibinibigay bilang isang flattened upper triangular matrix.
Huwag gamitin ang parehong opsyon -Su at -Sm.

-Sn UNSIGNED_INT
Bilang ng mga hakbang ng discretized Gamma-distribution para sa sequence evolution rate
pagkakaiba-iba sa mga site. Default sa (walang variation).

-Ed Gamma|InvG|LogN|Uniform
Pamamahagi para sa pagkakaiba-iba ng rate ng ebolusyon ng iid sequence sa mga gilid ng guest tree.
Default sa (hindi malito sa -Sn).

-Ep Lumutang Lumutang
Paunang mean at pagkakaiba-iba ng sequence evolution rate. Default sa simpleng tuntunin ng-
hinlalaki batay sa mga oras ng puno ng host.

-Ef Ayusin ang mean at variance ng sequence evolution rate. Hindi naayos bilang default.

-Gi FILE
Filename na may paunang guest tree topology.

-Gg Ayusin ang paunang guest tree topology, ibig sabihin, hindi magsagawa ng branch-swapping. Hindi naayos ng
default.

-Gl Ayusin ang mga paunang haba ng gilid ng guest tree (bilang karagdagan sa topology), ibig sabihin, ayusin ang gilid
mga haba. Hindi naayos bilang default.

-Bp Lumutang Lumutang
Mga rate ng paunang pagdoble at pagkawala. Default sa at .

-Bf Ayusin ang mga rate ng paunang pagdoble at pagkawala. Hindi naayos bilang default.

-Bt Lumutang
I-override ang tagal ng oras ng gilid sa itaas ng ugat sa puno ng host. Kung ang value ay <=0, ang span
ay itatakda na katumbas ng oras ng ugat-sa-dahon. Default sa value sa host tree file.
Tingnan din ang opsyon -Dtt.

-Dt Lumutang
Tinatayang timestep ng discretization. Itakda sa 0 upang hatiin ang bawat gilid sa pantay na marami
mga bahagi (tingnan ang -Di). Default sa . Tingnan ang -Dtt para sa gilid sa itaas ng ugat.

-Di UNSIGNED_INT
Minimum na bilang ng mga bahagi na paghiwa-hiwain ang bawat gilid. Kung ang -Dt ay nakatakda sa 0, ito ang magiging
eksaktong bilang ng mga bahagi. Minimum 2. Default sa . Tingnan ang -Dtt para sa gilid sa itaas ng ugat.

-Dtt UNSIGNED_INT
I-override ang bilang ng mga discretization point para sa gilid sa itaas ng root sa host tree. Sa pamamagitan ng
default, anuman ang tagal ng oras, ito ay nakatakda sa bilang ng mga puntos para sa a
(hypothetical) ugat-sa-dahon gilid

-r I-rescale ang punong puno upang ang oras ng ugat hanggang sa dahon ay katumbas ng 1.0. Hinuha lahat
ang mga parameter ay tumutukoy sa bagong sukat. Naka-off bilang default. Tandaan na ang discretization
HINDI nire-rescale ang mga parameter.

-Z Huwag mag-print ng lumipas na oras ng dingding at oras ng CPU

-W Huwag i-print ang command line

-debuginfo
Ipakita ang misc. impormasyon sa stderr bago umulit. Hindi ipinapakita bilang default.

EXIT STATUS

0 Ang matagumpay na pagpapatupad ng programa.

1 May naganap na error

URL

Ang prime-phylo home page: http://prime.sbc.su.se

Gumamit ng primeDLRS online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net