ribbon - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

ribbon - Raster3D molecular graphics package ribbon-drawer

SINOPSIS

"ribbon" [-h] [-d[0123456]] pdbfile
or
"ribbon" [-h] -d[0123456] - (upang kumuha ng mga tala ng PDB mula sa stdin)

Laso nagbabasa ng PDB coordinate file at gumagawa ng file sa stdout na naglalaman ng Raster3D
descriptor record para sa isang ribbon representation na ginawa mula sa isang triangular mesh. Ang
file na ginawa ng laso maaaring direktang pakainin sa magbunga o ito ay maaaring pagsamahin sa
descriptor file na ginawa ng iba pang Raster3D utilities.

HALIMBAWA

Upang ilarawan ang isang buong chain ng protina bilang isang solong laso na may kulay na maayos mula sa asul sa
ang N-terminus sa pula sa C-terminus:

laso -d2 protina.pdb | render > chain_picture.png

Upang kulayan ang isang multi-chain na protina na may mga tinukoy na kulay para sa bawat chain:

cat chaincolors.pdb protein.pdb | ribbon -d5 - > chains.r3d

Opsyon

-h

Pigilan ang mga tala ng header sa output. Bilang default laso gagawa ng isang output file na
nagsisimula sa mga tala ng header na naglalaman ng default na hanay ng mga opsyon sa pag-scale at pagproseso.
Ang -h sugpuin ng flag ang mga tala ng header na ito upang ang output file ay naglalaman lamang
mga deskriptor ng tatsulok. Ang pagpipiliang ito ay kapaki-pakinabang para sa paggawa ng mga file na naglalarawan lamang ng bahagi
ng isang eksena, at kung saan ay isasama sa ibang pagkakataon sa mga descriptor file na ginawa ng iba
mga programa.

-d[0123456]

Bilang default laso nangangailangan ng interactive na input upang pumili ng mga parameter ng ribbon at pangkulay
impormasyon. Limang default na scheme ng pangkulay ang ipinatupad, gayunpaman, at maaaring ito ay
pinili bilang opsyon sa command line upang i-bypass ang anumang interactive na input.

-d o -d0 katulad ng -d2 sa ibaba

-d1 solid color ribbon (naka-default sa asul)

-d2 shade mula sa asul sa N-terminus hanggang pula sa C-terminus

-d3 ang isang ibabaw ng laso ay asul, ang iba pang ibabaw ay kulay abo

-d4 shade sa harap na ibabaw mula sa asul hanggang pula, ang likod na ibabaw ay kulay abo

-d5 magkahiwalay na mga kadena ang kulay gamit ang magkakasunod na color card
mula sa input stream. Tandaan na ang pagtutugma ng pattern sa mga talaan ng kulay ay _hindi_ tapos na;
ang mga kulay ay kinukuha lamang nang sunud-sunod habang ang mga bagong chain ay nakatagpo.

-d6 Kulay ayon sa pinakamalapit na CA atom na kinuha mula sa COLOR
mga tala sa ulo ng input file

DESCRIPTION

Ang input sa laso ay binubuo ng isang text file na naglalaman ng impormasyon ng kulay
[opsyonal] at atomic na coordinate sa PDB data bank format. Tanging ang CA at carbonyl O atom
kinakailangan ang mga talaan; lahat ng iba pang input atoms ay binabalewala. Mga parameter ng ribbon at pangkulay
tinukoy nang interactive kapag ang programa ay pinapatakbo. Ang pakikipag-ugnayan sa keyboard ay maaaring ma-bypass ng
pagpili ng isa sa mga default na scheme ng kulay gamit ang -d flag. Isang tatsulok na mesh
ribbon ay output bilang Raster3D descriptor record. Bilang default ang output file ay naglalaman ng a
hanay ng mga tala ng header ayon sa hinihingi ng magbunga programa. Ang header ay ginawa sa
magsama ng TMAT matrix na tumutugma sa transformation matrix na nasa file
setup.matrix (kung mayroon man), o sa mga anggulong Eulerian na nasa file setup.angles (kung
ito ay umiiral na).

Laso gumagawa ng tuluy-tuloy na makinis na bakas ng backbone ng protina. Para mas kumplikado
representasyon ng protina pangalawang istraktura mas mahusay na gumamit ng ibang programa,
hal MOLSCRIPT, sa halip na laso.

Kapaligiran

Ang mga file na setup.matrix at setup.angles, kung mayroon sila, ay nakakaapekto sa mga talaan ng header na ginawa
by laso.

SOURCE

hindi kilala ftp lugar:
ftp.bmsc.washington.edu

web URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

makipag-ugnay:
Ethan A Merritt
Unibersidad ng Washington, Seattle WA 98195
[protektado ng email]

Gumamit ng ribbon online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net