rtax - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

rtax - Mabilis at tumpak na pag-uuri ng taxonomic ng maikling paired-end sequence na nabasa mula sa
ang 16S ribosomal RNA gene

SINOPSIS

rtax [OPTION] ...

DESCRIPTION

Opsyon

-r refd reference database sa FASTA format

-t taxonomy taxonomy file na may mga sequence ID na tumutugma sa reference database

-a tanongA FASTA file na naglalaman ng mga query sequence (single-ended o read 1)

-b tanongB FASTA file na naglalaman ng mga pagkakasunud-sunod ng query (basahin ang b, na may katugmang mga ID)

-x Reverse-complement query A sequence (kinakailangan kung ang mga ito ay ibinigay sa
baligtad na kahulugan)

-y Reverse-complement query B sequence (kinakailangan kung ang mga ito ay ibinigay sa
baligtad na kahulugan)

-i regex regular na expression na ginagamit upang pumili ng bahagi ng fasta header na gagamitin bilang
sequence id. Default: "(\S+)"

-l file text file na naglalaman ng mga sequence ID na ipoproseso, isa sa bawat linya

-d limitahan delimiter na naghihiwalay sa dalawang nabasa kapag ibinigay sa isang file

-m tempdir pansamantalang direktoryo. Aalisin sa matagumpay na pagkumpleto, ngunit malamang
hindi kung may mali

-f para sa mga sequence kung saan isang read lang ang available, bumalik sa single-ended
pag-uuri. Default: i-drop ang mga sequence na ito

-g para sa mga sequence kung saan ang isang nabasa ay sobrang generic, huwag bumalik sa single-
natapos ang pag-uuri. Default: uriin ang mga sequence na ito batay lamang sa
mas tiyak na pagbasa

-o klasipikasyon.out
output path

HALIMBAWA

Ang isang halimbawa ng quickstart ay matatagpuan dito:
https://github.com/davidsoergel/rtax/wiki/QuickStart

Ang Rtax ay maaari ding gamitin sa loob QIIME workflows, tingnan ang link na ito para sa higit pang impormasyon:
http://www.qiime.org/tutorials/rtax.html

Gumamit ng rtax online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net