run_gubbins - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

run_gubbins - phylogenetic analysis ng genome sequence

SINOPSIS

run_gubbins [-h] [--outgroup OUTGROUP] [--starting_tree STARTING_TREE] [--use_time_stamp]
[--verbose] [--no_cleanup] [--tree_builder TREE_BUILDER] [--iteration ITERATIONS]
[--min_snps MIN_SNPS] [--filter_percentage FILTER_PERCENTAGE] [--prefix PREFIX] [--threads
MGA THREADS] [--converge_method CONVERGE_METHOD] [--version] [--min_window_size
MIN_WINDOW_SIZE] [--max_window_size MAX_WINDOW_SIZE] alignment_filename

DESCRIPTION

Sinusuportahan ng Gubbins ang mabilis na pagsusuri ng phylogenetic ng malalaking sample ng recombinant bacterial
buong genome sequences.

Ang Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) ay isang algorithm
na paulit-ulit na kinikilala ang loci na naglalaman ng mataas na densidad ng mga base substitutions habang
sabay-sabay na pagbuo ng isang phylogeny batay sa putative point mutations sa labas ng
mga rehiyong ito. Ipinapakita ng mga simulation na ang algorithm ay bumubuo ng lubos na tumpak
reconstructions sa ilalim ng makatotohanang mga modelo ng panandaliang bacterial evolution, at maaaring patakbuhin
sa loob lamang ng ilang oras sa pag-align ng daan-daang bacterial genome sequence.

Opsyon

posibilidad mga argumento:
alignment_filename
Multifasta alignment file

opsyonal mga argumento:
-h, - Tumulong
ipakita ang mensahe ng tulong na ito at lumabas

--outgroup OUTGROUP, -o OUTGROUP
Pangalan ng outgroup para sa pag-reroot. Maaaring gamitin ang isang listahan ng mga pangalang pinaghihiwalay ng kuwit kung sila
bumuo ng isang clade

--starting_tree STARTING_TREE, -s STARTING_TREE
Panimulang puno

--use_time_stamp, -u
Gumamit ng time stamp sa mga pangalan ng file

--verbose, -v
I-on ang pag-debug

--walang_paglilinis, -n
Huwag linisin ang mga intermediate na file

--tagabuo ng puno TREE_BUILDER, -t TREE_BUILDER
Application na gagamitin para sa tree building [raxml|fasttree|hybrid], default na RAxML

--mga pag-ulit MGA PAG-UULIT, -i MGA INTERASYON
Pinakamataas na Bilang ng mga pag-ulit, ang default ay 5

--min_snps MIN_SNPS, -m MIN_SNPS
Min SNP upang matukoy ang isang recombination block, ang default ay 3

--filter_percentage FILTER_PERCENTAGE, -f FILTER_PERCENTAGE
I-filter ang taxa na may higit sa porsyentong ito ng mga gaps, ang default ay 25

--prefix PREFIX, -p PREFIX
Magdagdag ng prefix sa panghuling output filename

--mga thread THREADS, -c IKATLONG
Bilang ng mga thread na tatakbo sa RAXML, ngunit kung available lang ang isang bersyon ng PTHREADS

--converge_method CONVERGE_METHOD, -z CONVERGE_METHOD
Pamantayan na gagamitin upang malaman kung kailan ihihinto ang mga pag-ulit [timbangin
ted_robinson_foulds|robinson_foulds|recombination]

--bersyon
ipakita ang numero ng bersyon ng programa at lumabas

--min_window_size MIN_WINDOW_SIZE, -a MIN_WINDOW_SIZE
Minimum na laki ng window, default na 100

--max_window_size MAX_WINDOW_SIZE, -b MAX_WINDOW_SIZE
Maximum na laki ng window, default na 10000

Gumamit ng run_gubbins online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net