Ito ang command scythe na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
malaking lingkaw - Bayesian adapter trimmer
SINOPSIS
scythe -t sanger -a /path/to/adaptors.fasta [mga opsyon]
I-trim ang mga contaminant ng 3'-end adapter sa mga sequence file. Kung walang output file na tinukoy,
gagamit ng stdout ang scythe.
Opsyon
-p, --prior prior (default: 0.300)
-q, --quality-type na uri ng kalidad, alinman sa illumina, solexa, o sanger (default: sanger)
-m, --matches-file na tumutugma sa file (default: walang output)
-o, --output-file output trimmed sequences file (default: stdout)
-t, --tag magdagdag ng isang tag sa header na nagsasaad na si Scythe ay pumutol ng isang sequence (default: naka-off)
-n, --min-match ang pinakamaliit na contaminant na isasaalang-alang (default: 5)
-M, --min-panatilihin ang mga pagkakasunud-sunod ng filter na mas mababa sa o katumbas ng haba na ito (default: 35)
--tahimik huwag mag-output ng mga istatistika tungkol sa pag-trim sa stdout (default: off)
--help ipakita ang tulong na ito at lumabas
--version output na impormasyon ng bersyon at paglabas
Ito ang mga kalidad na encoding scheme na kinikilala ng scythe (tingnan ang ´--quality´)
mga marka ng kalidad ng phred PHRED (hal. mula sa Roche 454). ASCII na may no
offset, saklaw: [4, 60].
Ang sanger Sanger ay mga katangian ng PHRED ASCII na may offset na 33,
saklaw: [0, 93]. Mula sa NCBI SRA, o Illumina pipeline 1.8+.
solexa Solexa (maagang Illumina din -- pipeline < 1.3).
ASCII offset ng 64, range: [-5, 62]. Gumagamit ng ibang
kalidad-sa-probability na conversion kaysa sa iba pang mga scheme.
illumina Output ng illumina mula sa mga bersyon ng pipeline sa pagitan ng 1.3 at 1.7.
ASCII offset ng 64, range: [0, 62]
Gumamit ng scythe online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
