seqaligne - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

seqalign - Palawakin ang mga alignment (DAF file) na may mga sequence (DHF file).

SINOPSIS

seqalign -mode listahan -dhfinpath dirlist -dafinpath dirlist -dhfindir direktoryo -amode listahan
[-type ng puwersa boolean] -dafoutdir labas -logfile outfile

seqalign -tulong

DESCRIPTION

seqalign ay isang command line program mula sa EMBOSS (“ang European Molecular Biology Open
Software Suite”). Ito ay bahagi ng (mga) command group na "Protein:3D Structure".

Opsyon

input seksyon
-mode listahan
Tinutukoy ng opsyong ito ang mode ng operasyon ng SEQALIGN. Ang SEQALIGN ay tumatagal bilang input a
direktoryo ng alinman sa i. solong pagkakasunod-sunod, ii. set ng mga sequence (hindi nakahanay o nakahanay,
ngunit karaniwang nakahanay na mga pagkakasunud-sunod sa loob ng isang domain alignment file)). Ang gumagamit ay kailangang
tukuyin kung alin. Default na halaga: 1

-dhfinpath dirlist
Tinutukoy ng opsyong ito ang lokasyon ng mga pagkakasunud-sunod, hal. DHF file (domain hits file)
(input). Kinukuha ng SEQALIGN bilang input ang isang database ng alinman sa i. solong pagkakasunod-sunod, ii. mga set ng
hindi magkatugmang pagkakasunod-sunod o iii. mga hanay ng mga nakahanay na pagkakasunud-sunod, hal. isang domain alignment file. A
Ang 'domain alignment file' ay naglalaman ng sequence alignment ng mga domain na kabilang sa pareho
SCOP o CATH pamilya. Ang file ay nasa clustal na format na may annotate na domain family
impormasyon sa pag-uuri. Ang mga file na nabuo sa pamamagitan ng paggamit ng SCOPALIGN ay maglalaman ng a
structure-based sequence alignment ng mga domain ng alam na structure lang. Ang ganitong mga pagkakahanay
maaaring palawigin sa mga magkakasunod na kamag-anak (ng hindi kilalang istraktura) sa pamamagitan ng paggamit ng SEQALIGN.
Default na halaga: ./

-dafinpath dirlist
Tinutukoy ng opsyong ito ang lokasyon ng mga sequence, hal. DAF file (domain alignment
file) (input). Kinukuha ng SEQALIGN bilang input ang isang database ng alinman sa i. solong pagkakasunod-sunod, ii.
mga set ng hindi magkatugmang pagkakasunod-sunod o iii. mga hanay ng mga nakahanay na pagkakasunud-sunod, hal. isang pagkakahanay ng domain
file. Ang isang 'domain alignment file' ay naglalaman ng sequence alignment ng mga domain na kinabibilangan
ang parehong pamilya SCOP o CATH. Ang file ay nasa clustal na format na may annotate na domain
impormasyon sa pag-uuri ng pamilya. Ang mga file na nabuo sa pamamagitan ng paggamit ng SCOPALIGN ay maglalaman
isang pagkakahanay ng pagkakasunud-sunod na nakabatay sa istruktura ng mga domain ng kilalang istruktura lamang. ganyan
Ang mga pagkakahanay ay maaaring palawigin sa magkakasunod na mga kamag-anak (ng hindi kilalang istraktura) sa pamamagitan ng paggamit
SEQALIGN. Default na halaga: ./

-dhfindir direktoryo
Tinutukoy ng opsyong ito ang lokasyon ng mga DHF file (mga domain hits file) (input). Isang 'domain
hits file' ay naglalaman ng mga hit sa database (mga pagkakasunud-sunod) na may impormasyon sa pag-uuri ng domain,
sa DHF format (FASTA o EMBL-like). Ang mga hit ay kamag-anak sa isang SCOP o CATH
pamilya at matatagpuan mula sa isang paghahanap ng isang database ng sequence. Mga file na naglalaman ng mga hit
na nakuha ng PSIBLAST ay nabuo sa pamamagitan ng paggamit ng SEQSEARCH. Default na halaga: ./

Kailangan seksyon
-amode listahan
Tinutukoy ng opsyong ito kung aling alignment algorithm ang gagamitin. Default na halaga: 1

karagdagan seksyon
-type ng puwersa boolean
Tinutukoy ng opsyong ito kung pipilitin na maging minimal ang data ng pag-uuri ng domain
nakasulat sa output file sa mga kaso kung saan ang mga singlet na sequence ay ibinigay bilang input file
at walang available na data ng pag-uuri Default na halaga: N

Pagbubuhos seksyon
-dafoutdir labas
Tinutukoy ng opsyong ito ang lokasyon ng mga DAF file (domain alignment file) (output). A
Ang 'domain alignment file' ay naglalaman ng sequence alignment ng mga domain na kabilang sa pareho
SCOP o CATH pamilya. Ang file ay nasa clustal na format na may annotate na domain family
impormasyon sa pag-uuri. Ang mga file na nabuo sa pamamagitan ng paggamit ng SCOPALIGN ay maglalaman ng a
structure-based sequence alignment ng mga domain ng alam na structure lang. Ang ganitong mga pagkakahanay
maaaring palawigin sa mga magkakasunod na kamag-anak (ng hindi kilalang istraktura) sa pamamagitan ng paggamit ng SEQALIGN.
Default na halaga: ./

-logfile outfile
Tinutukoy ng opsyong ito ang pangalan ng log file para sa build. Ang log file ay naglalaman ng
mga mensahe tungkol sa anumang mga error na lumabas habang tumatakbo ang SEQALIGN. Default na halaga: seqalign.log

Gamitin ang seqaligne online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net