Ito ang command na seqan_tcoffee na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
seqan_tcoffee - Multiple sequence alignment
SINOPSIS
seqan_tcoffee -s [OPTIONS]
DESCRIPTION
Ang SeqAn::T-Coffee ay isang maramihang sequence alignment tool.
(c) Copyright 2009 ni Tobias Rausch
-h, - Tumulong
Ipinapakita ang mensahe ng tulong na ito.
--bersyon
Ipakita ang impormasyon ng bersyon
Pangunahing Mga Pagpipilian::
-s, --seq FILE
Pangalan ng multi-fasta input file. Ang mga wastong uri ng file ay: fa, FA, Fa, fasta, FASTA, at
Fasta.
-a, --alpabeto STR
Ang ginamit na sequence alphabet. Isa sa protina, dna, at rna. Default: protina.
-o, --outfile FILE
Pangalan ng output file. Ang mga wastong uri ng file ay: fasta at msf. Default: out.fasta.
Mga Opsyon sa Pagbuo ng Tugma ng Segment::
-m, --paraan STR
Tinutukoy ang paraan ng pagbuo para sa mga tugma. Upang pumili ng maramihang mga pamamaraan ng henerasyon
alalahanin ang opsyong ito na may iba't ibang argumento. Isa sa global, local, overlap, at
lcs. Default: global at lokal.
-l, --mga aklatan FILE
Pangalan ng file ng tugma. Upang pumili ng maraming file, alalahanin ang opsyong ito na may iba't ibang
mga argumento. Ang mga wastong filetype ay: blast, mums, aln, at lib.
Mga Pagpipilian sa Pagmamarka::
-g, --gop NUM
gap open penalty Default: -13.
-e, --gex NUM
Default na parusa sa extension ng gap: -1.
-ma, --matrix STR
score matrix Default: Blosum62.
-MS, --msc NUM
marka ng pagtutugma Default: 5.
-mm, --mmsc NUM
mismatch penalty Default: -4.
Mga Pagpipilian sa Puno ng Gabay::
-u, --usetree STR
Pangalan ng file na naglalaman ng Newick Guide Tree.
-b, --build STR
Paraan ng pagtatayo ng puno. Ang mga sumusunod na pamamaraan ay ibinigay: Pagsasama-sama sa Kapitbahay (nj),
UPGMA single linkage (min), UPGMA complete linkage (max), UPGMA average linkage
(avg), UPGMA weighted average na linkage (wavg). Ang Neighbor-Joining ay lumilikha ng unrooted
puno, na pinag-ugatan natin sa huling pinagsamang pares. Isa sa nj, min, max, avg, at wavg.
Default: nj.
Mga Pagpipilian sa Pagsusuri ng Alignment::
-i, --infile FILE
Pangalan ng alignment file Ang mga wastong uri ng file ay: fa, FA, Fa, fasta, at
FASTA.
VERSION
seqan_tcoffee version: Bersyon 1.11 (30. July 2009) Revision: 4637 Huling update July
2012
Gumamit ng seqan_tcoffee online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
