Ito ang command seqwordse na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
seqwords - Bumubuo ng mga DHF file mula sa paghahanap ng keyword ng UniProt.
SINOPSIS
seqwords -keyfile infile -spfile infile -outfile outfile
seqwords -tulong
DESCRIPTION
seqwords ay isang command line program mula sa EMBOSS (“ang European Molecular Biology Open
Software Suite”). Ito ay bahagi ng (mga) command group na "Protein:3D Structure".
Opsyon
input seksyon
-keyfile infile
Tinutukoy ng pagpipiliang ito ang pangalan ng file ng mga keyword (input). Naglalaman ito ng listahan ng
mga keyword na partikular sa isang bilang ng mga SCOP o CATH na pamilya at superfamilies na ginagamit ng
SEQWORDS para maghanap ng sequence database.
-spfile infile
Tinutukoy ng opsyong ito ang pangalan ng sequence database (input) na hahanapin.
Pagbubuhos seksyon
-outfile outfile
Tinutukoy ng opsyong ito ang pangalan ng DHF file (domain hits file) (output). Isang 'domain
hits file' ay naglalaman ng mga hit sa database (mga pagkakasunud-sunod) na may impormasyon sa pag-uuri ng domain,
sa DHF format (FASTA-like). Ang mga hit ay mga kamag-anak sa isang pamilyang SCOP o CATH (o
ibang node sa structural hierarchies) at matatagpuan mula sa paghahanap ng isang sequence
database. Ang mga file na naglalaman ng mga hit na nakuha ng PSIBLAST ay nabuo sa pamamagitan ng paggamit
SEQSEARCH, mga hit na nakuha ng isang kalat-kalat na protina signatare sa pamamagitan ng paggamit ng SIGSCAN o iba't-ibang
mga uri ng HMM at profile sa pamamagitan ng paggamit ng LIBSCAN. Default na halaga: test.hits
Gumamit ng seqwordse online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net