sfetch - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

sfetch - kumuha ng sequence mula sa isang flatfile database.

SINOPSIS

kuha [mga pagpipilian] seqname

DESCRIPTION

kuha kinukuha ang sequence na pinangalanan seqname mula sa isang sequence database.

Aling database ang ginagamit ay kinokontrol ng -d at -D mga opsyon, o "maliit na database" at
"malaking database". Ang lokasyon ng direktoryo ng "malaking database" ay maaaring tukuyin ng
mga variable ng kapaligiran, tulad ng $SWDIR para sa Swissprot, at $GBDIR para sa Genbank (tingnan -D para
kumpletong listahan). Dapat na tukuyin ang isang kumpletong path ng file para sa "maliit na mga database". Sa pamamagitan ng
default, kung walang tinukoy na opsyon at mukhang Swissprot identifier ang pangalan
(hal. ito ay may _ character), ang $SWDIR environment variable ay ginagamit upang subukan
kunin ang pagkakasunod-sunod seqname mula sa Swissprot.

Available ang iba't ibang mga opsyon na nagpapahintulot sa pagkuha ng mga kasunod (-f,-t);
retrieval sa pamamagitan ng accession number sa halip na sa pamamagitan ng pangalan (-a); muling pag-format ng nakuhang pagkakasunud-sunod
sa iba't ibang mga format (-F); atbp.

Kung ang database ay na-index ng SSI, ang pagkuha ng sequence ay magiging napakahusay;
kung hindi, ang pagkuha ay maaaring masakit na mabagal (ang buong database ay maaaring kailangang basahin sa memorya
upang mahanap seqname). Inirerekomenda ang pag-index ng SSI para sa lahat ng malaki o permanenteng database. Ang
programa sindex lumilikha ng mga SSI index para sa anumang sequence file.

kuha ay orihinal na pinangalanan getseq, at pinalitan ng pangalan dahil nakipag-clash ito sa isang GCG program
ng parehong pangalan.

Opsyon

-a tagapagsalin seqname bilang isang accession number, hindi isang identifier.

-d
Kunin ang sequence mula sa isang sequence file na pinangalanan . Kung ang isang GSI index
.gsi umiiral, ito ay ginagamit upang mapabilis ang pagkuha.

-f
I-extract ang isang kasunod na simula sa posisyon , sa halip na mula sa 1. Tingnan -t.
If ay mas malaki sa (tulad ng tinukoy ng -t opsyon), pagkatapos ay ang pagkakasunud-sunod
ay nakuha bilang reverse complement nito (ito ay ipinapalagay na nucleic acid sequence).

-h Mag-print ng maikling tulong; kasama ang numero ng bersyon at buod ng lahat ng mga opsyon, kabilang ang
mga opsyon ng eksperto.

-o
Idirekta ang output sa isang file na pinangalanan . Bilang default, ang output ay mapupunta sa
stdout.

-r
Palitan ang pangalan ng sequence sa output pagkatapos ng pagkuha. Bilang default, ang
pananatilihin ang orihinal na pagkakakilanlan ng pagkakasunud-sunod. Kapaki-pakinabang, halimbawa, kung kinukuha
isang sequence fragment; ang mga coordinate ng fragment ay maaaring idagdag sa pangalan
(ito ang ginagawa ng Pfam).

-t
I-extract ang isang kasunod na nagtatapos sa posisyon , sa halip na sa dulo ng
pagkakasunod-sunod. Tingnan mo -F. If ay mas kaunti sa (tulad ng tinukoy ng -f opsyon),
pagkatapos ay ang pagkakasunud-sunod ay nakuha bilang reverse complement nito (ito ay ipinapalagay na
pagkakasunud-sunod ng nucleic acid)

-D
Kunin ang sequence mula sa pangunahing sequence database na naka-code . para bawat
code, doon is an kapaligiran variable na tumutukoy sa path ng direktoryo patungo doon
database. Ang mga kinikilalang code at ang kanilang mga kaukulang variable ng kapaligiran ay -Dsw
(Swissprot, $SWDIR); -Dpir (PIR, $PIRDIR); -Dem (EMBL, $EMBLDIR); -Dgb (Genbank,
$GBDIR); -Dwp (Wormpep, $WORMDIR); at -Dowl (OWL, $OWLDIR). Ang bawat database ay binabasa
sa katutubong flatfile na format nito.

-F
I-reformat ang na-extract na sequence sa ibang format. (Bilang default, ang sequence
ay nakuha mula sa database sa parehong format ng database.) Available
ang mga format ay embl, fasta, genbank, gcg, strider, zuker, ig, pir, pusit, at hilaw.

EXPERT Opsyon

--impormasyon
Tukuyin na ang sequence file ay nasa format , sa halip na ang default na FASTA
pormat. Kasama sa mga karaniwang halimbawa ang Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
o PHYLIP; tingnan ang naka-print na dokumentasyon para sa kumpletong listahan ng tinatanggap na format
mga pangalan. Ino-override ng opsyong ito ang default na format (FASTA) at ang -B Babelfish
pagpipilian sa autodetection.

Gumamit ng sfetch online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net