showpepe - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

showpep - Nagpapakita ng mga pagkakasunud-sunod ng protina na may mga tampok sa magandang format

SINOPSIS

showpep -pagkakasunod-sunod seqall -porma listahan - bagay listahan [- malaking titik saklaw] [-highlight saklaw]
[-anotasyon saklaw] [-sourcematch pisi] [-typematch pisi] [-minscore lumutang]
[-maxscore lumutang] [-tagmatch pisi] [-valuematch pisi] [-stricttags boolean]
-tagapagtatlo boolean -bilang boolean -bandwidth kabuuan -haba kabuuan
-margin kabuuan -yam boolean - paglalarawan boolean -offset kabuuan -html boolean
-outfile outfile

showpep -tulong

DESCRIPTION

showpep ay isang command line program mula sa EMBOSS (“ang European Molecular Biology Open
Software Suite”). Ito ay bahagi ng (mga) command group na "Display".

Opsyon

input seksyon
-pagkakasunod-sunod seqall

Kailangan seksyon
-porma listahan
Default na halaga: 2

- bagay listahan
Tukuyin ang isang listahan ng isa o higit pang mga character ng code sa pagkakasunud-sunod kung saan mo gustong gawin ang mga bagay
maipakita ang isa sa itaas ng isa sa ibaba ng pahina. Halimbawa kung gusto mong makakita ng mga bagay
ipinapakita sa pagkakasunud-sunod: sequence, ticks line, blank line; tapos dapat pumasok ka
'S,T,B'. Default na halaga: B,N,T,S,A,F

karagdagan seksyon
- malaking titik saklaw
Mga rehiyon na ilalagay sa malalaking titik. Kung ito ay iwanang blangko, pagkatapos ay ang sequence case ay naiwan
mag-isa. Ang isang hanay ng mga rehiyon ay tinukoy ng isang hanay ng mga pares ng mga posisyon. Ang mga posisyon ay
mga integer. Ang mga ito ay pinaghihiwalay ng anumang non-digit, non-alpha na character. Mga halimbawa ng rehiyon
ang mga pagtutukoy ay: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99

-highlight saklaw
Mga rehiyong kukulayan kung magfo-format para sa HTML. Kung ito ay naiwang blangko, kung gayon ang pagkakasunod-sunod ay
Naiwan mag isa. Ang isang hanay ng mga rehiyon ay tinukoy ng isang hanay ng mga pares ng mga posisyon. Ang
ang mga posisyon ay mga integer. Sinusundan sila ng anumang wastong kulay ng font ng HTML. Mga halimbawa ng
ang mga detalye ng rehiyon ay: 24-45 asul 56-78 orange 1-100 berde 120-156 pula Isang file ng
ang mga hanay sa kulay (isang hanay sa bawat linya) ay maaaring tukuyin bilang '@filename'.

-anotasyon saklaw
Mga rehiyon upang i-annotate sa pamamagitan ng pagmamarka. Kung iiwan itong blangko, walang idaragdag na anotasyon. A
set ng mga rehiyon ay tinukoy ng isang set ng mga pares ng mga posisyon na sinusundan ng opsyonal na teksto.
Ang mga posisyon ay integer. Sinusundan sila ng anumang teksto (ngunit hindi mga digit kapag nasa
command-line). Ang mga halimbawa ng mga detalye ng rehiyon ay: 24-45 bagong domain 56-78 tumugma sa
Mouse 1-100 Unang bahagi 120-156 oligo Isang file ng mga hanay upang i-annotate (isang hanay bawat linya)
maaaring tukuyin bilang '@filename'.

tampok magpakita pagpipilian
-sourcematch pisi
Bilang default, ipinapakita ang anumang pinagmulan ng tampok sa talahanayan ng tampok. Maaari mong itakda ito upang tumugma
anumang mapagkukunan ng tampok na nais mong ipakita. Ang pangalan ng pinagmulan ay karaniwang pangalan ng
program na nakakita ng feature o ito ay ang feature table (hal: EMBL) na ang
nagmula ang tampok. Ang pinagmulan ay maaaring wildcard sa pamamagitan ng paggamit ng '*'. Kung gusto mong magpakita ng higit pa
kaysa sa isang pinagmulan, paghiwalayin ang kanilang mga pangalan ng karakter na '|', hal: gene* | embl Default
halaga: *

-typematch pisi
Bilang default, ipinapakita ang anumang uri ng tampok sa talahanayan ng tampok. Maaari mong itakda ito upang tumugma
anumang uri ng tampok na nais mong ipakita. Tingnan mo http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ para sa isang listahan
ng mga uri ng feature ng EMBL at tingnan ang Appendix A ng Swissprot user manual sa
http://www.expasy.org/sprot/userman.html para sa isang listahan ng mga uri ng tampok na Swissprot.
Ang uri ay maaaring wildcard sa pamamagitan ng paggamit ng '*'. Kung gusto mong magpakita ng higit sa isang uri,
paghiwalayin ang kanilang mga pangalan sa karakter na '|', hal: *UTR | intron Default na halaga: *

-minscore lumutang
Minimum na marka ng feature na ipapakita (tingnan din ang maxscore) Default na halaga: 0.0

-maxscore lumutang
Pinakamataas na marka ng tampok na ipapakita. Kung ang parehong minscore at maxscore ay zero (ang
default), kung gayon ang anumang marka ay binabalewala Default na halaga: 0.0

-tagmatch pisi
Ang mga tag ay ang mga uri ng mga karagdagang halaga na maaaring mayroon ang isang feature. Bilang default, anumang tag ng tampok
sa feature table ay ipinapakita. Maaari mong itakda ito upang tumugma sa anumang tag ng tampok na gusto mo
palabas. Maaaring wildcard ang tag sa pamamagitan ng paggamit ng '*'. Kung gusto mong magpakita ng higit sa isang tag,
paghiwalayin ang kanilang mga pangalan sa karakter na '|', hal: gene | label Default na halaga: *

-valuematch pisi
Ang mga value ng tag ay ang mga value na nauugnay sa isang feature tag. Ang mga tag ay ang mga uri ng dagdag
mga halaga na maaaring mayroon ang isang tampok. Bilang default, anumang halaga ng tag ng tampok sa talahanayan ng tampok
ay ipinapakita. Maaari mong itakda ito upang tumugma sa anumang halaga ng tag ng tampok na nais mong ipakita. Ang tag
maaaring i-wildcard ang value sa pamamagitan ng paggamit ng '*'. Kung gusto mong magpakita ng higit sa isang halaga ng tag,
paghiwalayin ang kanilang mga pangalan sa karakter na '|', hal: pax* | 10 Default na halaga: *

-stricttags boolean
Bilang default kung anumang tag/value pair sa isang feature ay tumutugma sa tinukoy na tag at value,
pagkatapos ay ipapakita ang lahat ng mga tag/value pairs ng feature na iyon. Kung ito ay nakatakdang maging
true, pagkatapos ay ang mga tag/value pairs lang sa isang feature na tumutugma sa tinukoy na tag at
ang halaga ay ipapakita. Default na halaga: N

Advanced seksyon
-tagapagtatlo boolean
Default na halaga: N

-bilang boolean
Default na halaga: N

-bandwidth kabuuan
Default na halaga: 60

-haba kabuuan

-margin kabuuan
Default na halaga: 10

-yam boolean
Itakda ito na false kung hindi mo gustong ipakita ang ID name ng sequence Default
halaga: Y

- paglalarawan boolean
Itakda itong maging false kung hindi mo gustong ipakita ang paglalarawan ng sequence
Default na halaga: Y

-offset kabuuan
Default na halaga: 1

-html boolean
Default na halaga: N

Pagbubuhos seksyon
-outfile outfile

Gamitin ang showpepe online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net