Ito ang command sindex na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
sindex - mag-index ng database ng sequence para sa sfetch
SINOPSIS
sindex [mga pagpipilian] seqfile1 [seqfile2...]
DESCRIPTION
sindex ini-index ang isa o higit pa seqfiles para sa mga pagkuha ng sequence sa hinaharap sa pamamagitan ng kuha. Isang SSI
("squid sequence index") file ay nilikha sa parehong direktoryo na may mga sequence file. Sa pamamagitan ng
default, ang file na ito ay tinatawag na .ssi.
Kung mayroong higit sa isang sequence file sa command line, ang SSI filename ay magiging
binuo mula sa huling sequence na pangalan ng file. Maaaring hindi ito ang gusto mo; tingnan ang -o
opsyon upang tukuyin ang iyong sariling pangalan para sa SSI file.
sindex ay may kakayahang mag-index ng malalaking file (>2 GB) kung ang opsyonal na suporta sa LFS ay pinagana
sa compile-time. Tingnan ang INSTALL na mga tagubilin na kasama ng @PACKAGE@.
Opsyon
-h Mag-print ng maikling tulong; kasama ang numero ng bersyon at buod ng lahat ng mga opsyon, kabilang ang
mga opsyon ng eksperto.
-o <ssi outfile>
Idirekta ang SSI index sa isang file na pinangalanan . Bilang default, pupunta ang SSI file
sa .ssi.
EXPERT Opsyon
--64 Pilitin ang SSI file sa 64-bit (large seqfile) mode, kahit na maliit ang seqfile.
Hindi mo gustong gawin ito maliban kung nagde-debug ka.
--panlabas
Pilitin sindex upang gawin ang pag-uuri ng record nito sa pamamagitan ng external (on-disk) sorting. Ito ay lamang
kapaki-pakinabang din para sa pag-debug.
--impormasyon
Tukuyin na ang sequence file ay talagang nasa format ; hinaharangan ang sequence file
format ng autodetection. Ito ay kapaki-pakinabang sa mga automated na pipeline, dahil ito ay nagpapabuti
katatagan (ang autodetection ay maaaring magkamali paminsan-minsan sa isang perversely malformed
file). Kasama sa mga karaniwang halimbawa ang genbank, embl, gcg, pir, stockholm, clustal, msf, o
philip; tingnan ang naka-print na dokumentasyon para sa kumpletong listahan ng mga tinatanggap na pangalan ng format.
--pfamseq
Isang hack para sa Pfam; ini-index ang isang FASTA file na kilala na mayroong mga linya ng pagkakakilanlan
format na ">[pangalan] [accession] [opsyonal na paglalarawan]". Karaniwan lamang ang pagkakasunod-sunod
mai-index ang pangalan bilang pangunahing key sa isang FASTA SSI file, ngunit pinapayagan nito
pag-index ng parehong pangalan (bilang pangunahing susi) at pag-access (bilang pangalawang susi).
Gamitin ang sindex online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
