Ito ang command smalt na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
smalt - Sequence Mapping at Alignment Tool
DESCRIPTION
Mahusay na inihanay ng SMALT ang mga sequencing ng DNA sa isang reference na genome. Ito ay nagbabasa mula sa a
malawak na hanay ng mga sequencing platform, halimbawa Illumina, Roche-454, Ion Torrent, PacBio
o ABI-Sanger, maaaring iproseso kasama ang mga ipinares na pagbabasa.
Gumagamit ang software ng perpektong hash index ng mga maiikling salita (<20 nucleotides ang haba), na-sample
sa magkaparehong mga hakbang kasama ang mga pagkakasunud-sunod ng sanggunian ng genomic.
Para sa bawat pagbasa, ang mga potensyal na tumutugmang mga segment sa sanggunian ay kinikilala mula sa binhi
tumutugma sa index at kasunod na nakahanay sa nabasa gamit ang isang may band na Smith-Waterman
algorithm.
Ang pinakamahusay na gapped alignment ng bawat read ay iniulat kasama ang isang marka para sa pagiging maaasahan
ng pinakamahusay na pagmamapa. Maaaring isaayos ng user ang trade-off sa pagitan ng sensitivity at bilis sa pamamagitan ng
pag-tune ng haba at espasyo ng mga hashed na salita.
Isang mode para sa pagtuklas ng split (chimeric) na mga nabasa ay ibinigay. Multi-threaded na programa
ang pagpapatupad ay suportado.
SINOPSIS
maliit [TASK_OPTIONS] [ [ ]]
Magagamit gawain:
maliit na tseke
- sinusuri ang FASTA/FASTQ input
maliit na tulong
- nagpi-print ng maikling buod ng software na ito
maliit na index
- bubuo ng index ng mga k-mer na salita para sa sanggunian
maliit na mapa
- mga mapa ng isa o ipinares na mga nabasa sa reference
maliit na sample
- sample na mga laki ng insert para sa mga ipinares na pagbabasa
maliit na bersyon - nagpi-print ng impormasyon ng bersyon
Tulong on indibiduwal gawain:
maliit -H
Gumamit ng smalt online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
