Ito ang command na srf_filter na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
srf_filter - salain ang mga SRF file para sa iba't ibang layunin
SINOPSIS
srf_filter [-c chunk_types] [-f read_filter] [-C] [-o] [-v] (mga) input output
Opsyon
-c chunk_types
Mga uri ng tipak sa output na ibinibigay bilang isang listahan ng mga uri na may delimited na kuwit. Ang mga sumusunod
pinapayagan ang mga uri: "ALL", "BASE", "CNF1", "CNF4" "SAMP", "SMP4". Ang default ay
"LAHAT".
-m mdata_types
Mga uri ng SAMP/SMP4 mdata sa output na ibinigay bilang isang listahan ng mga uri na may delimited na kuwit. Ang
pinapayagan ang mga sumusunod na uri: "ALL", "PROC", "SLXI", "SLXN" "0FAM", "1CY3", "2TXR",
"3CY5". Ang default ay "LAHAT".
-f read_filter
Ang filter na ilalapat sa mga nabasa sa archive.
Kung ang mga nabasa ay tumutugma sa
i-filter ang mga ito ay itinapon. Ang filter ay nasa anyo ng = , saan
maaaring "read", "prefix", "file". Kung ang ay "basahin" ang halaga ay kinakatawan
ang pangalan ng isang read to dump. Ang katugmang nabasa lang ang itatapon. Kung ang
ay "prefix" ang value ay kumakatawan sa prefix ng pangalan ng mga reads na itatambak.
Ang mga katugmang nabasa lang ang itatapon. Kung ang ay "file" ang halaga ay a
pangalan ng file kung saan maaaring isama ang anumang bilang ng "read" at "prefix" name value pairs,
isa sa bawat linya. Ang default ay walang filter, na nangangahulugan na ang lahat ng nabasa ay na-dump.
-b ibukod ang masasamang nabasa gamit ang readsFlags bitmask sa header ng data block.
-2 cyc gamitin ang opsyong ito upang magdagdag ng isang Illumina-style REGN chunk.
-v Mag-print ng mga verbose na mensahe.
Gamitin ang '-' para sa pangalan ng input o output upang mabasa mula sa stdin o magsulat sa stdout.
Gumamit ng srf_filter online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
