subjunc - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

subjunc - isang RNA-seq aligner na angkop para sa lahat ng layunin ng RNA-seq analysis

PAGGAMIT

subjunc [mga pagpipilian] -i -r -o

Mga kinakailangang argumento:

-i
Base pangalan ng index.

-r
Pangalan ng input file. Mga format ng input kabilang ang gzipped fastq, fastq, at fasta can
awtomatikong matukoy. Kung paired-end, dapat itong magbigay ng pangalan ng file
kabilang ang mga unang nabasa.

Opsyonal na mga argumento:

-o
Pangalan ng output file. Bilang default, ang output ay nasa BAM na format.

-n
Bilang ng mga napiling subread, 14 bilang default.

-m
Consensus threshold para sa pag-uulat ng hit (minimal na bilang ng mga subread na nagmamapa sa
pinagkasunduan). Kung paired-end, nagbibigay ito ng consensus threshold para sa anchor read.
1 bilang default

-M
Tukuyin ang maximum na bilang ng mga hindi tugmang base na pinapayagan sa alignment. 3 ni
default. Hindi binibilang ang mga maling tugma na makikita sa mga softclipped na base.

-T
Bilang ng mga CPU thread na ginamit, 1 bilang default.

-I
Pinakamataas na haba (sa bp) ng mga indel na maaaring matukoy. 5 bilang default. Ang programa
maaaring makakita ng mga indel na hanggang 200bp ang haba.

-B
Pinakamataas na bilang ng pantay na pinakamahusay na mga lokasyon sa pagmamapa na iuulat. 1 bilang default. Tandaan
na -u inuuna ang opsyon -B.

-P <3: 6>
Format ng mga marka ng Phred na ginagamit sa mga input file, '3' para sa phred+33 at '6' para sa phred+64.
'3' bilang default.

-u Mag-ulat ng mga natatangi na nakamapang nabasa lamang. Bilang ng mga hindi tugmang base ay ginagamit upang masira ang
itali.

-b I-convert ang mga base sa pagbasa ng color-space sa mga base-space na read base sa output ng pagmamapa. Tandaan
na ang read mapping ay ginagawa sa color-space.

--SAMinput
Ang mga nabasang input ay nasa format na SAM.

--BAMinput
Ang mga nabasang input ay nasa BAM na format.

--SAMoutput
I-save ang resulta ng pagmamapa sa SAM na format.

--trim5
Gupitin bilang ng mga base mula sa 5' dulo ng bawat pagbasa. 0 bilang default.

--trim3
Gupitin bilang ng mga base mula sa 3' dulo ng bawat pagbasa. 0 bilang default.

--rg-id
Magdagdag ng read group ID sa output.

--rg
Idagdag sa read group (RG) na header sa output.

--DPGapOpen Parusa para sa pagbubukas ng gap sa maikling indel detection. -1 by
default.

--DPGapExt
Parusa para sa extension ng gap sa maikling indel detection. 0 bilang default.

--DPMmatch Parusa para sa mga mismatches sa maikling indel detection. 0 ni
default.

--DPMatch
Puntos para sa mga katugmang base sa maikling indel detection. 2 bilang default.

--lahat ng Junctions
I-detect ang mga exon-exon junctions (parehong canonical at non-canonical junctions) at
mga variant ng istruktura sa data ng RNA-seq. Sumangguni sa Gabay sa Mga Gumagamit para sa pag-uulat ng
mga junction at fusion.

--complexIndels
Mag-detect ng maraming maiikling indel na nangyayari nang sabay-sabay sa isang maliit na genomic na rehiyon
(maaaring kasing lapit ng 1bp ang pagitan ng mga indel na ito).

-v Output na bersyon ng programa.

Mga opsyonal na argumento para sa paired-end reads:

-R
Pangalan ng file kasama ang pangalawang pagbabasa.

-p
Consensus threshold para sa non-anchor read (pagtanggap ng mas kaunting mga boto kaysa sa anchor
basahin mula sa parehong pares). 1 bilang default.

-d
Minimum na haba ng fragment/insert, 50bp bilang default.

-D
Pinakamataas na haba ng fragment/insert, 600bp bilang default.

-S
Oryentasyon ng una at pangalawang pagbabasa, 'fr' bilang default ( forward/reverse).

Sumangguni sa Users Manual para sa detalyadong paglalarawan sa mga argumento.

Gumamit ng subjunc online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net