Ito ang command vecscreen na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
vecscreen - maghanap ng mga segment ng nucleic acid na posibleng pinagmulan ng vector
SINOPSIS
vecscreen [-] [-d STR] [-f N] [-i filename] [-o filename]
DESCRIPTION
vecscreen ay isang sistema para sa mabilis na pagtukoy ng mga segment ng isang nucleic acid sequence na maaaring
maging ng pinagmulan ng vector. Nabuo ang NCBI vecscreen upang mabawasan ang insidente at epekto ng
kontaminasyon ng vector sa mga database ng pampublikong sequence. Paggamit ng GenBank Annotation Staff vecscreen
upang i-verify na ang mga sequence na isinumite para sa pagsasama sa database ay libre mula sa
nakakahawa sa pagkakasunud-sunod ng vector. Anumang pagkakasunud-sunod ay maaaring ma-screen para sa paggamit ng kontaminasyon ng vector
vecscreen.
vecscreen naghahanap ng query para sa mga segment na tumutugma sa anumang sequence sa isang espesyal na hindi-
kalabisan na database ng vector (UniVec). Ang paghahanap ay gumagamit ng BLAST na may mga parameter na naka-preset para sa
pinakamainam na pagtuklas ng kontaminasyon ng vector. Ang mga segment na iyon ng query na tumutugma sa vector
ang mga pagkakasunud-sunod ay ikinategorya ayon sa lakas ng tugma, at ang kanilang mga lokasyon ay
ipinapakita (tingnan ang halimbawa positibong resulta).
vecscreen ay dinisenyo upang mabilis na suriin ang isang nucleic acid sequence para sa pagkakaroon ng vector
kontaminasyon at upang ipakita kung aling mga segment sa loob ng sequence ang maaaring pinagmulan ng vector.
Bagaman a vecscreen hindi matutukoy ng paghahanap laban sa UniVec ang vector na pinakamarami
malamang na pinagmumulan ng kontaminasyon, kadalasang mahihinuha ito mula sa kasaysayan ng pag-clone
ng sequenced DNA.
Opsyon
Ang isang buod ng mga opsyon ay kasama sa ibaba.
- I-print ang mensahe ng paggamit
-d STR Database (default = UniVec)
-f N Format ng output:
0 HTML na format, na may mga alignment (default)
1 HTML na format, walang alignment
2 Listahan ng teksto, na may mga pagkakahanay
3 Listahan ng teksto, walang mga pagkakahanay
-i filename
Query File (default = si stdin)
-o filename
VecScreen ulat Output File (default = stdout)
Gamitin ang vecscreen online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
