Ito ang command wordfindere na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
wordfinder - Itugma ang malalaking sequence laban sa isa o higit pang mga sequence
SINOPSIS
tagahanap ng salita -pagkakasunod-sunod seqset -pagkakasunod seqall [-datafile matrixf] -gapopen lumutang
-gapextend lumutang [-bandwidth kabuuan] [-wordlen kabuuan] [-limitmatch kabuuan]
[-limitalign kabuuan] [-lowmatch kabuuan] [-lowalign kabuuan] -outfile align
[-errorfile outfile]
tagahanap ng salita -tulong
DESCRIPTION
tagahanap ng salita ay isang command line program mula sa EMBOSS (“ang European Molecular Biology Open
Software Suite”). Ito ay bahagi ng (mga) command group na "Alignment:Local".
Opsyon
input seksyon
-pagkakasunod-sunod seqset
-pagkakasunod seqall
-datafile matrixf
Ito ang scoring matrix file na ginagamit kapag naghahambing ng mga sequence. Bilang default ito ay ang
file na 'EBLOSUM62' (para sa mga protina) o ang file na 'EDNAFULL' (para sa mga nucleic sequence). Ang mga ito
Ang mga file ay matatagpuan sa direktoryo ng 'data' ng pag-install ng EMBOSS.
Kailangan seksyon
-gapopen lumutang
Default na halaga: @($(acdprotein)? 30.0 : 30.0)
-gapextend lumutang
Default na halaga: @($(acdprotein)? 1.5 : 1.5)
karagdagan seksyon
-bandwidth kabuuan
Default na halaga: 16
-wordlen kabuuan
Default na halaga: 6
-limitmatch kabuuan
-limitalign kabuuan
-lowmatch kabuuan
-lowalign kabuuan
Pagbubuhos seksyon
-outfile align
-errorfile outfile
Error file na isusulat sa Default na halaga: wordfinder.error
Gumamit ng wordfindere online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
