xml2dsr - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

xml2dsr - I-convert ang DICOM SR file at set ng data sa XML

SINOPSIS

xml2dsr [mga opsyon] xmlfile-in dsrfile-out

DESCRIPTION

Ang xml2dsr Kino-convert ng utility ang mga nilalaman ng isang XML (Extensible Markup Language) na dokumento
sa DICOM Structured Reporting (SR) na format (format ng file o raw data set). Ang XML Schema
dsr2xml.xsd ay hindi pa sumusunod sa anumang karaniwang format. Gayunpaman, ang xml2dsr application
maaaring mapahusay sa aspetong ito sa hinaharap (hal. sa pamamagitan ng pagsuporta sa HL7/CDA - Clinical
Arkitektura ng Dokumento).

Ang isang naaangkop na XML file ay maaaring malikha gamit ang dsr2xml tool (pagpipilian +Xn inirekumenda sa
magdagdag ng XML namespace na deklarasyon sa root element).

MGA PARAMETERS

xmlfile-in XML input filename na iko-convert (stdin: "-")

dsrfile-out DICOM SR output filename

Opsyon

pangkalahatan pagpipilian
-h --tulong
i-print ang text ng tulong na ito at lumabas

--bersyon
impormasyon ng bersyon ng pag-print at paglabas

--mga argumento
i-print ang pinalawak na mga argumento ng command line

-q --tahimik
quiet mode, walang mga babala at error sa pag-print

-v --verbose
verbose mode, mga detalye ng pagproseso ng pag-print

-d --debug
debug mode, i-print ang impormasyon ng debug

-ll --log-level [l]evel: string constant
(fatal, error, babala, impormasyon, debug, trace)
gumamit ng level l para sa logger

-lc --log-config [f]ilename: string
gumamit ng config file f para sa logger

input pagpipilian
pag-encode

+Ee --template-envelope
Ang elemento ng template ay nakapaloob sa mga item ng nilalaman

pagproseso pagpipilian
pagpapatunay:

+Vs --validate-schema
patunayan ang XML na dokumento laban sa Schema
(hindi kasama ang --template-envelope)

# ay nangangailangan ng libxml na ma-compile na may suporta sa XML Schema

+Vn --check-namespace
suriin ang XML namespace sa root ng dokumento

natatanging identifier:

+Ug --generate-new-uids
bumuo ng bagong Study/Series/SOP Instance UID

-Uo --huwag-overwrite-uids
huwag i-overwrite ang mga umiiral nang UID (default)

+Uo --overwrite-uids
i-overwrite ang mga kasalukuyang UID

output pagpipilian
format ng output file:

+F --write-file
sumulat ng format ng file (default)

-F --write-dataset
magsulat ng set ng data nang walang impormasyon sa meta ng file

syntax ng paglilipat ng output:

+t= --write-xfer-same
magsulat ng parehong TS bilang input (default)

+te --write-xfer-little
magsulat gamit ang tahasang VR little endian TS

+tb --write-xfer-big
magsulat gamit ang tahasang VR big endian TS

+ti --write-xfer-implicit
magsulat gamit ang implicit na VR little endian TS

+td --write-xfer-deflated
magsulat gamit ang deflated tahasang VR little endian TS

mga representasyon ng halaga pagkatapos ng 1993:

+u --enable-new-vr
paganahin ang suporta para sa mga bagong VR (UN/UT) (default)

-u --disable-new-vr
huwag paganahin ang suporta para sa mga bagong VR, i-convert sa OB

pag-encode ng haba ng pangkat:

+g= --group-length-recalc
muling kalkulahin ang mga haba ng pangkat kung naroroon (default)

+g --grupo-haba-lumikha
palaging magsulat gamit ang mga elemento ng haba ng pangkat

-g --grupo-haba-alisin
palaging sumulat nang walang mga elemento ng haba ng pangkat

haba ng pag-encode sa mga sequence at item:

+e --length-explicit
sumulat nang may tahasang haba (default)

-e --haba-hindi natukoy
sumulat ng hindi natukoy ang mga haba

data set trailing padding (hindi kasama ang --write-dataset):

-p= --padding-retain
huwag baguhin ang padding (default kung hindi --write-dataset)

-p --padding-off
walang padding (implicit kung --write-dataset)

+p --padding-create [f]ile-pad [i]tem-pad: integer
i-align ang file sa maramihang f bytes
at mga item sa maramihang i bytes

deflate antas ng compression (lamang na may --write-xfer-deflated):

+cl --compression-level [l]evel: integer (default: 6)
0=hindi naka-compress, 1=pinakamabilis, 9=pinakamahusay na compression

NOTA

DICOM Pagsang-ayon
Ang xml2dsr Sinusuportahan ng utility ang sumusunod na Mga Klase ng SOP:

SpectaclePrescriptionReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
MacularGridThicknessAndVolumeReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
BasicTextSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
Pinahusay naSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
ComprehensiveSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
Comprehensive3DSRSstorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
ProcedureLogStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
MammographyCADSRSstorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
ChestCADSRSstorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XRayRadiationDoseSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
RadiopharmaceuticalRadiationDoseSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSRSstorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
ImplantationPlanSRDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70

Pakitandaan na sa kasalukuyan ay sapilitan lamang at ilang opsyonal na katangian ang sinusuportahan.

Katangian Pag-encode
Ang DICOM character encoding ay awtomatikong tinutukoy mula sa elementong may tag
'0008,0005' (Specific Character Set) - kung naroroon. Ang mga sumusunod na set ng character ay
kasalukuyang sinusuportahan (nangangailangan libxml upang isama iconv suporta, tingnan --bersyon output):

ASCII (ISO_IR 6) (UTF-8)
UTF-8 "ISO_IR 192" (UTF-8)
ISO Latin 1 "ISO_IR 100" (ISO-8859-1)
ISO Latin 2 "ISO_IR 101" (ISO-8859-2)
ISO Latin 3 "ISO_IR 109" (ISO-8859-3)
ISO Latin 4 "ISO_IR 110" (ISO-8859-4)
ISO Latin 5 "ISO_IR 148" (ISO-8859-9)
Cyrillic "ISO_IR 144" (ISO-8859-5)
Arabic "ISO_IR 127" (ISO-8859-6)
Griyego "ISO_IR 126" (ISO-8859-7)
Hebrew "ISO_IR 138" (ISO-8859-8)

Hindi sinusuportahan ang maraming hanay ng character (ang unang halaga lamang ng 'Tiyak na Karakter
Set' ay ginagamit para sa pag-encode ng character sa kaso ng pagpaparami ng halaga).

Pagpiga
Kung ang libxml ay pinagsama-sama sa suporta ng zlib, ang input file (xmlfile-in) ay maaari ding maging
naka-compress sa ZIP, na kadalasang nagreresulta sa mas maliliit na file. Tingnan ang output ng opsyon
--bersyon para masuri kung available ang zlib support.

Mga hangganan
Ang XML Schema dsr2xml.xsd ay hindi sumusuporta sa lahat ng mga pagkakaiba-iba ng dsr2xml format ng output.
Gayunpaman, ang default na format ng output (kasama ang opsyon --use-xml-namespace) dapat na gumana.

Ang iba't ibang bersyon ng libxml ay tila may iba't ibang limitasyon para sa maximum na haba ng isang
Halaga ng elemento ng XML. Samakatuwid, dapat na iwasan ang paggamit ng napakahabang halaga ng elemento. A
Ang karaniwang limitasyon para sa libxml na bersyon 2.7.3 (at mas mataas) ay 10 MB para sa isang value ng elemento.

PAGTOTROSO

Ang antas ng pag-log output ng iba't ibang command line tool at pinagbabatayan na mga aklatan ay maaaring
matukoy ng gumagamit. Bilang default, mga error at babala lamang ang isinulat sa pamantayan
stream ng error. Paggamit ng opsyon --verbose gayundin ang mga mensaheng nagbibigay-kaalaman tulad ng mga detalye ng pagproseso
ay iniulat. Pagpipilian --debug maaaring magamit upang makakuha ng higit pang mga detalye sa panloob na aktibidad,
hal para sa mga layunin ng pag-debug. Maaaring mapili ang iba pang antas ng pag-log gamit ang opsyon --log-
antas. Sa --tahimik mode na mga fatal error lang ang naiulat. Sa gayong napakatinding error na mga kaganapan,
karaniwang wawakasan ang aplikasyon. Para sa higit pang mga detalye sa iba't ibang antas ng pag-log,
tingnan ang dokumentasyon ng module na 'oflog'.

Kung sakaling ang output ng pag-log ay dapat isulat sa file (opsyonal na may pag-ikot ng logfile),
sa syslog (Unix) o sa event log (Windows) na opsyon --log-config maaaring gamitin. Ito
Ang configuration file ay nagbibigay-daan din sa pagdidirekta lamang ng ilang mga mensahe sa isang partikular na output
stream at para sa pag-filter ng ilang mga mensahe batay sa module o application kung saan sila
ay nabuo. Isang halimbawang configuration file ang ibinigay sa /logger.cfg.

COMMAND LINE

Ginagamit ng lahat ng tool sa command line ang sumusunod na notasyon para sa mga parameter: nakalakip ang mga square bracket
mga opsyonal na halaga (0-1), ang tatlong trailing na tuldok ay nagpapahiwatig na maraming mga halaga ang pinapayagan
(1-n), ang kumbinasyon ng pareho ay nangangahulugang 0 hanggang n mga halaga.

Ang mga opsyon sa command line ay nakikilala mula sa mga parameter sa pamamagitan ng isang nangungunang tanda na '+' o '-',
ayon sa pagkakabanggit. Karaniwan, ang pagkakasunud-sunod at posisyon ng mga pagpipilian sa command line ay arbitrary (ibig sabihin, sila
maaaring lumitaw kahit saan). Gayunpaman, kung ang mga pagpipilian ay kapwa eksklusibo ang pinakatamang hitsura
Ginagamit. Ang pag-uugali na ito ay umaayon sa karaniwang mga panuntunan sa pagsusuri ng mga karaniwang shell ng Unix.

Bilang karagdagan, ang isa o higit pang mga command file ay maaaring tukuyin gamit ang isang '@' sign bilang prefix sa
ang filename (hal @command.txt). Ang nasabing command argument ay pinapalitan ng nilalaman ng
ang kaukulang text file (maraming mga whitespace ay itinuturing bilang isang solong separator maliban kung
lumilitaw ang mga ito sa pagitan ng dalawang panipi) bago ang anumang karagdagang pagsusuri. Mangyaring tandaan na
ang isang command file ay hindi maaaring maglaman ng isa pang command file. Ang simple ngunit epektibong diskarte na ito
nagbibigay-daan sa isa na ibuod ang mga karaniwang kumbinasyon ng mga opsyon/parameter at iniiwasan ang longish at
nakalilitong mga linya ng utos (isang halimbawa ay ibinigay sa file /dumppat.txt).

Kapaligiran

Ang xml2dsr susubukan ng utility na i-load ang mga diksyunaryo ng data ng DICOM na tinukoy sa
DCMDICTPATH variable ng kapaligiran. Bilang default, ibig sabihin, kung ang DCMDICTPATH variable ng kapaligiran
ay hindi nakatakda, ang file /dicom.dic ilo-load maliban kung ang diksyunaryo ay binuo
sa application (default para sa Windows).

Ang default na gawi ay dapat na mas gusto at ang DCMDICTPATH variable ng kapaligiran lamang
ginagamit kapag ang mga alternatibong diksyunaryo ng data ay kinakailangan. Ang DCMDICTPATH variable ng kapaligiran
ay may parehong format tulad ng Unix shell PATH variable na ang isang colon (':') ay naghihiwalay
mga entry. Sa mga system ng Windows, ang isang semicolon (';') ay ginagamit bilang isang separator. Ang diksyunaryo ng data
susubukan ng code na i-load ang bawat file na tinukoy sa DCMDICTPATH variable ng kapaligiran. Ito
ay isang error kung walang ma-load na diksyunaryo ng data.

Gumamit ng xml2dsr online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net