Ito ang command na xplor2gmx na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
xplor2gmx - I-convert ang XPLOR distance restraints sa Gromacs format
SINOPSIS
xplor2gmx (nalalabi offset) input.pdb
DESCRIPTION
xplor2gmx nagbabasa ng XPLOR input file na may data ng pagpigil sa distansya na kung minsan ay matatagpuan sa
ang database ng pdb (http://www.pdb.org). Mula sa input file na ito, dapat na ang mga dihedral reprint
inalis, na ang mga paghihigpit na lang sa distansya ang natitira. Kakayanin ng script ang hindi maliwanag
pagpigil. Kino-convert nito ang mga pagpigil sa distansya sa format na GROMACS.
Dapat magbigay ng restraints file (.dat) sa STDIN, at ang angkop na output file (.itp) ay
ipinadala sa STDOUT.
HALIMBAWA
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb < restraints.dat > disre.itp
Opsyon
xplor2gmx nangangailangan ng dalawang opsyon sa command line: una, ang residue offset (integer); pangalawa,
ang .pdb filename. Ang pdb file ay dapat may tamang mga numero ng atom.
Gumamit ng xplor2gmx online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
