Ito ang Linux app na pinangalanang Alphafold na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang Alphafoldv2.3.2.zip. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang Alphafold sa OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
Alphafold
DESCRIPTION
Nagbibigay ang package na ito ng pagpapatupad ng inference pipeline ng AlphaFold v2.0. Ito ay isang ganap na bagong modelo na ipinasok sa CASP14 at na-publish sa Kalikasan. Para sa pagiging simple, tinutukoy namin ang modelong ito bilang AlphaFold sa kabuuan ng natitirang bahagi ng dokumentong ito. Anumang publikasyon na nagbubunyag ng mga natuklasan na nagmumula sa paggamit ng source code na ito o ang mga parameter ng modelo ay dapat magbanggit ng AlphaFold na papel. Mangyaring sumangguni din sa Karagdagang Impormasyon para sa isang detalyadong paglalarawan ng pamamaraan. Maaari kang gumamit ng bahagyang pinasimpleng bersyon ng AlphaFold gamit ang Colab notebook na ito o mga bersyong sinusuportahan ng komunidad. Ang kabuuang laki ng pag-download para sa buong database ay humigit-kumulang 415 GB at ang kabuuang sukat kapag na-unzip ay 2.2 TB. Pakitiyak na mayroon kang sapat na malaking espasyo sa hard drive, bandwidth at oras upang mag-download. Inirerekomenda namin ang paggamit ng SSD para sa mas mahusay na pagganap ng paghahanap ng genetic.
Mga tampok
- Ang AlphaFold ay nangangailangan ng maramihang genetic (sequence) database para tumakbo
- Habang ang AlphaFold code ay lisensyado sa ilalim ng Apache 2.0 License, ang AlphaFold na mga parameter ay ginawang available para sa hindi pangkomersyal na paggamit
- 5 na mga modelo na ginamit sa panahon ng CASP14, at malawak na napatunayan para sa kalidad ng hula ng istraktura
- 5 pTM na mga modelo, na pinino upang makagawa ng pTM
- Ang pinakasimpleng paraan upang patakbuhin ang AlphaFold ay ang paggamit ng ibinigay na Docker script
- Bilang default, susubukan ng Alphafold na gamitin ang lahat ng nakikitang GPU device
Wika ng Programming
Sawa
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/alphafold.mirror/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.