Ito ang Linux app na pinangalanang BIRAP na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang Sample_Files.zip. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang BIRAP sa OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
BIRAP
DESCRIPTION
Ang BIRAP (Bacterial Intergenic Region Analysis Pipeline) ay isang open source, madaling gamitin na Perl pipeline na magagamit upang muling i-annotate ang mga bacterial genome gamit ang pang-eksperimentong data. Ang tool ay isinasama ang profile ng expression na nagmula sa RNA-seq at/o proteogenomics, ikinukumpara ito sa umiiral na sa silico annotation at tumutulong sa pag-validate ng anotasyon, pagtukoy ng mga nobelang protein coding region, putative non-coding RNA pati na rin ang pagtulong sa pagwawasto ng mga error sa umiiral na anotasyon . Ang pipeline ay nangangailangan ng "pileup" na output mula sa SAMtools para sa RNA-seq data at peptide/ePST locus file (GFF) mula sa Proteogenomic Mapping tool para sa prote-ogenomics data kasama ang genome at umiiral sa silico annotation. Kapag ang impormasyon tungkol sa lokasyon ng mga promoter at terminator sa genome (sa .coords na format) ay ibinigay, makakatulong din ang pipeline na matukoy ang non-coding na RNA.
Mga tampok
- pagsusuri ng intergenic na rehiyon ng mga bacterial genome
- re-annotation ng mga bacterial genome
- maliit na RNA (sRNA) detection
- RNA-seq
- Proteogenomics
Audience
Agham/Pananaliksik
Interface ng gumagamit
Console/Terminal, Command-line
Wika ng Programming
Perl
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/birap/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
