Ito ang Linux app na pinangalanang BisSNP na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang BisSNP-1.0.0.jar. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang BisSNP sa OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
BisSNP
Ad
DESCRIPTION
Ngayon sa Github: https://github.com/dnaase/Bis-tools/tree/master/Bis-SNP
Ang BisSNP ay isang package na batay sa Genome Analysis Toolkit (GATK) map-reduce framework para sa genotyping sa bisulfite treated massively parallel sequencing (Bisulfite-seq, NOMe-seq at RRBS) sa Illumina platform. Gumagamit ito ng bayesian inference na may alinman sa manu-manong tinukoy o awtomatikong tinantyang mga probabilidad ng methylation ng iba't ibang konteksto ng cytosine (hindi lamang CpG, CHH, CHG sa Bisulfite-seq, kundi pati na rin ang GCH et.al. sa ibang bisulfite treated sequencing) upang matukoy ang mga genotype at antas ng methylation nang sabay-sabay . Gumagana ito para sa parehong single-end at paired-end reads. Na-validate ng Illumina IM SNP array ang specificity at sensitivity. Sa default na threshold na 30X na data (Phred scale score > 20), maaari itong maka-detect ng 92.21% heterozygous SNP na may 0.14% false positive rate Ang pagtawag sa cytosine ay hindi lamang batay sa konteksto ng sanggunian, upang ma-detect nito ang hindi-reference na kontekstong cytosine. Google group para sa tulong: http://goo.gl/zL7Nj
Mga tampok
- Tumatawag sa SNP
- tumatawag sa methylation
- Bisulfite-seq/NOMe-seq/RRBS
- genotyping
Audience
Agham/Pananaliksik
Interface ng gumagamit
Command-line
Wika ng Programming
Perl, Java
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/bissnp/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
