Ito ang Linux app na pinangalanang CAMPARI na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang campari_v4_12202020.zip. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang CAMPARI sa OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
CAMPARI
Ad
DESCRIPTION
Ipinagmamalaki naming ipakilala ang bersyon 4 ng CAMPARI. Pinapanatili ang pilosopiyang ipinakilala sa V3 upang pabilisin (halos) ang lahat sa tulong ng OpenMP (mga thread parallelism), nagdagdag kami ng ilang bagong algorithm mula sa kamakailang literatura, lalo na ang isang buong module na tumatalakay sa maliliit na molekula ng arbitrary na kimika para sa mga aplikasyon. sa computational docking at disenyo ng gamot. Natural, ang CAMPARI ay patuloy na nagbibigay ng reference na pagpapatupad ng ABSINTH force field paradigm at implicit solvation model.
Ang CAMPARI ay isang pinagsamang pakete para sa pagsasagawa at pagsusuri ng mga molecular simulation, partikular sa mga sistema ng biological na kaugnayan. Nakatuon ito sa malawak na kakayahang magamit ng mga algorithm para sa (advanced) sampling at may kakayahang pagsamahin ang Monte Carlo at molecular dynamics sa tuluy-tuloy na paraan. Nag-aalok ang CAMPARI sa user ng napakataas na antas ng kontrol sa lahat ng ipinatupad na feature. Para sa karagdagang impormasyon at mga tampok, mangyaring sumangguni sa homepage ng proyekto sa http://campari.sourceforge.net.
Mga tampok
- Pinagsamang MC at MD sampling, MD sa Cartesian o torsional / rigid-body space
- Mahusay na OpenMP parallelization ng lahat ng pangunahing gawain ng enerhiya/puwersa
- On-the-fly analysis o execution bilang isang trajectory analysis tool (kaayon din)
- Maraming mga naka-built-in na gawain sa pagsusuri (DSSP, mga mapa ng contact, mga function ng ugnayan ng pares, atbp.)
- Suporta para sa ilang structural clustering at mga nauugnay na algorithm kasama ng mga pagsusuri ng modelo ng estado ng Markov
- Stand-alone na pasilidad ng pagsusuri para sa clustering/Markov state model facility
- Ganap na dokumentado (html) at bilang karagdagan ay ipinadala na may 16 mga tutorial
- Napakataas na antas ng kontrol sa halos lahat ng sinusuportahang feature
- Malawak na suporta para sa parallel multi-replica simulation techniques tulad ng replica exchange sa hybrid MPI/OpenMP parallel execution
- Suporta para sa maliliit na molecule screening application na may bahagyang awtomatikong parameterization
- Suporta para sa maraming potensyal na bias (distansya, posisyon, torsion, pangalawang istraktura, spatial density, compartmentalization, polymeric properties)
Audience
Agham/Pananaliksik
Interface ng gumagamit
Console/Terminal
Wika ng Programming
Fortran
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/campar/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
