Ito ang Linux app na pinangalanang GMcloser na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang GMcloser-1.6.2.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang GMcloser sa OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
GMcloser
Ad
DESCRIPTION
Pinupuno at isinasara ng GMcloser ang mga gaps na naroroon sa mga scaffold assemblies, lalo na ang mga nabuo ng de novo assembly ng buong genome na may mga susunod na henerasyong pagkakasunud-sunod (NGS) reads. Hindi tulad ng ibang gap-closing tool na gumagamit lang ng NGS reads, ang GMcloser ay gumagamit ng preassembled contig sets o long read sets bilang mga sequence para isara ang mga gaps at gumagamit ng paired-end (PE) reads at isang algorithm na nakabatay sa posibilidad upang mapabuti ang katumpakan at kahusayan ng gap pagsasara. Ang kahusayan ng pagsasara ng puwang ay maaaring tumaas sa pamamagitan ng sunud-sunod na paggamot na may iba't ibang contig set.Ang isang kasamang package, ang GMvalue, ay isang tool upang matukoy ang mga misassembly site sa contigs at scaffolds. Hindi tulad ng iba pang nauugnay na tool, maaaring tukuyin ng GMvalue ang mga kategorya ng maling pag-assemble na may ilang mga opsyon, at maaaring ilapat sa mga assemblies na may malaking sukat na genome. Sa pamamagitan ng paggamit sa opsyong -e, bumubuo rin ang GMvalue ng mga pagtitipon na walang error sa pamamagitan ng paghahati o pagwawasto ng mga maling pagkakabuo.
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/gmcloser/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
