Ito ang Linux app na pinangalanang Hadoop-BAM na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang hadoop-bam-7.1.0.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang Hadoop-BAM sa OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
Hadoop-BAM
Ad
DESCRIPTION
Ang Hadoop-BAM ay isang Java library para sa pagmamanipula ng mga file sa karaniwang bioinformatics na mga format gamit ang Hadoop MapReduce framework kasama ang Picard SAM JDK, at mga command line tool na katulad ng SAMtools.
Ang mga format ng file na kasalukuyang sinusuportahan ay BAM, SAM, FASTQ, FASTA, QSEQ, BCF, at VCF.
Para sa mas mahabang mataas na antas na paglalarawan ng Hadoop-BAM, sumangguni sa artikulong "Hadoop-BAM: direktang pagmamanipula ng data ng sequencing ng susunod na henerasyon sa cloud" sa Bioinformatics Volume 28 Issue 6 pp. 876-877, available online sa: http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bts054
Tandaan na ang bahagi ng library ng Hadoop-BAM ay pangunahin para sa mga developer na may karanasan sa paggamit ng Hadoop. Ang mga tool sa command line ng Hadoop-BAM ay dapat na maunawaan ng lahat ng mga gumagamit, ngunit ang mga ito ay limitado sa saklaw.
Tingnan ang proyekto ng SeqPig para sa mas mataas na antas ng interface sa mga format ng file na sinusuportahan ng Hadoop-BAM: http://seqpig.sourceforge.net
Tingnan ang Seal para sa Hadoop-based read alignment tool, Seal: http://biodoop-seal.sourceforge.net
Audience
Mga Nag-develop
Wika ng Programming
Java
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/hadoop-bam/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
