Ito ang Linux app na pinangalanang HSRA na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang HSRA-v1.1.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang HSRA na may OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
HSRA
Ad
DESCRIPTION
Ang HSRA ay isang MapReduce-based na parallel tool para sa pagmamapa ng mga nabasa mula sa RNA sequencing (RNA-seq) na mga eksperimento. Ang mga pagsusuri sa RNA-seq ay karaniwang nagsisimula sa pamamagitan ng pagmamapa ng mga nabasa sa isang reference na genome upang matukoy ang lokasyon kung saan nagmula ang mga nabasa, na isang napakatagal na hakbang. Binibigyang-daan ng tool na ito ang mga mananaliksik ng bioinformatics na mahusay na maipamahagi ang kanilang mga gawain sa pagmamapa sa mga node ng isang cluster sa pamamagitan ng pagsasama-sama ng isang mabilis na multithreaded spliced aligner (HISAT2) kasama ang Apache Hadoop, na isang distributed computing framework para sa scalable na pagproseso ng Big Data.
Kasalukuyang sinusuportahan ng HSRA ang single-end at paired-end na read alignment mula sa mga dataset ng FASTQ/FASTA. Bukod dito, ginagamit ng aming tool ang library ng Hadoop Sequence Parser (HSP) (link sa itaas) upang mahusay na basahin ang mga dataset ng input na nakaimbak sa Hadoop Distributed File System (HDFS), na nagagawang magproseso ng mga dataset na na-compress gamit ang Gzip at BZip2 codec.
Audience
Information Technology, Healthcare Industry, Science/Research
Interface ng gumagamit
Console/Terminal, Command-line
Wika ng Programming
Java
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/hsra/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
