Ito ang Linux app na pinangalanang miRDP2 na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang test_data.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang miRDP2 gamit ang OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
miRDP2
Ad
DESCRIPTION
Ang miRDeep-P2 (miRDP2) ay binuo upang tumpak at mabilis na pag-aralan ang microRNAs (miRNAs) transcriptome sa mga halaman. Ito ay pinagtibay mula sa miRDeep-P (miRDP) na may mga bagong diskarte at inayos na algorithm. Sinubukan namin ang miRDP2 upang pag-aralan ang mga transcriptome ng miRNA sa naturang mga halaman na may unti-unting pagtaas ng laki ng genome bilang Arabidopsis, bigas, kamatis, mais at trigo. Kung ikukumpara sa miRDeep-P at ilang iba pang computational tool, pinoproseso ng miRDP2 ang data ng NGS na may superyor na bilis. Sa pamamagitan ng pagsasama ng bagong na-update na pamantayan ng annotation ng miRNA ng halaman, ang katumpakan ng miRDP2 ay kapansin-pansing napabuti din. Ang aming mga resulta ay nagpapakita ng miRDP2 bilang isang mabilis at tumpak na tool para sa pagsusuri ng miRNA transcriptome sa mga halaman.
Sanggunian: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty972
Mga tampok
- maliit na RNA
- microRNA(miRNA)
- Susunod na Generation Sequencing (NGS)
- Perl
Audience
Agham/Pananaliksik
Wika ng Programming
Perl
Kapaligiran ng Database
Perl DBI/DBD
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/mirdp2/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
