Ito ang Linux app na pinangalanang NGSEP na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang NGSEPwindows_4.3.2.zip. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang NGSEP sa OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
NGSEP
DESCRIPTION
Ang NGSEP ay isang pinagsama-samang balangkas para sa pagsusuri ng maikli at mahabang DNA high throughput sequencing reads. Ang kasalukuyang bersyon ay nagbibigay ng mga functionality para sa parehong de-novo at reference guided analysis ng sequencing data, kabilang ang genome assembly, read mapping, variants detection at genotyping at de-novo analysis ng data na nabuo mula sa mga pinababang representasyon na protocol. Nagbibigay din ang NGSEP ng mga module para sa pagsusuri ng genomic variation databases (VCF file), kabilang ang functional annotation, filtering, format conversion, paghahambing, clustering, imputation, introgression analysis at iba't ibang uri ng statistics. Mula sa bersyon 4, nagbibigay kami ng mga functionality para sa pamamahala ng mga genome at transcriptome, kabilang ang genome alignment at annotation ng mga transposable na elemento. Ang isang kumpletong listahan ng mga pag-andar ay magagamit sa aming wiki (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
BAGO MAG-DOWNLOAD: Ang berdeng buton ay dumidirekta sa garapon para sa paggamit ng command line. Tingnan ang wiki para sa GUI at iba pang mga opsyon
Mga tampok
- Pagpupulong ng de-novo genome
- Alignment ng raw reads sa isang reference genome
- Pag-detect ng mga SNP, CNV at Structural Variant
- Pagmamanipula ng VCF: functional annotation, merge, filter, compare, format conversion, imputation
- Nagbabasa ng Demultiplexing
- Pag-align ng mga annotated genome assemblies
- Mga istatistika at pag-filter sa mga transcriptome annptations sa GFF3 na format
Audience
Industriya ng Pangangalagang Pangkalusugan, Agham/Pananaliksik, Ibang Audience, Agrikultura
Interface ng gumagamit
Java SWT, Console/Terminal, Eclipse
Wika ng Programming
Java
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
