Ito ang Linux app na pinangalanang ParaSim na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang parasim-v0.05.zip. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang ParaSim na may OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
ParaSim
DESCRIPTION
Ang mga pagtatasa ng pagkakaiba-iba at paghahambing ng malalaking database ng tambalan ay nangangailangan ng pagkalkula ng pagkakatulad ng milyun-milyong compound sa abot-kayang panahon. Tinutugunan ng ParaSim ang hamon na ito sa pamamagitan ng pag-parallelize ng mga kalkulasyon ayon sa bilang ng mga computing core na magagamit sa isang makina. Ito ay na-optimize para sa throughput ng napakalaking bilang ng mga istruktura ng query laban sa napakaraming bilang ng mga istruktura ng sanggunian. Bilang isang espesyal na tampok, pinapayagan ng ParaSim na mag-imbak at at ma-access ang mga madalas na i-query na mga dataset bilang patuloy na mga bagay sa memorya para sa mga maikling oras ng pagtugon.
Kinakalkula ng ParaSim ang mga pagkakatulad ng kemikal batay sa mga binary structural fingerprint. Hindi ito nagko-compute ng mga fingerprint sa sarili ngunit umaasa sa software ng third party para magawa ito. Karaniwan, ang lahat ng uri ng mga istrukturang fingerprint na maaaring maimbak sa isang hanay ng mga bit (isang bitset) ay maaaring gamitin ng ParaSim.
Tingnan ang Wiki (https://sourceforge.net/p/parasim/wiki/Documentation/) para sa detalyadong dokumentasyon.
FEEDBACK Lubos na PINAHALAGAHAN!
Mga tampok
- Gumagamit ng maramihang mga computing core
- Maaaring mag-imbak at mag-access ng mga fingerprint nang tuluy-tuloy sa memorya
- Iniulat ang mga resulta: Query molecule ID, reference molecule ID, similarity coefficient at, opsyonal, karagdagang data tulad ng Smiles/InChi-Key/Chime string atbp.
- Nagbibigay-daan sa tinukoy ng user na bilang ng mga hit sa bawat query at mga threshold ng pagkakatulad
- Nagbibigay-daan sa iba't ibang laki ng bitset ng fingerprint
- Nagbibigay ng detalyadong impormasyon sa pag-unlad kapag hiniling
- Walang kinakailangang pag-install
- Nagbabasa ng mga fingerprint bilang Base64-encoded bitsets mula sa .txt o .txt.gz file
- Demo application para sa RDKit, PipelinePilot(TM) at Knime kasama
- Kasama ang mga script upang direktang maghanap mula sa mga file ng SDF o Smiles
Audience
Mga Developer, Mga End User/Desktop, Tester, Science/Research
Interface ng gumagamit
Command-line, Console/Terminal
Wika ng Programming
C, Perl, Python
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/parasim/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
