Ito ang Windows app na pinangalanang kSNP na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang kSNP4.1-source-code.zip. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang kSNP gamit ang OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Magsimula ng anumang OS OnWorks online emulator mula sa website na ito, ngunit mas mahusay na Windows online emulator.
- 5. Mula sa OnWorks Windows OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application at i-install ito.
- 7. I-download ang Wine mula sa iyong mga Linux distributions software repository. Kapag na-install na, maaari mong i-double click ang app upang patakbuhin ang mga ito gamit ang Wine. Maaari mo ring subukan ang PlayOnLinux, isang magarbong interface sa ibabaw ng Wine na tutulong sa iyong mag-install ng mga sikat na programa at laro sa Windows.
Ang alak ay isang paraan upang patakbuhin ang software ng Windows sa Linux, ngunit walang kinakailangang Windows. Ang alak ay isang open-source na layer ng compatibility ng Windows na maaaring direktang magpatakbo ng mga program sa Windows sa anumang desktop ng Linux. Sa totoo lang, sinusubukan ng Wine na muling ipatupad ang sapat na Windows mula sa simula upang mapatakbo nito ang lahat ng mga Windows application na iyon nang hindi talaga nangangailangan ng Windows.
kSNP
Ad
DESCRIPTION
Kinikilala ng kSNP4 ang mga pan-genome na SNP sa isang hanay ng mga pagkakasunud-sunod ng genome, at tinatantya ang mga punong phylogenetic batay sa mga SNP na iyon. Ang pagtuklas ng SNP ay batay sa pagsusuri ng k-mer, at hindi nangangailangan ng maramihang pagkakahanay ng pagkakasunud-sunod o pagpili ng isang reference na genome, kaya ang kSNP4 ay maaaring kumuha ng 100 na microbial genome bilang input. Ang isang SNP locus ay tinukoy ng isang oligo ng haba k na nakapalibot sa isang gitnang SNP allele. Maaaring suriin ng kSNP4 ang parehong kumpleto (tapos) na mga genome at hindi natapos na mga genome sa mga pinagsama-samang contigs o hilaw, hindi pa nababasang mga nabasa. Ang mga natapos at hindi natapos na genome ay maaaring masuri nang magkasama, at ang kSNP ay maaaring awtomatikong mag-download ng mga Genbank file ng mga natapos na genome at isama ang impormasyon sa mga file na iyon sa SNP annotation.
Walang mga kasanayan sa programming ang kinakailangan upang magamit ang kSNP4
Gardner, SN at Hall, BG 2013. . PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Gardner, SN, T. Slezak, at BG Hall. 2015 Bioinformatics 31: 2877-2878 doi: 10.1093/bioinformatics/btv271
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
