abyss-pe - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

abyss-pe - okumaları contig'lerde birleştir

SİNOPSİS

uçurum [SEÇENEK] ... [PARAMETRE=DEĞER] ... [MAKE_TARGET] ...

TANIM

Girdi dosyalarının okumalarını contig'lerde birleştirin. Okumalar FASTA, FASTQ,
qseq, dışa aktarma, SRA, SAM veya BAM biçimindedir ve gz, bz2 veya xz ile sıkıştırılabilir ve
katranlı.

abyss-pe bir Makefile betiğidir. Abyss-pe ile herhangi bir yapım seçeneği de kullanılabilir.

parametreler of uçurum
isim, İŞ ADI
Bu meclisin adı. Ortaya çıkan iskeleler depolanacak
${name}-scaffolds.fa.

in giriş dosyaları Tek bir kitaplıktan veri toplarken bu değişkeni kullanın.

lib boşlukla ayrılmış çift uçlu kitaplık adlarının alıntılanmış bir listesi. Bu değişkeni kullan
birden çok eşleştirilmiş uç kitaplıktan verileri birleştirirken. içindeki her kitaplık adı için
lib, kullanıcı komut satırında aynı ada sahip bir değişken tanımlamalıdır.
o kitaplık için okunan dosyaları gösterir. Görmek ÖRNEKLER beton için aşağıda
kullanım örneği.

pe yalnızca birimleri birleştirmek için kullanılacak çift uçlu kitaplıkların listesi
contigs ve konsensüs dizisine katkıda bulunmayacaktır.

mp iskele için kullanılacak eş-çift kitaplıklarının listesi. Eş-çift kitaplıkları
konsensüs dizisine katkıda bulunmaz.

ve kazandırdı yeniden iskele için kullanılacak uzun dizi kitaplıklarının listesi. uzun dizi
kütüphaneler konsensüs dizisine katkıda bulunmazlar.

se tek uçlu okumalar içeren dosyalar

a bir balonun maksimum dal sayısı [2]

b bir balonun maksimum uzunluğu (bp) [10000]

c bir birimin minimum ortalama k-mer kapsamı [sqrt(medyan)]

d bir mesafe tahmininin izin verilen hatası (bp) [6]

e minimum erozyon k-mer kapsamı [sqrt(medyan)]

E tel başına minimum erozyon k-mer kapsamı [1]

j iş parçacığı sayısı [2]

k bir k-mer boyutu (K ayarlanmadığında) veya bir k-mer çiftinin genişliği (K ayarlandığında)

K bir k-mer çiftindeki tek bir k-merin boyutu (bp)

l bir okumanın minimum hizalama uzunluğu (bp) [k]

m iki birimin minimum örtüşmesi (bp) [30]

n contig oluşturmak için gereken minimum çift sayısı [10]

N iskele kurmak için gereken minimum çift sayısı [n]

p bir balonun minimum dizi kimliği [0.9]

q kırpma sırasında minimum temel kalite [3]
Kalitesi daha az q olan okumaların uçlarından tabanları kesin.

Q minimum temel kalite [0]
Kalitesi Q'dan düşük olan tüm okuma tabanlarını "N" olarak maskeleyin.

s bina bitişiği için gerekli minimum birim boyutu (bp) [200]
Tohum uzunluğu, k değerinin en az iki katı olmalıdır. Daha fazla sıra ise
beklenen genom boyutundan daha fazla toplanmışsa, s'yi artırmayı deneyin.

S yapı iskeleleri için gerekli minimum bitiş boyutu (bp) [s]

SS SS=--SS, ipliğe özel modda birleştirilecek
Tüm kitaplıkların diziye özgü RNA-Seq kitaplıkları olmasını gerektirir. varsayar ki
bir okuma çiftinde ilk okuma ters çevrilmiş WRT'dir, transkriptler sıralanır.

t minimum uç boyutu (bp) [2k]

v v=-v ayrıntılı günlük kaydını etkinleştirmek için

np, NSLO'LAR
bir MPI derlemesinin işlem sayısı

mpirun mpirun'a giden yol

hizalayıcı
Okumaları contig'lere [harita] hizalamak için kullanılacak program.
İzin verilen değerler şunlardır: map, kaligner, bwa, bwasw, bowtie, bowtie2, dida. Bkz.
DİDA dida seçeneği hakkında daha fazla bilgi için aşağıdaki bölüm.

cs montajdan sonra renk uzayı bitişlerini nükleotid bitişiklerine dönüştürün

Opsiyonlar of yapmak
-n, --kuru çalışma
Yürütülecek komutları yazdırın, ancak yürütmeyin.

Yapmak hedefler için uçurum
varsayılan
"İskele iskeleleri-nokta istatistikleri" ile eşdeğerdir.

birimler
Birimleri birleştirin.

birim-nokta
Unitig örtüşme grafiğinin çıktısını alın.

pe-sam Eşleştirilmiş uç okumaları birimlere eşleyin ve bir SAM dosyası çıktısı alın. SAM dosyası yalnızca
farklı contig'lere eşleme okumaları ve okuma kimliği, sırası ve kalitesi içerir
dizeler '*' karakterleriyle değiştirilecektir.

pe-bam Eşleştirilmiş uç okumaları birimlere eşleyin ve bir BAM dosyası çıktısı alın. BAM dosyası yalnızca
farklı contig'lere eşleme okumaları ve okuma kimliği, sırası ve kalitesi içerir
dizeler '*' karakterleriyle değiştirilecektir.

pe-endeksi
Abyss-map tarafından kullanılan birimlerin bir indeksini oluşturun.

devam eden
Contig'leri birleştirin.

contig-nokta
Contig örtüşme grafiğinin çıktısını alın.

mp-sam Eşleştirme eşleme çifti, contig'leri okur ve bir SAM dosyası çıkarır. SAM dosyası yalnızca
farklı contig'lere eşleme okumaları ve okuma kimliği, sırası ve kalitesi içerir
dizeler '*' karakterleriyle değiştirilecektir.

mp-bam Eş-çift eşleme, contig'leri okur ve bir BAM dosyası çıkarır. BAM dosyası yalnızca
farklı contig'lere eşleme okumaları ve okuma kimliği, sırası ve kalitesi içerir
dizeler '*' karakterleriyle değiştirilecektir.

mp indeksi
Abyss-map tarafından kullanılan contig'lerin bir indeksini oluşturun.

iskeleler
İskeleleri monte edin.

iskele-nokta
İskele örtüşme grafiğinin çıktısını alın.

iskeleler
İskeleleri kırın ve AGP dosyası oluşturun.

uzun iskeleler
RNA-Seq birleştirilmiş contig kullanarak yeniden iskele.

uzun iskele-nokta
RNA iskelesi örtüşme grafiğinin çıktısını alın.

istatistikler Montaj bitişiklik istatistiklerini görüntüleyin.

çamça Ara dosyaları kaldırın.

versiyon
Abyss-pe sürümünü görüntüleyin.

sürümler
Abyss-pe tarafından kullanılan tüm programların sürümlerini görüntüleyin.

yardım et Yardımcı bir mesaj görüntüleyin.

DİDA

ABySS, MPI tabanlı bir DIDA (Distributed Indexing Dispatched Alignment) kullanımını destekler.
Birden çok makinede sıra hizalamalarını hesaplamak için hizalama çerçevesi. Kullanmak
ABySS'li DIDA, önce DIDA'yı şuradan indirin ve kurun:
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida, ardından değeri olarak "dida"yı belirtin
the hizalayıcı parametresi uçurum.

DIDA ile ilgili uçurum parametreler
DIDA_MPIRUN
DIDA işlerini çalıştırmak için kullanılan `mpirun` komutu.

DIDA_RUN_OPTIONS
MPI sıralaması başına iş parçacığı sayısı ve ortam değerleri gibi çalışma zamanı seçenekleri
değişkenler (örneğin PATH, LD_LIBRARY_PATH). Bir liste için 'abyss-dida --help' komutunu çalıştırın.
mevcut seçenekler.

DIDA_OPTIONS
Doğrudan DIDA ikili dosyasına geçirilen seçenekler. Örneğin, bu kullanılabilir
minimum hizalama uzunluğu eşiğini kontrol etmek için. için "dida-wrapper --help" komutunu çalıştırın.
mevcut seçeneklerin listesi.

MPI UYUMLULUK
Çoklu iş parçacığı kullanımı nedeniyle DIDA, OpenMPI ile ilgili bilinen kilitlenme sorunlarına sahiptir. kullanma
DIDA ile derlemeler çalıştırırken MPICH MPI kitaplığı şiddetle tavsiye edilir. Test yapmak
--enable-threads=funneled ile derlenmiş MPICH 3.1.3 ile yapıldı.

ÖRNEK
DIDA için önerilen çalışma zamanı yapılandırması, makine başına 1 MPI sıralaması ve makine başına 1 iş parçacığıdır.
CPU çekirdeği. Örneğin, her biri 3 çekirdekli 12 küme düğümünde bir derleme çalıştırmak için şunları yapın:

abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa' hizalayıcı=dida
DIDA_RUN_OPTIONS='-j12' DIDA_MPIRUN='mpirun -np 3 -ppn 1 -karta bağlama'

Bu örnek, "mpirun" için MPICH komut satırı seçeneklerini kullanır. Burada `-np 3`
MPI sıralarının sayısı, "-ppn 1", "düğüm" başına MPI sıralarının sayısını gösterir ve
`-bind-to board`, bir "düğümü" bir anakart (yani tam bir makine) olarak tanımlar.

ÇEVRE DEĞİŞKENLER

Komut satırında belirtilebilecek herhangi bir parametre, bir komut satırında da belirtilebilir.
Çevre değişkeni.

PATH ABySS yürütülebilir dosyalarının kurulu olduğu dizini içermelidir. 'uçurumu kullan-
PATH'nin doğru yapılandırıldığını kontrol etmek için pe sürümleri'.

TMPDIR geçici dosyalar için kullanılacak bir dizini belirtir

Zamanlayıcı bütünleşme
ABySS, aşağıdakiler gibi küme iş planlayıcılarıyla iyi bir şekilde bütünleşir:
* SGE (Güneş Izgara Motoru)
* Taşınabilir Toplu Sistem (PBS)
* Yük Paylaşım Tesisi (LSF)
* IBM LoadLeveler

JOB_NAME, SGE_TASK_ID ve NSLOTS SGE ortam değişkenleri, aşağıdakileri belirtmek için kullanılabilir:
sırasıyla parametre adı, k ve np ve benzer şekilde diğer zamanlayıcılar için.

ÖRNEKLER

Bir eşleştirilmiş uç kütüphane
abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

çoklu eşleştirilmiş uç kütüphaneler
abyss-pe k=64 isim=ecoli lib='lib1 lib2' \
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

eşleştirilmiş uç ve eş-çift kütüphaneler
abyss-pe k=64 isim=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

Dahil olmak üzere RNA Dizi düzenekleri
abyss-pe k=64 isim=ecoli lib=pe1 mp=mp1 uzun=uzun1 \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' \
uzun1=uzun1.fa

MPI
abyss-pe np=8 k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

SGE
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8 \
abyss-pe n=10 in='reads1.fa okur2.fa'

onworks.net hizmetlerini kullanarak abyss-pe'yi çevrimiçi kullanın