Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen autogrid4 komutudur.
Program:
ADI
autogrid - AutoDock analizi için protein ve ligand hazırlama
SİNOPSİS
otogrid4 [seçenekleri] -p grid parametre dosyası
TANIM
Otomatik Izgara kovalent olmayan etkileşim enerjilerinin bir 3B ızgara temsilini hazırlar.
kullanıcı tarafından belirlenen çeşitli ligand atom türleri, kullanıcı tarafından belirlenen bir hedef etrafında deneyimlenir
makro molekül. Ayrıca elektrostatik potansiyel ve desolvasyon serbest enerji şebekesi
haritalar da hesaplanabilir. Izgara haritaları, düz metin dosyalarında saklanır.
uzantısı '.map' ve AutoDock 4 tarafından yerleştirme gerçekleştirmek için gereklidir. AutoGrid ayrıca
ızgara kutusunun uzamsal uzantılarını tanımlayan bir '.xyz' dosyası ve bir AVS çıktısı verir.
alan '.fld' dosyası, tutarlı atomik afinite ızgarası haritaları kümesini açıklar.
Belirli bir hedef makromolekül için birlikte hesaplandı. Not: gerekli
ligand veya ligand kümesindeki tüm atom türleri için ızgara haritalarını hesaplayın.
kenetlenmiş, ayrıca bir elektrostatik potansiyel ızgara haritası ve bir desolvasyonsuz enerji haritası.
Örneğin, bir ligand alifatik bir karbona ve hidrojen bağı kabul eden bir oksijene sahipse
atom, hem 'C' haritasını hem de 'OA' haritasını hesaplamak gerekli olacaktır. Görmek
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
AutoDock 4 atom türleri hakkında daha fazla bilgi için parametreler.
AutoGrid'e giriş, en iyi AutoDockTools program paketi ile hazırlanır. yok
autodock4'ü ızgara olmadan çalıştırmanın yolu.
SEÇENEKLER
-o Eski PDBq biçimini kullanın (55-61 sütunlarında q)
-u Kullanım bilgileri, ayrıca -h Debian'da.
-d Hata ayıklamaya yardımcı olmak için iletilerin ayrıntı düzeyi artırıldı.
-l kayıt dosyası
-p filename Grid Parametre Dosyasını Belirtir
ÖRNEK
AutoGrid kaynaklarıyla aşağıdaki gibi kullanılabilen bir dizi test sunulur:
$ D=/usr/share/doc/autogrid/Testler
$cd / Tmp
$ ln -s $D/AD4_parameters.dat .
$ gunzip -c $D/hsg1_sm.pdbqt.gz > hsg1_sm.pdbqt
$ autogrid4 -p $D/hsg1_no_receptor_types.gpf -l hsg1_no_receptor_types.glg
Bu komut, komut dosyasında belirtilen AutoDock atom türlerinin her biri için ızgara haritası dosyaları hazırlar.
grid parametre dosyası (bu durumda: hsg1_sm.A.map, hsg1_sm.C.map, hsg1_sm.d.map,
hsg1_sm.e.map, hsg1_sm.HD.map, hsg1_sm.NA.map, hsg1_sm.N.map, hsg1_sm.OA.map), AVS
alan dosyası (hsg1_sm.maps.fld) ve hsg1_sm.maps.xyz. Kurma hesaplamasını yapmak için,
Ayrı bir yerleştirme parametre dosyası talep etse de (
uzantısı .dpf). 'DPF', yerleştirme için gerekli olan ızgara haritası dosyalarını ifade eder.
ve arama yöntemi ve nasıl yapılacağı gibi diğer önemli parametrelerin ayarlanmasına izin verir.
gerçekleştirmek için birçok yerleştirme.
onworks.net hizmetlerini kullanarak autogrid4'ü çevrimiçi kullanın
