Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen bowtie2-build komutudur.
Program:
ADI
bowtie2-build - bowtie2-build-* için sarıcı
SİNOPSİS
papyon2-yapı [seçenekleri]*
TANIM
Bowtie 2 sürüm 2.2.6, Ben Langmead tarafından ([e-posta korumalı], www.cs.jhu.edu/~langmea)
referans_in
ref dizili dosyaların virgülle ayrılmış listesi
bt2_index_base
bt2 verilerini bu dir/basename ile dosyalara yaz
*** Bowtie 2 dizinleri yalnızca v2 ile çalışır (v1 değil). Aynı şekilde v1 dizinleri için. ***
SEÇENEKLER
-f referans dosyaları Fasta'dır (varsayılan)
-c cmd satırında verilen referans dizileri (as )
--büyük-indeks
ref 4 milyardan az olsa bile, oluşturulan endeksi 'büyük' olmaya zorlayın
nükleotidleri
-a/--otomatik değil
otomatik devre dışı bırak -p/--bmax/--dcv bellek uydurma
-p/--paketlenmiş
paketlenmiş dizeleri dahili olarak kullanın; daha yavaş, daha az bellek
--bmaks
bloklu sonek dizisi oluşturucu için maksimum kova sz
--bmaxdivn
ref len'in böleni olarak max kova sz (varsayılan: 4)
--dcv
blok bazında diff-cover periyodu (varsayılan: 1024)
--nodc diff-cover'ı devre dışı bırak (algoritma ikinci dereceden olur)
-r/--noref
.3/.4 dizin dosyaları oluşturmayın
-3/--sadece referans
sadece .3/.4 dizin dosyaları oluşturun
-o/--offrate
SA, her 2^'de bir örneklenir BWT karakterleri (varsayılan: 5)
-t/--ftabchar'lar
İlk aramada tüketilen karakter sayısı (varsayılan: 10)
--tohum
rastgele sayı üreteci için tohum
-q/--sessizlik
ayrıntılı çıktı (hata ayıklama için)
-h/--Yardım
aracın ayrıntılı açıklamasını ve seçeneklerini yazdırın
--kullanım
bu kullanım mesajını yazdır
--versiyon
sürüm bilgilerini yazdır ve çık
onworks.net hizmetlerini kullanarak bowtie2-build çevrimiçi kullanın
