Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen bp_fetchp komutudur.
Program:
ADI
bp_fetch.pl - bioperl dizinli veritabanlarından dizileri getirir
SİNOPSİS
bp_fetch.pl isviçre:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl net::genbank:JX295726
bp_fetch.pl net::genpept:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl ace::myserver.somewhere.edu,21000:X56676
bp_fetch.pl -fmt GCG İsviçre:ROA1_HUMAN
TANIM
Bioperl'deki DB erişim sistemlerini kullanarak dizileri getirir. Bunun en yaygın kullanımı
bpindex.pl kullanılarak oluşturulan bioperl indekslerinden dizileri bp_fetch veya dizileri getirmek için
NCBI web sitesinden
Dizileri alma formatı, kasıtlı olarak, aşağıdaki gibi GCG/EMBOSS formatına benzer:
Aşağıdaki:
db:ad
bir 'meta' veritabanı türü koyma potansiyeli olan
meta::db:isim
Meta bilgi üç türden biri olabilir
yerel - yerel dizinlenmiş düz dosya veritabanı
net - ağ bağlantılı http: tabanlı veritabanı
ace - ACeDB veritabanı
Bu bilgi, meta db bilgisi olmayan veritabanı adları için varsayılan olarak 'yerel'dir.
SEÇENEKLER
-fmt - Çıkış formatı
Fasta (varsayılan), EMBL, Raw, swiss veya GCG
-acc - dize bir erişim numarasıdır, bir
İD.
sadece uzman kullanımı için seçenekler
-dir - dizin dosyalarını bulmak için dizin
(BIOPERL_INDEX ortam değişkenini geçersiz kılar)
-tip - açılacak DBM dosyasının türü
(BIOPERL_INDEX_TYPE ortam değişkenini geçersiz kılar)
ÇEVRE
bp_index ve bp_fetch, veritabanlarının ortam değişkenini kullanarak bulunduğu yeri koordine eder
BIOPERL_INDEX. Bu -dir seçeneği kullanılarak geçersiz kılınabilir. Dizin türü (SDBM veya
DB_File veya başka bir dizin dosyası), BIOPERL_INDEX_TYPE değişkeni tarafından kontrol edilir. Bu
SDBM_File varsayılanları
KULLANMA IT KENDİN
bp_fetch, Bio::DB::BioSeqI'yi destekleyen bioperl modüllerinin etrafındaki bir sarıcıdır.
soyut arayüz. Bunlar şunları içerir:
Yazar Kodu
James Gilbert - Fasta indeksleyici, Soyut indeksleyici
Aaron Mackay - GenBank ve GenPept DB erişimi
Ewan Birney - EMBL .dat dizin oluşturucu
Birçok kişi - SeqIO kodu
Bu modüller doğrudan kullanılabilir, bu betiği bir sistem olarak kullanmaktan çok daha iyidir.
çağrı veya okumak için bir boru. Nasıl kullanıldığını görmek için bp_fetch için kaynak kodunu okuyun.
UZATILMAK IT
bp_fetch, veritabanlarına erişim sağlamak için bir dizi farklı modül kullanır. herhangi bir modül
Bio::DB::BioSeqI arayüzüne abone olan burada kullanılabilir. Düz dosya için
indeksleyiciler, bu en iyi şekilde Bio::Index::Abstract'ı genişleterek yapılır.
Bio::Index::EMBL ve Bio::Index::Fasta. Diğer veritabanlarına erişmek için yapmanız gerekenler
kendi arayüzünü yuvarla.
Yeni çıktı biçimleri için yeni bir SeqIO modülü eklemeniz gerekir. En kolay şey bakmaktır
Bio::SeqIO::Fasta'da ve kendi formatınız için nasıl hackleyeceğinizi öğrenin (buna bir şey deyin)
farklı açıkçası).
GERİ BİLDİRİM
Posta Listeler
Kullanıcı geri bildirimi, bu ve diğer Bioperl modüllerinin gelişiminin ayrılmaz bir parçasıdır. Göndermek
yorumlarınızı ve önerilerinizi tercihen Bioperl posta listesine. Senin katılımın
çok takdir edilmektedir.
[e-posta korumalı] - Genel Tartışma
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Posta listeleri hakkında
Raporlama Bugs
Hataları ve hatalarını takip etmemize yardımcı olması için hataları Bioperl hata izleme sistemine bildirin.
çözüm. Hata raporları web üzerinden gönderilebilir:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
onworks.net hizmetlerini kullanarak bp_fetchp çevrimiçi kullanın
