bp_unflatten_seqp - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

bp_unflatten_seq - bir gen bankası veya gen bankası tarzı özellik dosyasını iç içe geçmiş bir dosyaya düzelt
Sıra Özellik hiyerarşisi

SİNOPSİS

bp_unflatten_seq.PLS -e 3 -gff ~/cvs/bioperl-live/t/data/AE003644_Adh-genomic.gb

bp_unflatten_seq.PLS --detay ~/cvs/bioperl-live/t/data/AE003644_Adh-genomic.gb

bp_unflatten_seq.PLS -i foo.embl --dan embl --to chadoxml -o out.chado.xml

bp_unflatten_seq.PLS --notypemap --detail --to asciitree -ethresh 2 AE003644_Adh-genomic.gb

TANIM

Bu komut dosyası düzleştirilmemiş SeqFeatures'ın bir genbank veya genbank tarzı dosyasını iç içe geçmiş bir
hiyerarşi.

Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener'a bakın

Bir GenBank/EMBL gösteriminde, özellikler 'düz' - örneğin, bağlantı yok
örtük bağlantılar dışında bir mRNA ve bir CDS arasında (örn. etiketler veya ekleme sitesi aracılığıyla)
koordinatlar) kodlanması zor olabilir.

Bu, varsayılan çıktı biçimiyle en kolay şekilde gösterilir, ascitree

Düzleştirilmemiş bir gen bankası özellik seti şöyle görünebilir (AB077698)

Sıra: AB077698
veri bankası_girişi 1..2701[+]
gen
mRNA
CDS hCHCR-G 80..1144[+]
ekson 80..1144[+]
beş_prime_UTR 1..79[+]
location_sequence_feature 137[+]
location_sequence_feature 239[+]
location_sequence_feature 617[+]
location_sequence_feature 725[+]
Three_prime_UTR 1145..2659[+]
polyA_site 1606..1606[+]
polyA_site 2660..2660[+]

Veya bunun gibi (AE003734'ün kısmı)

gen
mRNA CG3320-RA
CDS CG3320-PA 53126..54971[-]
ekson 52204..53323[-]
ekson 53404..53631[-]
ekson 53688..53735[-]
ekson 53798..53918[-]
ekson 54949..55287[-]
mRNA CG3320-RB
CDS CG3320-PB 53383..54971[-]
ekson 52204..53631[-]
ekson 53688..53735[-]
ekson 53798..53918[-]
ekson 54949..55287[-]

Düzleştirme aynı zamanda çevreleme hiyerarşisini de "normalleştirecektir"
standartlaştırma - örneğin, gen bankası olsa bile her zaman bir transkript kaydı olduğundan emin olmak
sadece CDS ve geni belirtir)

Varsayılan olarak, GenBank türleri SO türleriyle eşleştirilecektir.

Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper'a bakın

KOMUT LINE ARGÜMANLAR

-i|giriş DOSYA
girdi dosyası (son argüman olarak da belirtilebilir)

-FORMAT'tan
giriş formatı (varsayılanı gen bankasıdır)

muhtemelen bunu düz olmayan formatlar için kullanmak pek mantıklı değil; yani dışında
embl/gen bankası

-BİÇİMLENDİRME
çıktı biçimi (varsayılanı asciitree'dir)

gerçekten SeqFeature farkında iç içe bir biçim olmalıdır; bence bu sadece
asciitree, chadoxml ve gff3

-gff
GFF3 formatına dışa aktarma ile (3 öncesi GFF'ler, düzleştirilmemiş dizilerle hiçbir anlam ifade etmez, çünkü
özellik grafiklerini temsil etmenin belirli bir yolu yoktur)

-o|çıktı DOSYA
varsayılanları STDOUT'a aktar

-Detail
özelliklerle ilgili ekstra ayrıntı göster (yalnızca asciitree modu)

-e|ethresh INT
düzleştirmede hata eşiğini ayarlar

varsayılan olarak bu komut dosyası, gen bankasında garip şeylerle karşılaşırsa titrer
dosya - bunların yok sayılacağını (ve raporlanacağını) belirtmek için hata eşiğini yükseltin
STDERR)

- göçebe
düzleştirmede use_magic'i bastır (bkz. Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener)

-notip haritası
tip eşlemeyi bastır (bkz. Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper

YAPILACAKLAR

Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener, düzleştirme üzerinde hassas kontrol sağlar
işlem - komut satırında bu kontrole izin vermek için daha fazla seçenek eklemeniz gerekiyor

GERİ BİLDİRİM

Posta Listeler
Kullanıcı geri bildirimi, bu ve diğer Bioperl modüllerinin gelişiminin ayrılmaz bir parçasıdır. Göndermek
yorumlarınızı ve önerilerinizi tercihen Bioperl posta listesine. Senin katılımın
çok takdir edilmektedir.

[e-posta korumalı] - Genel Tartışma
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Posta listeleri hakkında

Raporlama Bugs
Hataları ve hatalarını takip etmemize yardımcı olması için hataları Bioperl hata izleme sistemine bildirin.
çözüm. Hata raporları e-posta veya web üzerinden gönderilebilir:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

onworks.net hizmetlerini kullanarak bp_unflatten_seqp'yi çevrimiçi kullanın