Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen cd-hit-2d-para komutudur.
Program:
ADI
cd-hit-2d-para.pl - cd-hit-2d veya cd-hit- çalıştırmak için büyük bir kümeleme işini parçalara ayırın
est-2d işleri
SİNOPSİS
cd-hit-2d-para.pl seçenekleri
TANIM
Bu komut dosyası, büyük bir kümeleme işini parçalara ayırır ve işleri uzaktan kumandaya gönderir.
paralel hale getirmek için bir ağ üzerinden bilgisayarlar. Tüm işler bittikten sonra,
komut dosyası, kümeleme sonuçlarını tek bir cd-hit-2d çalıştırıyormuşsunuz gibi birleştirir veya
cd-hit-est-2d.
Bilgisayarınız varsa, büyük işleri tek bir bilgisayarda bölmek için de kullanabilirsiniz.
yeterli RAM'e sahip değil (ile -L seçenek).
Gereksinimler:
1 Bu betiği bir ağ üzerinden çalıştırdığınızda,
komut dosyalarını çalıştırın ve giriş dosyaları tüm uzak ana bilgisayarlarda mevcut olmalıdır.
özdeş yol.
2 İş göndermek için "ssh"yi seçerseniz,
herhangi bir uzak ana bilgisayara parolasız ssh, nasıl kurulacağını öğrenmek için ssh kılavuzuna bakın
şifresiz ssh
3 ssh yerine kuyruğa alma sistemini kullanmanızı öneririm,
Şu anda PBS ve SGE'yi destekliyorum
4 cd-hit-2d cd-hit-est-2d cd-hit-div cd-hit-div.pl olmalıdır
bu betiğin bulunduğu dizinde.
Opsiyonlar
-i 1. db için fasta formatında dosya adı girişi, gerekli
-i2 2. db için dosya adını fasta formatında girin, gerekli
-o çıktı dosya adı, gerekli
-P program, "cd-hit-2d" veya "cd-hit-est-2d", varsayılan "cd-hit-2d"
-B ana bilgisayar listesinin dosya adı, gerekli olmadıkça -Q or -L seçenek sağlanır
--L yerel bilgisayardaki cpus sayısı, bir üzerinde çalıştırmadığınız zaman varsayılan 0
küme, büyük bir kümeleme işini küçük parçalara bölmek için bu seçeneği kullanabilirsiniz,
Her işlemci için yeterli RAM'iniz yoksa "--L 1" kullanmanızı öneririm.
-S 1. db'ye bölünecek segment sayısı, varsayılan 2
--S2 2. db'ye bölünecek segment sayısı, varsayılan 8
--Q kuyruk kuyruk sistemine gönderilecek iş sayısı, varsayılan olarak 0, program
uzak işleri göndermek için ssh modunu kullanın
--T kuyruk sistemi türü, "PBS", "SGE" desteklenir, varsayılan PBS
--R bir çalışma çökmesinden sonra kullanılan yeniden başlatma dosyası
-h bu yardımı yazdır
Daha fazla cd-hit-2d/cd-hit-est-2d seçeneği komut satırında belirtilebilir
Sorular, hatalar, adresinden Weizhong Li ile iletişime geçin. [e-posta korumalı]
onworks.net hizmetlerini kullanarak cd-hit-2d-para'yı çevrimiçi kullanın
