cmemit - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

cmemit - kovaryans modelinden örnek diziler

SİNOPSİS

cmemite [seçenekler]

TANIM

The cmemite içindeki kovaryans model(ler)inden program örnekleri (yayar) dizileri , ve
bunları çıktıya yazar. Örnekleme dizileri çeşitli amaçlar için faydalı olabilir,
kıyaslamalar veya testler için sentetik gerçek pozitifler oluşturmak dahil.

Varsayılan, her CM'den on hizalanmamış diziyi örneklemektir. Alternatif olarak, -c
seçeneği, tek bir çoğunluk kuralı konsensüs dizisi yayınlayabilirsiniz; veya ile -a seçenek, sen
bir hizalama yayabilir.

The bir CM kitaplığı içerebilir, bu durumda her CM sırayla kullanılacaktır.

'-' (tire) olabilir, bu da bu girdiyi şuradan okumak anlamına gelir: stdin bir dosyadan ziyade.

Sıfır temel çiftli modeller için, diziler bunun yerine profil HMM filtresinden örneklenir
CM'nin. Ancak, bu modeller neredeyse aynı olacağından (özel seçenekler hariç)
içinde kullanıldı cmbuild Bunu önlemek için), CM yerine HMM'nin kullanılması durumu değiştirmeyecektir.
sürece, önemli bir şekilde çıktı -l seçeneği kullanılır. İle birlikte -ben, HMM olacak
eşit olasılığa sahip model başlangıç ​​ve bitiş konumları için yapılandırılırken, CM yapmayacaktır. Yapabilirsiniz
anabolik etkileri de mevcuttur cmemite ile her zaman CM'den örnek almak için --olumsuz seçeneği.

SEÇENEKLER

-h Yardım; komut satırı kullanımı ve mevcut seçenekler hakkında kısa bir hatırlatma yazdırın.

-o Sentetik dizileri dosyaya kaydedin onları stdout'a yazmak yerine.

-N Oluşturmak diziler. için varsayılan değer 10.

-u Oluşturulan dizileri hizalanmamış biçimde (FASTA) yazın. Bu varsayılan
davranışı.

-a Oluşturulan dizileri, fikir birliği ile hizalanmış bir biçimde (STOCKHOLM) yazın
FASTA yerine yapı açıklaması. ile başka çıktı biçimleri de mümkündür.
--dış biçim seçeneği.

-c Örnekleme dizileri yerine tek bir çoğunluk kuralı konsensüs dizisini tahmin edin
CM'nin olasılık dağılımından. Yüksek oranda korunmuş kalıntılar (baz eşleştirilmiş
3.0 bitten daha yüksek puan alan kalıntılar veya puan alan tek zincirli kalıntılar
1.0 bitten yüksek) büyük harfle gösterilir; diğerleri küçük harfle gösterilir.

-e CM tarafından yayılan dizileri, rastgele oluşturulmuş daha büyük bir uzunluk dizisine gömün
çeşitli ile gerçek genomik diziler üzerinde eğitilmiş bir HMM'den üretilen
GC içerikleri (kullanılanla aynı HMM cm kalibre). Sen kullanabilirsiniz --iid için seçenek
bunun yerine %25 A, C, G ve U dizisi oluşturun. Yayılan CM dizisi başlayacak
daha büyük dizi içinde rastgele bir konumda ve kendi dizinine dahil edilecektir.
olmadıkça bütünlük --u5p or --u3p seçenekler kullanılır. Ne zaman -e kullanılan
ile kombinasyon --u5p, CM yayılan dizi her zaman 1 konumunda başlar
daha büyük dizi ve 5' kesilecektir. Kombinasyon halinde kullanıldığında --u3p CM
yayılan dizi her zaman pozisyonda bitecek daha büyük dizinin ve olacak
3' kesilmiş.

-l Dizileri yayınlamadan önce CM'leri yerel modda yapılandırın. Varsayılan olarak model
küresel modda olacak. Yerel modda, büyük eklemeler ve silmeler daha fazladır.
küresel modda olduğundan daha yaygındır.

SEÇENEKLER İÇİN KESME YAYILMIŞ SIRALAMALAR

--u5p Yayılan tüm dizileri rastgele seçilen bir başlangıç ​​konumunda kesin , sadece
başlayarak artıkların çıkarılması . Rastgele farklı bir başlangıç ​​noktası seçilir
her dizi için.

--u3p Yayılan tüm dizileri rastgele seçilen bir son konumda kes , sadece
pozisyona kadar kalıntı çıkışı . Farklı bir bitiş noktası rastgele seçilir
her dizi için.

--a5p
İle kombinasyon halinde -a seçeneği, yayılan hizalamayı rastgele bir şekilde kısaltın
seçilen başlangıç ​​maçı pozisyonu , sadece konumlar için hizalama sütunlarının çıktısını alarak
maç sonrası durumu - 1. 0 ile fikir birliği arasında bir tam sayı olmalıdır
modelin uzunluğu (kullanılarak belirlenebilir) cmstat program. özel olarak
durumda, 0 olarak rastgele seçilen bir başlangıç ​​pozisyonu ile sonuçlanacaktır.

--a3p
İle kombinasyon halinde -a seçeneği, yayılan hizalamayı rastgele bir şekilde kısaltın
seçilen maç sonu pozisyonu , sadece konumlar için hizalama sütunlarının çıktısını alarak
maç öncesi durumu + 1. 1 ile fikir birliği arasında bir tam sayı olmalıdır
modelin uzunluğu (kullanılarak belirlenebilir) cmstat programı). Olarak
özel durum, 0 olarak rastgele seçilen bir son konumla sonuçlanacaktır.

DİĞER SEÇENEKLER

--tohum
Rastgele sayı üretecini şu şekilde tohumlayın , bir tamsayı >= 0. sıfır olmayan
dizilerin stokastik örneklemesi tekrarlanabilir olacaktır; aynı komut verecek
aynı sonuçlar. Eğer 0 ise, rasgele sayı üreteci keyfi olarak ekilir,
ve stokastik örneklemeler aynı komutun çalıştırılmasından çalıştırılmasına değişiklik gösterecektir. NS
varsayılan tohum 0'dır.

--iid İle , -e A, C, G ve U'nun her biri %25 olacak şekilde daha büyük diziler oluşturun.

--rna Yayılan dizilerin RNA dizileri olarak çıktısını belirtin. Bu doğru
Varsayılan.

--DNA Yayılan dizilerin DNA dizileri olarak çıktısını belirtin. Varsayılan olarak,
çıkış alfabesi RNA'dır.

--idx
Yayılan dizilerin şundan başlayarak adlandırılacağını belirtin: . . By
varsayılan 1.

--dış biçim
İle -A, çıktı hizalama biçimini şu şekilde belirtin . Kabul edilebilir biçimler şunlardır: Pfam,
AFA, A2M, Clustal ve Phylip. AFA fasta hizalanır. Sadece Pfam ve Stockholm
hizalama biçimleri, fikir birliği yapısı açıklamasını içerecektir.

--tfile
Dosyaya gönderilen her dizi için tablo dizisi ayrıştırıcılarını (geri izlemeler) boşaltın
. Öncelikle hata ayıklama için kullanışlıdır.

--tecrübe
CM'nin emisyon ve geçiş olasılıklarını şu şekilde üsleyin: ve sonra
dizileri yaymadan önce bu dağılımları yeniden normalleştirin. Bu seçenek,
Varsayılana göre ayrıştırılmış ağaçların CM olasılık dağılımı. İle birlikte daha kısa
1.0 yayılan diziler,
SANTİMETRE. İle birlikte 1.0'dan büyükse, yayılan diziler daha yüksek bit'e sahip olma eğiliminde olacaktır.
CM'ye uyum üzerine puanlar. Bu bit puanı farkı arttıkça artacaktır.
her iki yönde de 1.0'dan uzaklaşır. Eğer 1.0'a eşittir, bu seçenek
varsayılana göre hiçbir etkisi yoktur. Bu seçenek, diziler oluşturmak için kullanışlıdır.
bu ya daha zordur ( < 1.0) veya daha kolay ( > 1.0) CM için
arka plandan, rastgele diziden homolog olarak ayırt edin.

--hmmsadece
CM yerine HMM filtre profilinden yayın.

--olumsuz
HMM filtre profilinden asla emisyon yaymayın, her zaman CM'yi kullanın,
sıfır baz çifti.

onworks.net hizmetlerini kullanarak cmemit'i çevrimiçi kullanın