Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen fastaq komutudur.
Program:
ADI
fastaq - FASTA ve FASTQ dosya işleme araçları
SİNOPSİS
fastaq [seçenekleri]
DESCRIPTION0nf
Bir komut için minimum kullanım elde etmek için şunu kullanın: fastaq komutu
Bir komutla ilgili tam yardım almak için aşağıdakilerden birini kullanın: fastaq komutu -h fastaq komutu --yardım et
Mevcut komutlar:
add_indels Verilen pozisyon(lar)daki bazları siler veya ekler caf_to_fastq
Bir CAF dosyasını FASTQ formatına dönüştürür capillary_to_pairs capillary dosyasını dönüştürür
eşleştirilmiş ve eşleşmemiş dosyaları okur öbekleyici Dizileri eşit parçalara böler
boyutlu parçalar count_sequences Girdi dosyasındaki ayrıştırma dosyasındaki dizileri sayar
Araya eklenen eşleştirilmiş dosyayı iki ayrı dosyaya böler enumerate_names Yeniden Adlandırmalar
bir dosyadaki dizileri 1,2,3... vb olarak adlandırır. extend_nucleotides Her şeyi yapar
dejenere nükleotidlerin kombinasyonu fasta_to_fastq FASTA ve .qual'ı şuna dönüştür:
FASTQ filtresi Bir alt kümesini elde etmek için dizileri filtreleyin get_ids
Her dizinin kimliğini alın get_seq_flanking_gaps Boşlukların yanındaki dizileri alır
interleave İki dosyayı araya koyar, çıktı ileri/geri okumaları arasında değişir
make_random_contigs Rastgele sıralı birleştirmenin bitişiklerini oluştur Dönüştürmeler
çoklu dizi dosyasını tek bir diziye dönüştür change_bases Tüm oluşumları değiştirir
bir harfin başka bir harfle ters_tamamlanması Tüm dizilerin ters tamamlayıcısı
scaffolds_to_contigs Bir iskele dosyasından bir contig dosyası oluşturur search_for_seq
Bir dizeyle (ve onun ters tamamlayıcısıyla) tüm tam eşleşmeleri bulun array_trim
Her sıralamanın başlangıcından itibaren belirli bir dizeyle tam eşleşmeleri kırpın sort_by_size
Dizileri uzunluk sırasına göre sıralar split_by_base_count Çoklu dizi dosyasını
ayrı dosyalar strip_illumina_suffix Şeritler /1 or /2 okunan her ismin sonunda
to_boulderio Primer3 to_fake_qual tarafından kullanılan Boulder-IO formatına dönüştürür
Sahte kalite puanları dosyası oluştur to_fasta Çeşitli giriş formatlarını dönüştürür
güzel biçimlendirilmiş FASTA formatına to_mira_xml dosyasından bir xml dosyası oluşturun
Mira derleyicisi ile kullanım için okur to_orfs_gff Açık bir GFF dosyası yazar
çerçeveleri okuma to_perfect_reads Referanstan mükemmel eşleştirilmiş okumalar yapın
to_random_subset Rastgele bir dizi örneği oluşturun (ve isteğe bağlı olarak montaj ilişkileri de)
to_tiling_bam Giriş boyunca eşit şekilde yayılmış okumalardan oluşan bir BAM dosyası oluşturun
reference to_unique_by_id Adlarına göre yinelenen dizileri kaldırın. Kale
en uzun dizi çeviri Giriş nükleotid dizilerindeki tüm dizileri çevir
trim_Ns_at_end Tüm dizilerin başlangıcındaki/bitimindeki tüm N'leri kırpar trim_contigs
Her bitişikliğin ucundan belirli sayıda tabanı kırpar trim_ends Kırpma sabit
her dizi versiyonunun başlangıç ve/veya bitiş tabanlarının sayısı Baskı versiyonu
numara ve çıkış
Onworks.net hizmetlerini kullanarak fastaq'ı çevrimiçi kullanın
