fastq-multx - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

fastq-multx - ea-utils: %'yi barkodlar dosyasındaki barkod kimliğiyle değiştirin

SİNOPSİS

fastq-multx [-g|-l|-B] -o r1.%.fq [dostum.fq -o r2.%.fq] ...

TANIM

fastq-multx: geçersiz seçenek -- 'h' Bilinmeyen seçenek '-h'.

Sürüm: 1.02.684

Çıktı dosyaları, barkodlarda barkod kimliği ile değiştirilen bir '%' işareti içermelidir
dosya. Çıktı dosyası, ilgili verileri atmak için n/a olabilir (bunu barkod için kullanın).
okuyun)

Barkod dosyası (-B) buna benzer:

...

Varsayılan, tahmin etmektir -tas or -eol net istatistiklere dayanmaktadır.

If -g kullanılırsa, parametresi bir dizin şerididir ve sıklıkla meydana gelen diziler
Kullanılmış.

If -l kullanılır, ardından dosyadaki tüm barkodlar denenir ve *en çok* olan *grup*
maçlar seçilir.

Gruplandırılmış barkodlar dosyası (-l or -L) buna benzer:

...

Sağlanırsa, eşleştirilmiş okumalar senkronize tutulur

SEÇENEKLER

-o FIL1 Çıktı dosyaları (giriş başına bir tane, gerekli) -g SEQFIL Barkodları şuradan belirleyin:
indeksli okuma SEQFIL -l BCFIL Master olarak BCFIL kullanarak herhangi bir okumadan barkodları belirleyin
liste -L BCFIL Barkodları şuradan belirleyin: , BCFIL'i ana liste olarak kullanma -B BCFIL
Belirtilen dosyadan barkodları kullanın, bir belirleme adımı çalıştırmayın -b Zorla
barkod eşleştirme için satır başı (5') -e Bat kodu için satır sonunu (3') zorla
uygun -t NUM faktörüne göre otomatik belirleme için NUM Bölme eşiği, > 1 = daha fazla
hassas -G NAME Yalnızca NAME ile eşleşen grupları kullanın -x Barkodları kırpmayın
hedefi yazmadan önce -n Yürütmeyin, yalnızca olası barkod listesini yazdırın
-v C Eşleştirilmiş kimliğin C karakteriyle eşleştiğini doğrulayın (illumina için ' ' kullanın) -m N
Benzersiz oldukları sürece N adede kadar uyumsuzluğa izin verin (1) -d N Minimum gereksinim
en iyi ile bir sonraki en iyi arasındaki N mesafesi (2) -q N Minimum phred gerektirir
bir barkod tabanını kabul etmek için N kalitesi (0)

onworks.net hizmetlerini kullanarak fastq-multx'i çevrimiçi kullanın