Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen fastqc komutudur.
Program:
ADI
FastQC - yüksek verimli dizi QC analiz aracı
SİNOPSİS
fastqc seqfile1 seqfile2 .. seqfileN
fastqc [-o çıktı dizini] [--(no)özüt] [-f fastq|bam|sam]
[-c kirletici dosya] seqfile1 .. seqfileN
TANIM
FastQC bir dizi dizi dosyasını okur ve her birinden bir kalite kontrol üretir
her biri yardımcı olacak bir dizi farklı modülden oluşan rapor
verilerinizde farklı bir potansiyel sorun türü tanımlayın.
Komut satırında işlenecek dosya belirtilmemişse, program
etkileşimli bir grafik uygulaması olarak başlayın. Dosyalar üzerinde sağlanırsa
komut satırından sonra program herhangi bir kullanıcı etkileşimi gerekmeden çalışacaktır. Bunda
modu, standartlaştırılmış bir analiz hattına dahil edilmeye uygundur.
Program için seçenekler aşağıdaki gibidir:
-h --yardım et
Bu yardım dosyasını yazdırın ve çıkın
-v --versiyon
Programın sürümünü yazdırın ve çıkın
-o --outdir
Tüm çıktı dosyalarını belirtilen çıktı dizininde oluşturun. Lütfen unutmayın ki bu
program oluşturmayacağı için dizin mevcut olmalıdır. Bu seçenek ayarlanmazsa
daha sonra her dizi dosyası için çıktı dosyası, aynı dizinde oluşturulur.
işlenen dizi dosyası.
--kavak
Dosyalar ham manyok çıktısından gelir. Aynı örnek grubundaki dosyalar (yalnızca farklı
grup numarasına göre) bireysel olarak değil, bir set olarak analiz edilecektir. diziler
başlıkta ayarlanan filtre bayrağı ile analizden çıkarılacaktır. Dosyalar
kendilerine casava tarafından verilen isimlerle aynı olmalıdır (gzip ile sıkıştırılmış ve
.gz ile biten) aksi takdirde birlikte doğru şekilde gruplandırılmazlar.
--Ayıkla
Ayarlanırsa, sıkıştırılmış çıktı dosyası, daha sonra aynı dizinde sıkıştırılmamış olacaktır.
yaratılmıştır. Fastqc çalıştırılırsa varsayılan olarak bu seçenek ayarlanacaktır.
etkileşimli olmayan mod.
-j --java
fastqc'yi başlatmak için kullanmak istediğiniz Java ikili dosyasının tam yolunu sağlar. değilse
sağlanırsa, Java'nın yolunuzda olduğu varsayılır.
--alıntı yok
Çıktı dosyasını oluşturduktan sonra sıkıştırmayın. Bu seçeneği ayarlamalısınız, eğer
etkileşimli olmayan modda çalışırken çıktının sıkıştırmasını açmak istemezsiniz.
--grup yok
>50bp okumalar için taban gruplandırmasını devre dışı bırakın. Tüm raporlar, her
okumada temel alın. UYARI: Bu seçeneği kullanmak fastqc'nin çökmesine ve yanmasına neden olur
gerçekten uzun okumalarda kullanırsanız ve planlarınız saçma bir boyuta ulaşabilir.
Uyarıldın!
-f --biçim
Normal sıralı dosya biçimi algılamasını atlar ve programı kullanmaya zorlar
belirtilen biçim. Geçerli biçimler: bam,sam,bam_mapped,sam_mapped ve fastq
-t --İş Parçacığı
Aynı anda işlenebilecek dosya sayısını belirtir. Her iş parçacığı
250 MB bellek ayrılacak, bu nedenle sizinkinden daha fazla iş parçacığı çalıştırmamalısınız.
kullanılabilir bellek, 6 bitlik bir makinede 32'dan fazla iş parçacığıyla başa çıkamaz
-c listesini içeren varsayılan olmayan bir dosyayı belirtir.
--kirleticiler
Aşırı temsil edilen dizileri taramak için kirleticiler. Dosya şunları içermelidir
ad[sekme]dizisi biçiminde adlandırılmış kirletici kümeleri. Ön ekli satırlar
hash dikkate alınmaz.
-k --kmers
Kmer içerik modülünde aranacak Kmer uzunluğunu belirtir. Belirtilen Kmer
uzunluk 2 ile 10 arasında olmalıdır. Belirtilmemişse varsayılan uzunluk 5'tir.
-q --sessizlik
Tüm ilerleme mesajlarını stdout'ta gizleyin ve yalnızca hataları bildirin.
onworks.net hizmetlerini kullanarak fastqc'yi çevrimiçi kullanın
