Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen fpromle komutudur.
Program:
ADI
fproml - Maksimum olasılıkla protein filogenisi
SİNOPSİS
fproml -sıra sıralı setall -intree dosyası ağaç [-kategoriler tamsayı] -oranı dizi
-kategoriler özellikleri [ağırlıklar özellikleri] -uzunluklar boole [-model liste]
[-gama liste] -gama katsayısı şamandıra -ngammacat tamsayı -değişmez şamandıra
-ninvarcat tamsayı -invarfrac şamandıra -nhmmkategorileri tamsayı -hmm oranları dizi
-hmmolasılıklar dizi -adjsite boole -lambda şamandıra -karmakarışık tamsayı
-tohum tamsayı -küresel boole [-outgrno tamsayı] [-kaba boole] -outfile dış dosya
[-alabalık geçiş] -outtreefile dış dosya [-baskı verileri boole] [-ilerlemek boole]
[-ağaç izi boole] [-hipstat boole]
fproml -Yardım
TANIM
fproml EMBOSS'un (“Avrupa Moleküler Biyoloji Açık
Yazılım Paketi”). "Filojeni:Moleküler dizi" komut grup(lar)ının bir parçasıdır.
SEÇENEKLER
Giriş Bölüm
-sıra sıralı setall
Bir veya daha fazla dizi hizalaması içeren dosya
-intree dosyası ağaç
-kategoriler tamsayı
Varsayılan değer: 1
-oranı dizi
-kategoriler özellikleri
ağırlıklar özellikleri
Ağırlıklar dosyası
Ek Bölüm
-uzunluklar boole
Varsayılan değer: N
-model liste
Varsayılan değer: Jones-Taylor-Thornton
-gama liste
Varsayılan değer: Sabit oran
-gama katsayısı şamandıra
Varsayılan değer: 1
-ngammacat tamsayı
Varsayılan değer: 1
-değişmez şamandıra
Varsayılan değer: 1
-ninvarcat tamsayı
Varsayılan değer: 1
-invarfrac şamandıra
Varsayılan değer: 0.0
-nhmmkategorileri tamsayı
Varsayılan değer: 1
-hmm oranları dizi
Varsayılan değer: 1.0
-hmmolasılıklar dizi
Varsayılan değer: 1.0
-adjsite boole
Varsayılan değer: N
-lambda şamandıra
Varsayılan değer: 1.0
-karmakarışık tamsayı
-tohum tamsayı
Varsayılan değer: 1
-küresel boole
Varsayılan değer: N
-outgrno tamsayı
-kaba boole
Varsayılan değer: Y
Çıktı Bölüm
-outfile dış dosya
-alabalık geçiş
Varsayılan değer: Y
-outtreefile dış dosya
-baskı verileri boole
Varsayılan değer: N
-ilerlemek boole
Varsayılan değer: Y
-ağaç izi boole
Varsayılan değer: Y
-hipstat boole
Varsayılan değer: N
onworks.net hizmetlerini kullanarak çevrimiçi olarak fpromle kullanın