genom-music-clinical-correlationp - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

genom müziği klinik korelasyon - Fenotipik özellikleri mutasyona uğramış genlerle ilişkilendirin veya
bireysel varyantlara karşı

VERSION

Bu belge, genom müziği klinik korelasyon versiyonunu 0.04 (2016-01-01 at
23:10:18)

SİNOPSİS

genom müziği klinik korelasyon --bam-list=? --çıktı-dosyası=? [--maf-dosyası=?]
[--glm-clinical-data-file=?] [--use-maf-in-glm] [--kodlamayı atlama] [--skip-silent]
[--klinik-korelasyon-matris-dosyası=?] [--giriş-klinik-korelasyon-matriks-dosyası=?]
[--genetik-veri-türü=?] [--sayısal-klinik-veri-dosyası=?] [--sayısal-veri-test-yöntemi=?]
[--kategorik-klinik-veri-dosyası=?] [--glm-model-dosyası=?]

... müzik klinik korelasyonu \
--bam listesi /yol/myBamList.tsv \
--maf dosyası /path/myMAF.tsv \
--numeric-klinik-veri-dosyası /yol/myNumericData.tsv \
--genetic-data-type 'gen' \
--çıktı dosyası /yol/çıktı_dosyası

... müzik klinik korelasyonu \
--maf dosyası /path/myMAF.tsv \
--bam listesi /yol/myBamList.tsv \
--numeric-klinik-veri-dosyası /yol/myNumericData.tsv \
--kategorik-klinik-veri dosyası /path/myClassData.tsv \
--genetic-data-type 'gen' \
--çıktı dosyası /yol/çıktı_dosyası

... müzik klinik korelasyonu \
--maf dosyası /path/myMAF.tsv \
--bam listesi /yol/myBamList.tsv \
--output-file /yol/output_file \
--glm-model-dosyası /yol/model.tsv \
--glm-klinik-veri-dosyası /yol/glm_clinical_data.tsv \
--glm'de-maf-kullanımı

GEREKLİ ARGÜMANLAR

bam listesi Metin
BAM dosyalarının sekmeyle ayrılmış listesi [örnek_adı, normal_bam, tümör_bam] (Açıklamaya bakın)

çıktı dosyası Metin
Klinik korelasyon aracının sonuçları. Veri türü için son ek eklenmiş olacak

İSTEĞE BAĞLI ARGÜMANLAR

maf dosyası Metin
TCGA MAF spesifikasyonu v2.3 kullanan mutasyonların listesi

glm-klinik-veri dosyası Metin
Klinik özellikler, mutasyon profilleri, diğer karışık klinik veriler (Bkz. AÇIKLAMA)

kullanım-maf-in-glm Boole
GLM analizine varyant girişi olarak MAF dosyasından bir varyant matrisi oluşturun.

Belirtilmemişse varsayılan değer 'false' (--nouse-maf-in-glm)

glm'de-maf-maf-maf-in-glm Boole
maf-in-glm'yi 'yanlış' yap

kodlamasız atlama Boole
Sağlanan MAF dosyasından kodlamayan mutasyonları atla

Belirtilmemişse varsayılan değer 'true'

noskip-kodlamasız Boole
Kodlamayan atlamayı 'yanlış' yapın

sessiz Boole
Sağlanan MAF dosyasından sessiz mutasyonları atla

Belirtilmemişse varsayılan değer 'true'

noskip-sessiz Boole
Atlamayı sessiz 'yanlış' yapın

klinik-korelasyon-matriks-dosyası Metin
Hesaplamalar sırasında oluşturulan örnek-gen-gen matrisini depolamak için bir dosya belirtin

girdi-klinik-korelasyon-matris-dosyası Metin
Bunu MAF'den oluşturmak yerine, örnek-gen matrisini girin.
hesaplamalar

genetik-veri-tipi Metin
Klinik verileri "gen" veya "varyant" düzeyindeki verilerle ilişkilendirin

Belirtilmemişse varsayılan değer 'gen'

sayısal-klinik-veri dosyası Metin
Örnekler tablosu (y) ile sayısal klinik veri kategorisi (x) karşılaştırması

sayısal-veri-test-yöntemi Metin
Pearson Korelasyonu için 'kor' veya için Wilcoxon Sıra Toplamı Testi için 'wilcox'
sayısal klinik veriler

Belirtilmemişse varsayılan değer 'cor'

kategorik-klinik-veri dosyası Metin
Örnekler tablosu (y) ve kategorik klinik veri kategorisi (x)

glm-model-dosyası Metin
GLM için model türünü, yanıt değişkenini, ortak değişkenleri vb. özetleyen dosya
analiz. (Açıklamayı gör)

TANIM

Bu komut, klinik özellikleri ve mutasyonel verileri ilişkilendirir. Her ikisi de gerçekleştirebilir
bir MAF'de kaydedilen mutasyonlar ile belirli fenotipik mutasyonlar arasındaki korelasyon analizi
Aynı numuneler için klinik veri dosyalarında kaydedilen özellikler veya genelleştirilmiş bir
aynı tür veriler üzerinde doğrusal model (GLM) analizi.

Korelasyon için klinik veri dosyaları sayısal ve kategorik olarak ayrılmalıdır.
verilerdir ve şu sözleşmelere uymalıdır:

· Başlıklar gereklidir

· Her dosya en az 1 sample_id sütunu ve 1 öznitelik sütunu içermelidir.
biçim [sample_id Clinical_data_attribute_1 Clinical_data_attribute_2 ...]

· Numune kimliği, MAF'de "Tümör_Örnek_Barkodu" altında listelenen numune kimliğiyle eşleşmelidir.
Bu örneğin mutasyonlarını ilişkilendirmek için.

Başlıkların önemine dikkat edin: her bir Clinical_data_attribute başlığı
MAF'den gelen mutasyon verileriyle ilişkileri belirtmek için çıktı dosyasında görünür.

Dahili olarak, girdi verileri, temsil eden bir P-değerini hesaplayan bir R betiğine beslenir.
Her bir gendeki (veya varyanttaki) mutasyonlar arasında görülen korelasyonun olasılığı
ve her fenotip özelliği rastgeledir. Daha düşük P değerleri, daha düşük rastgeleliği veya olası
gerçek korelasyonlar.

Sonuçlar, eklenen bir son ek ile verilen çıktı dosya adına kaydedilir; ".numeric.csv"
sayısal klinik verilerden elde edilen sonuçlar için eklenecektir ve ".categorical.csv"
kategorik klinik verilerden elde edilen sonuçlar için eklenecektir. Ayrıca, ".glm.csv"
GLM sonuçları için çıktı dosya adına eklenebilir.

GLM analizi, karışık sayısal ve kategorik klinik veri dosyasını kabul eder,
parametre --glm-klinik-veri dosyası. GLM klinik verileri açıklanan formatlara uygun olmalıdır
korelasyon klinik veri dosyaları için yukarıda. GLM ayrıca kullanıcının bir
--glm-model-dosyası. Bu dosya belirli başlıklar gerektirir ve yapılacak analizi tanımlar.
oldukça tam olarak gerçekleştirilmiştir. İşte bu dosya için gereken kurallar:

· Sütunlar şu şekilde sıralanmalıdır:

· [ analiz_tipi klinik_veri_trait_adı varyantı/gen_adı ortak değişkenler notu ]

· 'analiz_türü' sütunu, nicel bir özelliği gösteren "Q" veya
Bir ikili özelliği gösteren "B" incelenecektir.

· 'clinical_data_trait_name', bir klinik veri özelliği olarak tanımlanan bir klinik veri özelliğinin adıdır.
--glm-klinik-veri dosyasındaki başlık.

· 'varyant/gen_adı' bir veya daha fazla sütunun adı olabilir.
--glm-clinical-data-file veya MAF'den bir veya daha fazla mutasyona uğramış gen adının adı,
"|" ile ayrılır. Bu sütun boş bırakılırsa veya bunun yerine "Yok" ifadesi varsa, her biri
değişken mutasyon matrisinden (--use-maf-in-glm) veya alternatif olarak
--glm-clinical-data-file bağımsız değişken sütununda ardışık olarak kullanılır.
analiz eder.

· 'ortak değişkenler' --glm-klinik-veri dosyasındaki bir veya daha fazla sütunun adlarıdır,
"+" ile ayrılır.

· 'not', kullanıcı için faydalı görülen herhangi bir nottur. Çıktı verilerinde yazdırılacaktır
referans için dosya.

GLM analizi, yalnızca --glm-klinik-veri dosyasına veri girişi kullanılarak gerçekleştirilebilir,
yukarıda tarif edildiği gibi veya alternatif olarak, MAF'den gelen mutasyon verileri şu şekilde dahil edilebilir:
GLM analizindeki değişkenler, yine yukarıda açıklandığı gibi. --use-maf-in-glm bayrağını kullanarak
varyant verileri olarak maf'tan türetilen mutasyon matrisini içerir.

Hem korelasyon hem de GLM analizi için tüm girdi dosyalarının sekmeyle ayrılmış olması gerektiğini unutmayın.

ARGÜMANLAR

--bam listesi
Her biri için numune adlarını ve normal/tümör BAM konumlarını içeren bir dosya sağlayın. Kullanmak
satır başına sekmeyle ayrılmış biçim [örnek_adı normal_bam tümör_bam]. Bu araç yalnızca
örnek_adı gerekir, bu nedenle diğer tüm sütunlar atlanabilir. örnek_adı olmalıdır
MAF dosyasında kullanılan tümör örneği adlarıyla aynı (16. sütun, başlıkla birlikte)
Tümör_Örnek_Barkod).

onworks.net hizmetlerini kullanarak genom-music-clinical-correlationp'ı çevrimiçi kullanın