Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen genome-musicp komutudur.
Program:
ADI
genom müziği - Kanserde Mutasyonun Önemi (Kanser Mutasyon Analizi)
VERSION
Bu belge genom müzik versiyonu 0.04'ü açıklamaktadır (2016-01-01, 23:10:18)
SİNOPSİS
genom müziği...
TANIM
MuSiC paketi somatik bilginin önemini keşfetmeyi amaçlayan bir dizi araçtır.
Belirli bir kanser örneği kohortunda ve çeşitli türlere göre bulunan mutasyonlar
harici veri kaynakları. Gerekli standart girdiler şunlardır:
1. BAM formatında haritalanmış okumalar
2. mutasyon açıklama formatında (MAF) tahmin edilen veya doğrulanan SNV'ler veya indeksler
3. İlgi duyulan bölgelerin bir listesi (tipik olarak kodlama eksonlarının sınırları)
4. İlgili her türlü sayısal veya kategorik klinik veri.
3. ve 4. girişlerin formatları şunlardır:
3. İlgi Alanları Dosyası:
· Başlık kullanmayın
· 4 sütun, bunlar [kromozom başlangıç konumu(1 tabanlı) bitiş konumu(1 tabanlı)
gen_adı]
4. Klinik Veri Dosyaları:
· Başlıklar gereklidir
· Formatı şu şekilde olmak üzere en az 1 sample_id sütunu ve 1 nitelik sütunu
[sample_id Clinical_data_attribute Clinical_data_attribute ...]
· Sample_id, MAF'ta listelenen sample_id ile eşleşmelidir.
Bu örneğin mutasyonlarını ilişkilendirmek için "Tümör_Örnek_Barkod".
· Her bir Clinical_data_attribute'un başlığı çıktı dosyasında görünecektir.
MAF'tan gelen mutasyon verileriyle ilişkileri belirtir.
Her aracın (her alt komutun) kullanımına ilişkin açıklamalar ayrı ayrı bulunabilir.
The oyun komut, seçilen bir giriş kümesindeki tüm alt komutları seri olarak çalıştırır.
ALT KOMUTLAR
GENEL
BMR
Gen kapsamlarını ve arka plan mutasyon oranlarını hesaplayın.
klinik korelasyon
Fenotipik özellikleri mutasyona uğramış genlere veya bireysel varyantlara karşı ilişkilendirin
kozmik-omim
Sağlanan mutasyonların amino asit değişikliklerini COSMIC ve OMIM veritabanlarıyla karşılaştırın.
galaksi
MuSiC araçlarının tamamını sırayla çalıştırın.
mutasyon ilişkisi
Genlerdeki mutasyon eşzamanlılığı veya karşılıklı ayrıcalık ilişkilerini tanımlayın
vakalar.
yol taraması
Somatik mutasyonların listesi verilen bir kohortta önemli ölçüde mutasyona uğramış yolları bulun.
pfam
MAF dosyasına Pfam ek açıklaması ekleme
oyun
MuSiC araçlarının tamamını sırayla çalıştırın.
arsa
MuSiC için ilgili grafikler ve görselleştirmeler oluşturun.
yakınlık
Mutasyonların bir listesi üzerinde yakınlık analizi yapın.
smg
Önemli ölçüde mutasyona uğramış genleri tanımlayın.
hayatta kalma
Klinik ve mutasyonel fenotipler için hayatta kalma grafikleri ve P değerleri oluşturun.
Onworks.net hizmetlerini kullanarak genome-musicp'i çevrimiçi kullanın
